Yahoo!ショッピング運営代行おすすめ17選比較。料金改定後の費用相場とタイプ別の選び方

「楽天は回せているけれど、Yahoo!ショッピングまで手が回らない…」

こんな悩みを抱えていませんか？

出店はしたものの商品ページは楽天の流用のまま、5のつく日や超PayPay祭の準備は毎回ぎりぎり、広告も「とりあえず出している」状態。そのうえ2026年9月からは出店料金が改定され、売上が伸びないまま固定費だけが増えるストアも出てきています。

そんなときに頼りになるのが、Yahoo!ショッピングの運営を専門家に任せられる「運営代行」です。

本記事では、Yahoo!ショッピング運営代行17社を、自社の状況に合わせて選べるよう4つのタイプに分けてご紹介します。あわせて、2026年9月の料金改定を踏まえた費用相場と月商別のコスト試算、依頼前に確認すべき比較ポイントまで解説します。

そもそもYahoo!ショッピング運営代行とは？

Yahoo!ショッピング運営代行とは、Yahoo!ショッピングに出店しているストアの運営業務を、専門の会社に委託できるサービスです。

Yahoo!ショッピングは、PayPayやLINEと連携したLINEヤフー経済圏のECモールです。PayPayポイントを軸にした「5のつく日」「超PayPay祭」などのイベントで売上が大きく動くため、楽天市場やAmazonとは異なる運営ノウハウが求められます。検索順位を左右する「PRオプション」、広告管理の「コマースアドマネージャー」、配送品質を示す「優良配送」など、Yahoo!ショッピング独自の仕組みも少なくありません。

楽天市場の運営ノウハウとの違いを踏まえて、楽天とYahoo!ショッピングを同時に強化したい場合は、楽天向けの代行会社の比較もあわせて確認しておくと選択肢が広がります。

関連記事：楽天運営代行おすすめ16選比較！課題別の選び方や料金相場をご紹介。

運営代行とコンサルティングの違い

「運営代行」と「コンサルティング」は、どちらも売上アップを支援するサービスですが、誰が手を動かすかが異なります。

項目	運営代行	コンサルティング
役割	ページ制作・商品登録・広告運用などの実作業まで代行	戦略立案・施策提案・分析が中心。実作業は自社
自社の作業量	少ない。確認と意思決定が中心	多い。提案された施策を自社で実行
費用感	月額20万〜50万円以上が目安	月額10万〜30万円程度が目安
ノウハウの蓄積	蓄積しにくい。レポートや定例会で補う	蓄積しやすい。自社で実行する分、身につく
向いている企業	担当者がいない・兼任で手が回らない企業	担当者はいるが、何をすれば売れるかわからない企業

実際には、コンサルと運営代行の両方を提供し、プランで選べる会社が多くなっています。本記事では、どちらを主軸にしているかをタイプ分類に反映しています。

Yahoo!公認の「コマースパートナー」とは

コマースパートナーとは、LINEヤフーが「Yahoo!ショッピングを中心としたEC分野の知識と実績がある」と認めた支援事業者です。認定を受けた会社は、Yahoo!側からシステム変更や新機能、キャンペーン予定などの情報を事前に受け取れます。

Yahoo!ショッピングは広告やポイント施策の仕様変更が多いモールです。コマースパートナーに認定されている会社は、変更への対応が早い傾向にあるため、代行会社を選ぶ際のひとつの目安になります。なお、コマースパートナー制度は現在、新規の申し込みを停止しています。

Yahoo!ショッピング運営代行に依頼できる業務

Yahoo!ショッピング運営代行に依頼できる業務は、「戦略設計」「運営準備」「運営管理」「集客・販促」の4つに分類できます。

どこまでを外注するかによって費用も選ぶべき会社も変わるため、まずは全体像を確認しておきましょう。

業務分類	業務内容	概要
戦略設計	市場・競合調査	カテゴリ内の売れ筋・価格帯・競合ストアの施策を分析
戦略設計	売上計画・KPI設計	目標月商から逆算し、アクセス数・転換率・客単価の目標を設定
戦略設計	注力商品の選定	利益率と検索需要から、優先して伸ばす商品を決定
運営準備	出店申請・ストア構築	出店審査の対応からストアクリエイターProでの初期設定まで
運営準備	商品登録・撮影	商品名・スペック・画像の登録。検索に強い商品名の設計も含む
運営準備	商品ページ・バナー制作	転換率を高める商品ページ、イベント用バナー・特集ページの制作
運営管理	受注処理・入金確認	注文確認、サンクスメール送信、入金確認などの受注業務
運営管理	出荷・配送情報の反映	出荷指示、追跡番号の登録。優良配送の基準維持に直結
運営管理	カスタマー対応	問い合わせ・返品・レビューへの対応
運営管理	在庫・価格の更新	在庫連携、価格改定、商品情報の更新
集客・販促	ストア内検索対策	商品名・カテゴリ・スペック設定とPRオプションの料率調整
集客・販促	広告運用	コマースアドマネージャー（アイテムリーチなど）の入札・予算管理
集客・販促	イベント対策	5のつく日・超PayPay祭などに合わせたクーポン・ポイント施策
集客・販促	CRM・メルマガ	ストアクーポン、メルマガ、LINE配信でリピーターを育成
集客・販促	分析・レポート	月次レポートと改善提案。施策の効果を数字で検証

特にYahoo!ショッピングならではの重要業務が「PRオプション」と「広告運用」です。

PRオプションは、売上の1.0〜30.0%の料率を設定することで、検索結果の「おすすめ順」の表示に影響を与えられる成果報酬型の仕組みです。料率を上げれば露出は増えますが、流入経路に関係なく購入があれば費用がかかるため、利益とのバランスを見ながら調整し続ける必要があります。

また、広告は2025年にストアマッチから「コマースアドマネージャー」へ統合され、アイテム単位で配信するアイテムリーチなどに変わりました。仕様が新しく運用ノウハウに差が出やすい領域のため、専門の代行会社に任せる効果が大きい業務です。

Yahoo!ショッピング運営代行の費用相場

Yahoo!ショッピング運営代行の費用は、料金形態と依頼範囲によって大きく変わります。まずは市場全体の相場を確認しましょう。

料金形態	費用相場	概要
月額固定型	月額10万〜50万円程度	毎月一定額を支払う。依頼範囲が広いほど高くなる
成果報酬型	売上の3〜20%程度	売上に応じて支払う。最低月額が設定される場合が多い
月額固定＋成果報酬型	月額5万〜30万円程度＋売上の数%	固定費を抑えつつ、成果に応じて上乗せ
スポット型	1件数万円〜	ページ制作・出店代行・商品登録など単発の依頼

初期費用は0円〜数十万円、最低契約期間は1〜6ヶ月が一般的です。コンサルティングのみなら月額10万〜30万円、実作業まで含む運営代行なら月額30万〜50万円以上がひとつの目安になります。

それぞれの料金形態には向き・不向きがあります。

月額固定型

月額固定型は、毎月の支払いが一定のため、予算管理がしやすく、売上が安定している企業や長期的に取り組む企業に向いています。売上が伸びても費用は変わらないため、月商が大きいストアほど割安になります。

一方で、売上が伸び悩んでいる時期でも同じ費用がかかる点がデメリットです。月商が小さいうちは、代行費用が売上に対して重くなりやすいため注意が必要です。

成果報酬型

成果報酬型は、売上に応じて支払うため、出店して間もない企業や、売上の見通しが立ちにくい企業に向いています。売上が少ない時期は支払いも少なく済むため、リスクを抑えて始められます。

ただし、売上が伸びるほど支払いが増え、月商が大きくなると月額固定型より割高になることがあります。また、「完全成果報酬」とうたっていても最低月額が設定されている場合があるため、契約前に必ず確認しましょう。短期の売上につながりにくいブランディング施策が後回しにされやすい点にも注意が必要です。

月額固定＋成果報酬型

月額固定＋成果報酬型は、基本の運営を安定して任せつつ、代行会社にも売上を伸ばす動機を持たせたい企業に向いています。固定部分が低めに設定されていることが多く、成果報酬型よりも費用の見通しが立てやすいのが特徴です。

デメリットは、固定費と成果報酬の両方を支払うため、総額の管理が複雑になることです。成果報酬の計算対象が「売上全体」なのか「増加分のみ」なのかによって支払額が大きく変わるため、計算方法を事前に確認しておきましょう。

2026年9月の出店料金改定で「実質コスト」はどう変わるか

Yahoo!ショッピングは、2026年9月1日から出店料金を改定しました。これまで無料だった月額システム利用料と売上ロイヤリティが新たに発生し、代わりにキャンペーン原資負担（1.5%）が廃止されています。

項目	改定前（2026年8月まで）	改定後（2026年9月から）
月額システム利用料	0円	10,000円（税抜）
売上ロイヤリティ	0%	2.5%
キャンペーン原資負担	1.5%	廃止

決済サービス利用料、ストアポイント原資負担（1%必須）、アフィリエイト関連の費用は改定前から継続してかかります。さらに2027年1月からは、LINEショッピングタブ経由の売上に2〜4%（カテゴリにより異なる）の料金が発生する予定です。

改定前後の差額を月商別に試算すると、以下のとおりです。

前提条件：
改定で変わる3項目（月額システム利用料・売上ロイヤリティ・キャンペーン原資負担）のみで計算。決済手数料・ポイント原資・アフィリエイト費用は改定前後で同じため除外。

月商	改定前の負担	改定後の負担	月の増加額	年間の増加額
100万円	15,000円	35,000円	+20,000円	+240,000円
300万円	45,000円	85,000円	+40,000円	+480,000円
1,000万円	150,000円	260,000円	+110,000円	+1,320,000円

増加額は「1万円＋月商の1%」で計算できます。月商300万円のストアなら、何もしなくても年間約48万円のコスト増です。

この改定により、「売上が伸びないまま出店を続ける」ことのコストが上がりました。運営代行を検討する際は、代行費用単体ではなく「代行費用で、いくら売上を上乗せできれば元が取れるか」で判断することが重要です。

計算式は次のとおりです。

代行費用で元を取るのに必要な売上増 ＝ 月額の代行費用 ÷ 粗利率

たとえば粗利率30%の商材で月額30万円の運営代行を依頼する場合、30万円 ÷ 0.3 ＝ 月100万円の売上上乗せが損益分岐点になります。

月商	代行費用の目安	粗利率30%での損益分岐（必要な売上増）	検討しやすい依頼方法
〜100万円	月額5万〜10万円	月17万〜33万円	成果報酬型、低価格のコンサル・広告運用代行
100万〜500万円	月額20万〜30万円	月67万〜100万円	月額固定＋成果報酬型、部分的な運営代行
500万円〜	月額40万〜60万円	月133万〜200万円	月額固定型のフル運営代行、受注・物流込みの一括委託

月商が小さいうちに高額なフル運営代行を依頼すると、損益分岐のハードルが高くなります。まずは課題を絞った部分的な依頼から始め、売上が伸びてから依頼範囲を広げるのが失敗しにくい進め方です。

見積もりを比較する際は、月商・商品数・依頼したい業務・広告予算・契約期間の5つの条件を揃えて各社に依頼しましょう。条件がバラバラなまま金額だけを比べると、安く見えた会社の方が依頼範囲が狭かった、ということが起こりがちです。

Yahoo!ショッピング運営代行を選ぶ際に確認すべき4つの比較ポイント

Yahoo!ショッピング運営代行は、会社によって得意分野も対応できる範囲も大きく異なります。料金だけで選ぶと「頼みたい業務が対象外だった」「成果が出ても社内に何も残らなかった」といった失敗につながりかねません。

依頼前に、以下の4つのポイントを確認しましょう。

1. Yahoo!ショッピングでの支援実績
2. 対応業務範囲
3. 受注・物流対応
4. 内製化支援

1. Yahoo!ショッピングでの支援実績

まず確認したいのが、「EC全般」ではなく「Yahoo!ショッピング」での支援実績があるかどうかです。

多くの代行会社は楽天市場やAmazonにも対応していますが、Yahoo!ショッピングはPRオプションの料率調整やPayPayポイントを軸にしたイベント設計など、独自の運営ノウハウが必要です。楽天では成果を出していても、Yahoo!ショッピングの実績は少ないという会社も珍しくありません。

実績を判断する目安として、コマースパートナーの認定や、Yahoo!ショッピングの「Best Store Awards」の受賞・支援実績が参考になります。あわせて、自社と近いカテゴリ・月商規模の事例があるかも確認しましょう。

確認すべきポイントは次の3つです。

• コマースパートナーの認定を受けているか
• Yahoo!ショッピングでの支援事例・受賞実績があるか
• 自社と同じカテゴリ・月商規模の支援経験があるか

2. 対応業務範囲

次に、自社が任せたい業務に対応しているかを確認します。

代行会社によって、戦略立案とアドバイスが中心の会社もあれば、商品登録やページ制作などの実作業まで引き受ける会社、広告運用だけに特化した会社もあります。「運営代行」という名前でも範囲はさまざまなため、前述の「依頼できる業務」の表を使って、自社が外注したい業務に印をつけてから相談すると話が早く進みます。

また、楽天市場やAmazonなど他モールも運営している場合は、複数モールをまとめて任せられるかも重要です。窓口を一本化すると、在庫や価格、イベント施策をモール横断で調整しやすくなります。

複数のECモールや自社ECをまとめて任せたい場合は、モール横断で支援できる代行会社の比較記事も参考にしてください。

関連記事：EC運営代行おすすめ23選比較。費用相場と月商別の選び方

確認すべきポイントは次の3つです。

• 任せたい業務がプランに含まれているか（別料金になっていないか）
• 実作業まで対応するのか、提案・アドバイスのみか
• 楽天市場・Amazonなど他モールもまとめて依頼できるか

3. 受注・物流対応

3つ目は、受注処理や出荷、配送情報の反映まで任せられるかです。見落とされがちですが、Yahoo!ショッピングでは特に重要なポイントです。

Yahoo!ショッピングでは、ストア都合キャンセル率・配送ステータス連携率・お届け日順守率などが基準を満たし、主要な配送方法の配送日を「注文日＋2日以内」に設定しているストアに「優良配送」のアイコンが付きます。優良配送の対象商品は検索結果の上位に優先して表示されるため、配送品質はそのまま集客力に直結します。

2026年の基準見直しで、配送状況を購入者が追跡できるか、約束した日に届いたかまで評価されるようになりました。イベント時に注文が集中して出荷が遅れたり、追跡番号の登録が漏れたりすると、優良配送の基準を満たせなくなるおそれがあります。

受注・出荷まで一体で任せられる代行会社なら、ページ制作や広告で集めたアクセスを、配送品質で取りこぼさずに済みます。

物流部分だけを外部に切り出したい場合は、発送代行サービスや物流管理システムの比較もあわせて確認しておくと、代行会社との役割分担を決めやすくなります。

関連記事：発送代行サービス10選比較。3PL/フルフィルメントの違いから選び方まで解説
関連記事：物流管理システム18選比較。費用シミュレーションとタイプ別の選び方を解説

確認すべきポイントは次の3つです。

• 受注処理・問い合わせ対応を任せられるか
• 自社倉庫、または提携倉庫での出荷に対応しているか
• 追跡番号の登録など、優良配送の基準維持まで見てもらえるか

4. 内製化支援

最後に、将来的に自社で運営できるよう、ノウハウを共有してもらえるかを確認します。

運営代行は便利な反面、すべてを任せきりにすると、契約を終了した途端に売上が落ちるリスクがあります。施策の意図や成果を社内に説明してもらえない場合、代行会社を乗り換える際にも一からやり直しになってしまいます。

内製化を見据えるなら、定例会での施策共有や研修プログラム、マニュアル提供などの支援がある会社を選びましょう。完全に任せたい企業でも、月次レポートで「何をしてどうなったか」が確認できるかは最低限チェックしておくべきです。

自社で手を動かしながら、戦略面だけ専門家の力を借りたい場合は、ECコンサル会社の比較記事も参考になります。

関連記事：ECコンサル会社おすすめ15選比較。費用相場からタイプ別の選び方まで解説

確認すべきポイントは次の3つです。

• 定例会や月次レポートで施策と成果を共有してもらえるか
• 研修やマニュアル提供などの内製化メニューがあるか
• 契約終了後もストアの設定やデータを引き継げるか

Yahoo!ショッピング運営代行の選び方

Yahoo!ショッピング運営代行は、自社の体制と抱えている課題によって選ぶべき会社が変わります。ここでは代行会社を4つのタイプに分類し、それぞれの特徴と向いている企業をご紹介します。

• 戦略コンサル・伴走型 ｜ 社内に担当者がいて、ノウハウを社内に残したい場合
• 運営まるごと代行型 ｜ 担当者がいない・兼任で、日々の運営を丸ごと任せたい場合
• 広告・販促特化型 ｜ 運営は回っているが、アクセスと売上が伸びない場合
• 受注・物流一体型 ｜ 出荷・問い合わせ対応や優良配送の維持まで任せたい場合

戦略コンサル・伴走型 ｜ 社内に担当者がいて、ノウハウを社内に残したい場合

「担当者はいるけれど、何をすれば売れるのかがわからない」という企業には、戦略立案と改善提案を軸に、自社の担当者に伴走してくれるタイプがおすすめです。

このタイプは、売上データの分析から施策の優先順位づけ、PRオプションやイベント施策の設計までを代行会社が担い、実行は自社で進めるか、必要な部分だけ代行会社に任せます。自社で手を動かす分、費用を抑えられるうえに、ノウハウが社内に蓄積されていくのが大きなメリットです。

このタイプへの依頼に向いている企業は以下になります。

• 社内にEC担当者がいるが、Yahoo!ショッピングの運営ノウハウが不足している
• 将来的には自社で運営できる体制をつくりたい
• 月額10万〜30万円程度から始めたい

このタイプのYahoo!ショッピング運営代行を見る⇩

運営まるごと代行型 ｜ 担当者がいない・兼任で、日々の運営を丸ごと任せたい場合

「Yahoo!ショッピングを担当できる人がいない」「楽天と兼任で手が回らない」という企業には、商品登録・ページ制作・広告運用・イベント対応まで、日々の実務をまとめて引き受けるタイプがおすすめです。

このタイプは、店長業務を丸ごと代行会社に任せるイメージです。自社は月次の報告を受けて意思決定をするだけで済むため、社内のリソースを商品開発や他チャネルに集中させられます。費用は高くなりがちですが、担当者を1名採用・育成するコストと比べて判断するとよいでしょう。

このタイプへの依頼に向いている企業は以下になります。

• Yahoo!ショッピングの専任担当者がいない、または他業務と兼任している
• 5のつく日や超PayPay祭などのイベント準備が毎回間に合っていない
• 楽天市場など他モールとまとめて運営を任せたい

このタイプのYahoo!ショッピング運営代行を見る⇩

広告・販促特化型 ｜ 運営は回っているが、アクセスと売上が伸びない場合

「日々の運営はできているのに、アクセスが増えない」という企業には、コマースアドマネージャーやPRオプション、ストア内検索対策など集客領域に強いタイプがおすすめです。

Yahoo!ショッピングの広告は2025年にコマースアドマネージャーへ統合され、運用ノウハウに差がつきやすくなっています。このタイプは、広告の入札・予算配分やPRオプションの料率調整を、利益を見ながら最適化してくれます。依頼範囲を集客に絞る分、月額費用を抑えやすいのも特徴です。

このタイプへの依頼に向いている企業は以下になります。

• 商品ページや運営体制は整っているが、アクセス数が伸び悩んでいる
• 広告費をかけているのに、費用対効果がわからない
• 固定費を抑えて、まずは集客の改善から始めたい

このタイプのYahoo!ショッピング運営代行を見る⇩

受注・物流一体型 ｜ 出荷・問い合わせ対応や優良配送の維持まで任せたい場合

「注文は増えてきたが、出荷や問い合わせ対応が追いつかない」という企業には、売上アップ施策に加えて、受注処理・出荷・配送情報の反映まで一体で引き受けるタイプがおすすめです。

優良配送の基準を満たすと検索結果で優先表示されるため、配送品質は集客力そのものです。このタイプなら、イベントで注文が急増しても出荷遅延や追跡番号の登録漏れを防ぎやすく、集客と配送品質を同じ会社で管理できます。窓口が一本化されることで、在庫切れと広告出稿のすれ違いも起きにくくなります。

このタイプへの依頼に向いている企業は以下になります。

• 受注処理・出荷・問い合わせ対応に社内の時間を取られている
• 優良配送の基準を安定して満たせていない
• 月商が大きく、運営とバックヤードをまとめて外注したい

このタイプのYahoo!ショッピング運営代行を見る⇩

Yahoo!ショッピング運営代行おすすめ17選一覧比較表

以下は、本記事で紹介するYahoo!ショッピング運営代行の一覧比較表です。

本記事へご掲載をご希望のYahoo!ショッピング運営代行会社は以下からお問い合わせくださいませ。
→掲載のお問い合わせはこちら：https://cone-c-slide.com/liblog/lp/

上記で自社に合うタイプの会社・サービスを絞り込みたい方は、以下の診断ツールで自社に合うタイプを確認してみてください。

【戦略コンサル・伴走型】のYahoo!ショッピング運営代行

戦略コンサル・伴走型のYahoo!ショッピング運営代行は次の5社です。社内の担当者と一緒に施策を進め、ノウハウを蓄積したい企業に向いています。

YUGETA ECコンサルティング（株式会社YUGETA ECコンサルティング）

月額費用を自社の予算に合わせて決められる、柔軟な料金設計のECコンサルティング会社です。料金は自由設定で、参考価格は月額10万〜200万円、平均は月額30万円と公式サイトで公開されています。初期費用・解約金は0円、契約は1ヶ月単位のため、まずは短期間で試したい企業でも依頼しやすいのが特徴です。

Yahoo!ショッピングの認定コマースパートナーで、公式サイトのYahoo!ショッピング向けページでは受賞歴20回以上を掲げています。楽天市場出身のコンサルタントも在籍しており、楽天とYahoo!ショッピングの両方を伸ばしたい企業にも対応できます。

支援内容は、戦略立案から商品ページの改善、商品登録・更新、アイテムリーチなどの広告運用、ストア内検索対策、バナー制作、メルマガまで幅広くカバーしています。自社の体制に合わせて、アドバイス中心にするか実作業まで任せるかを調整できます。

Yahoo!支援実績	認定コマースパートナー。Yahoo!ショッピング向けページで受賞歴20回以上を掲載
対応業務範囲	戦略立案・商品ページ改善・商品登録・広告運用・検索対策・バナー・メルマガ
受注・物流対応	要問い合わせ
内製化支援	要問い合わせ
料金目安	月額 自由設定（参考10万〜200万円・平均30万円）。初期費用・解約金0円、1ヶ月単位

EC-Consulting Japan（EC-Consulting Japan株式会社）

Yahoo!ショッピングのBest Store Awardsを3年連続で受賞している、Yahoo!ショッピングに強い伴走型のコンサルティング会社です。2022年にパートナー特別賞、2023年・2024年にベストパートナー賞を受賞しており、コマースパートナーにも認定されています。取引社数は2,000社以上です。

「ノウハウの提供だけではない伴走型のサービス」を掲げ、戦略・分析から商品ページやバナーの制作、イベント・クーポン対策、広告運用代行までを支援します。自社でも月間ベストストアを受賞した経験があり、ストア運営者の目線に立った提案が強みです。

内製化支援にも力を入れており、EC人材を育てるオンラインスクール「ecWorks」やeラーニング研修も提供しています。月額78,000円からのコンサルティングに加え、実作業まで任せたい場合は月額350,000円からの運営代行プランも選べます。

Yahoo!支援実績	Best Store Awards 3年連続受賞・コマースパートナー認定・取引社数2,000社以上
対応業務範囲	戦略・分析、商品ページ・バナー制作、イベント・クーポン対策、広告運用代行
受注・物流対応	受注処理・顧客対応は別途見積。物流は要問い合わせ
内製化支援	あり。オンラインスクール「ecWorks」・eラーニング研修
料金目安	コンサル：月額78,000円〜 運営代行：月額350,000円〜（税込385,000円）・初期費用49,800円

ALL WEB CONSULTING（株式会社ALL WEB CONSULTING）

契約期間の縛りがなく、単月・単発から依頼できるECコンサルティング会社です。公式サイトで「契約期間の縛りは設けておらず、単月・単発からご依頼いただけます」と明記しており、まずは1ヶ月試してから継続を判断したい企業でも依頼しやすいのが特徴です。

Yahoo!ショッピングのコンサルティングは月額200,000円から。戦略設計からページ制作、商品登録、広告運用、検索対策、SNS、出店代行までを支援しています。商品登録代行は1商品20〜50円、1モールの運営代行は月額20万〜30万円と、依頼内容ごとの料金が公開されているため、見積もり前に費用感をつかみやすい点も魅力です。

さらに、社内の担当者を育てる「内製化支援・企業研修」を100,000円から提供しています。代行に頼り続けるのではなく、将来的に自社で運営できる体制をつくりたい企業に向いています。2025年度にはSMBエキスパート企業賞も受賞しています。

Yahoo!支援実績	要問い合わせ（全社で2,000サイト超・取引先353社の支援実績）
対応業務範囲	戦略設計・ページ制作・商品登録・広告運用・検索対策・SNS・出店代行
受注・物流対応	要問い合わせ
内製化支援	あり。内製化支援・企業研修 100,000円〜
料金目安	Yahoo!ショッピングコンサルティング：月額200,000円〜（税別）。単月契約可

Proteinum（株式会社Proteinum）

累計1,000店舗以上を支援してきた、データに基づく改善提案が強みのECコンサルティング会社です。公式サイトによると支援店舗数は1,000店舗以上（2026年7月時点）、サービス継続率は98.2%。楽天・Amazon出身のメンバーが在籍しており、モールごとの仕組みの違いを踏まえた支援を行います。

Yahoo!ショッピング向けには、制作・運用を含まないECコンサルティング（30万円〜）、Yahoo!広告運用代行（20万円〜）、店舗の運営代行の3つのプランを用意しています。戦略だけを相談したい段階から、実作業まで任せたい段階まで、自社のフェーズに合わせて選べます。

Yahoo!ショッピング向けページでは「将来的に自社で運用できるようにしたい」という要望への対応も明記しています。施策を代行しながらノウハウを共有してもらい、段階的に内製化を進めたい企業に向いています。楽天市場・Amazon・Qoo10・TikTok Shopにも対応しています。

Yahoo!支援実績	累計支援1,000店舗以上（2026年7月時点・全モール合計）、サービス継続率98.2%
対応業務範囲	戦略コンサル・ページ/バナー制作・広告運用・運営代行・出店支援
受注・物流対応	要問い合わせ
内製化支援	あり。将来の自社運用を見据えた支援に対応
料金目安	ECコンサル：30万円〜／広告運用代行：20万円〜 運営代行：要問い合わせ（最低契約 広告2ヶ月・運営3ヶ月）

ピュアフラット（株式会社ピュアフラット）

支援店舗数3,000店舗以上の実績を持ち、完全成果報酬プランも選べるEC支援会社です。公式サイトでは支援店舗数3,000店舗以上、平均売上UP率372%、リピート率94%という実績を公開しています。

支援範囲は、競合調査・戦略立案から商品ページ制作、商品登録、商品撮影、モール広告・SNS広告、メルマガ、イベント対策まで幅広く、戦略と実作業の両方をカバーしています。撮影まで自社で対応できるため、商品画像の品質から見直したいストアにも対応できます。

Yahoo!ショッピング向けページでは、「売れる商品ページ作成ノウハウ」などを指導する旨を案内しています。完全成果報酬プランも用意されているため、固定費を抑えながらプロの指導を受けたい企業は相談してみるとよいでしょう。

Yahoo!支援実績	支援店舗数3,000店舗以上・平均売上UP率372%・リピート率94%
対応業務範囲	競合調査・戦略立案・商品ページ制作・商品登録・撮影・広告・メルマガ・イベント対策
受注・物流対応	要問い合わせ
内製化支援	あり。売れる商品ページ作成ノウハウなどを指導
料金目安	要問い合わせ（完全成果報酬プランあり）

【運営まるごと代行型】のYahoo!ショッピング運営代行

運営まるごと代行型のYahoo!ショッピング運営代行は次の5社です。担当者がいない、または兼任で手が回らない企業が、日々の実務をまとめて任せられます。

ザーナス（株式会社ザーナス）

月商規模に合わせた3つのプランと料金を公開している、EC運営代行会社です。月商100万円までのストア向けの「ライト」（月額79,200円〜）、月商100万〜500万円向けの「スタンダード」（月額250,800円〜）、月商500万円以上向けの「フルサポート」（月額437,800円〜）が用意されており、自社の月商から費用感をすぐに把握できます（いずれも税込）。

初期費用は無料で、契約は1ヶ月から。支援社数は950社以上、売上向上達成率は93.8%、契約更新率は94%（2026年4月時点）と公開しています。戦略立案、LP・画像制作、商品登録、広告運用、検索対策、メルマガ、SNSまで、ストア運営に必要な業務を幅広く引き受けます。

別メニューで受注代行も提供しており、問い合わせ対応や入金確認、配送番号の登録、倉庫とのやり取りまで任せることができます。楽天市場やAmazon、au PAY マーケット、Qoo10など国内の主要モールに対応しているため、複数モールの運営をまとめて依頼したい企業にも向いています。

Yahoo!支援実績	支援社数950社以上・売上向上達成率93.8%・契約更新率94%（2026年4月時点・全モール）
対応業務範囲	戦略立案・LP/画像制作・商品登録・広告運用・検索対策・メルマガ・SNS
受注・物流対応	あり（別メニューの受注代行）。問い合わせ対応・入金確認・配送番号登録・倉庫とのやり取り
内製化支援	要問い合わせ（人材育成メニューの記載あり）
料金目安	ライト：月額79,200円〜 スタンダード：月額250,800円〜 フルサポート：月額437,800円〜（税込）。初期費用無料・1ヶ月〜

ワンプルーフ（株式会社ワンプルーフ）

Yahoo!ショッピングの運営代行で200社以上の運用実績を持つ、コマースパートナー認定の代行会社です。20名以上のチームで、販売戦略の立案から施策の実行、広告運用、店舗ディレクション、ページ制作、商品登録まで、Yahoo!ショッピングの実務作業を幅広く支援します。

料金は月額固定費と歩合を組み合わせた個別見積です。公式サイトでは、雑貨小売店で「固定30万円＋歩合（月商200万円以上で3％）」といった提案例が紹介されており、依頼前に費用のイメージをつかめます。

全社ではクライアント総数2,070社、国内16カ所のフルフィルメント倉庫を持ち、受注処理代行やカスタマーサポートのメニューも提供しています。将来的に物流まで含めて外注したい企業は、あわせて相談してみるとよいでしょう。

Yahoo!支援実績	コマースパートナー認定。Yahoo!ショッピング運営代行の運用実績200社以上
対応業務範囲	販売戦略・施策実行・広告運用・店舗ディレクション・ページ制作・商品登録
受注・物流対応	全社で受注処理代行・カスタマーサポート・フルフィルメント（倉庫16カ所）を提供。組み合わせは要問い合わせ
内製化支援	要問い合わせ
料金目安	要問い合わせ（月額固定費・歩合ともに個別見積）

Finner（Finner株式会社）

初期費用なし・単月から契約できる、CRMと販促施策に強いEC運営代行会社です。Yahoo!ショッピング向けには、スターター（15万円〜）、スタンダード（月額30万円〜）、プレミアム（月額45万円〜）の3プランを公開しています（税別）。推奨の契約期間は6〜12ヶ月ですが、単月からでも依頼できます。

楽天ECコンサルタントやSalesforce出身のメンバーが在籍しており、広告運用に加えて、メルマガ・LINE配信やポイント・クーポン施策、商品ページの改善、検索・ランキング対策など、リピーターを増やすための施策を得意としています。

受発注管理や在庫連携、CS代行にも対応しています。自社倉庫は持たず、外部の物流倉庫や各モールのフルフィルメントと連携する形で、バックヤードまでまとめて整えられる点も特徴です。

Yahoo!支援実績	延べサポート企業数1,000社超・継続率92%（全モール）
対応業務範囲	広告運用・メルマガ/LINE・ポイント/クーポン施策・商品ページ改善・検索対策
受注・物流対応	あり。受発注管理・在庫連携・CS代行、外部倉庫との連携で対応（自社倉庫なし）
内製化支援	要問い合わせ
料金目安	スターター：15万円〜 スタンダード：月額30万円〜 プレミアム：月額45万円〜（税別）。初期費用なし・単月〜

クロス・プロップワークス（株式会社クロス・プロップワークス）

上場企業クロス・マーケティンググループの一員として、リサーチ力を活かした運営代行を提供する会社です。楽天市場・Yahoo!ショッピング向けに4つのプランの月額料金を公開しており、依頼範囲と費用の関係がわかりやすいのが特徴です。

プランは、EC戦略づくりコンサルプラン（月額100,000円）、売上改善マーケティングプラン（月額200,000円）、店長業務を丸ごと任せられる運営まるっと店長プラン（月額300,000円）、SNS運用まで含むEC+SNSプラン（月額400,000円）の4種類です。戦略相談だけの段階から、運営全体を任せる段階まで、同じ会社のままプランを切り替えられます。

支援内容は、ページ制作、キーワード策定、販促、広告運用、検索対策、画像改善、顧客分析、SNS運用など。公式サイトでは、CVRを300%以上改善した事例や、売上を昨対比7倍に伸ばした実績を紹介しています。

Yahoo!支援実績	要問い合わせ（CVR300%以上の改善・売上昨対比7倍などの支援実績）
対応業務範囲	ページ制作・キーワード策定・販促・広告運用・検索対策・画像改善・顧客分析・SNS
受注・物流対応	要問い合わせ
内製化支援	要問い合わせ
料金目安	戦略コンサル：月額100,000円 売上改善：月額200,000円 運営まるっと店長：月額300,000円／EC+SNS：月額400,000円

イーラ（イーラ株式会社）

LINEヤフーと契約するコマースパートナーとして、Yahoo!ショッピングの運営代行・検索対策を提供する会社です。公式サイトでは「日本でも数少ないコマースパートナーの1社」と紹介しており、代表自身もECで月商1.5億円を達成した実績を持っています。

Yahoo!ショッピング向けには、コンサルティング、ストア内検索対策、運営代行、新規出店、出店審査の支援メニューをそろえています。運営代行では、分析・戦略立案から商品ページの作成・修正、商品登録、広告運用代行までを引き受けます。

受注管理は基本的に対象外としているため、バックヤードは自社で回せていて、売れる商品ページづくりと検索対策をプロに任せたい企業に向いています。楽天市場の運営代行・検索対策にも対応しています。

Yahoo!支援実績	コマースパートナー認定。代表がEC月商1.5億円の実績
対応業務範囲	分析・戦略立案・商品ページ作成/修正・商品登録・広告運用・検索対策・出店審査支援
受注・物流対応	対象外（受注管理は基本的に除く）
内製化支援	要問い合わせ
料金目安	要問い合わせ

【広告・販促特化型】のYahoo!ショッピング運営代行

広告・販促特化型のYahoo!ショッピング運営代行は次の4社です。運営体制は整っているものの、アクセスと売上が伸び悩んでいる企業に向いています。

コマースシップ（株式会社コマースシップ）

代表がLINEヤフーでYahoo!ショッピングの広告戦略立案を担当していた、広告運用と検索対策に強い支援会社です。元楽天ECコンサルタントとしての経験もあり、モールの運営側と出店者側の両方の視点から施策を組み立てられるのが強みです。

支援内容は、コマースアドマネージャーの入札最適化から、ストア内の検索・カテゴリ対策、ポイント施策、イベント施策の設計、商品ページの改善まで。データ分析をもとに、広告費をかけるべき商品とタイミングを見極めて売上を伸ばします。AIを活用した業務効率化の支援も行っています。

公式サイトによると支援企業数は200社超。楽天市場・Amazon・Qoo10にも対応しています。料金は支援内容に応じて設定されるため、まずは無料相談で自社の課題を伝えてみるとよいでしょう。

Yahoo!支援実績	代表が元LINEヤフーでYahoo!ショッピングの広告戦略立案を担当。支援企業数200社超（全モール）
対応業務範囲	戦略立案・データ分析・検索/カテゴリ対策・ポイント施策・ページ改善・広告運用
受注・物流対応	要問い合わせ
内製化支援	要問い合わせ
料金目安	要問い合わせ（支援内容に応じて設定）

いつも.（株式会社いつも）

東証グロース上場のEC支援会社で、広告運用を起点に「自走できるストア」づくりまで支援するのが特徴です。全社での契約件数は14,000件以上で、全国45都道府県の企業を支援しています。

Yahoo!ショッピング向けには、広告運用代行とコンサルティングを提供しています。広告配信戦略と予算配分表の作成から、アイテムリーチなどの広告運用、商品ページ内のキーワード改善提案まで対応。週次レポートと月次の振り返りミーティングで、施策の結果を共有しながら改善を進めます。事例では、Yahoo!ショッピング店の売上高を昨対160%に拡大した実績も紹介しています。

「店舗にいち早く自走モデルを実装」することを掲げ、売上フェーズごとの専用プログラムやカリキュラムも提供しています。広告を任せながら社内にノウハウを残したい企業に向いています。申し込みから最短1週間で運用を開始できます。

Yahoo!支援実績	東証グロース上場・契約件数14,000件以上（全社）。Yahoo!ショッピング店で売上昨対160%の事例
対応業務範囲	広告配信戦略・予算配分・広告運用・商品ページのキーワード改善提案・週次/月次レポート
受注・物流対応	要問い合わせ
内製化支援	あり。自走モデルの実装、売上フェーズごとの専用プログラム
料金目安	要問い合わせ（ライト・スタンダード・プレミアムの3プラン）

NE（NE株式会社）

月額5万円から依頼でき、初期費用・マージン・成果報酬がかからないYahoo!ショッピング向け広告運用代行を提供しています。プランはライト（月額5万円）、スタンダード（月額10万円）、プロフェッショナル（月額20万円〜）の3つで、契約は1か月単位です。広告費に連動したマージンがないため、広告費を増やしても手数料が膨らまないのが特徴です。

NE株式会社は受注管理システム「ネクストエンジン」の提供元でもあり、ECコンサルティングでは2,000店舗超の実績を持っています。広告運用だけでなく、月7.5万円からのECコンサルティングや、ECコンサルの指揮のもとで実務を行う運営代行、受注処理・カスタマー代行にも対応しています。

オンライン教育サービス「NEアカデミー」も提供しており、社内の担当者のスキルアップを図りたい企業にも向いています。まずは低予算で広告運用を任せ、成果を見ながら依頼範囲を広げていく使い方ができます。

Yahoo!支援実績	ECコンサル実績2,000店舗超（全モール）。ECのミカタ ECコンサル部門受賞
対応業務範囲	広告運用代行・ECコンサル・運営代行・ページ制作・商品登録
受注・物流対応	受注処理・カスタマー代行あり。物流は要問い合わせ
内製化支援	あり。オンライン教育サービス「NEアカデミー」
料金目安	広告運用代行：ライト月額5万円 スタンダード月額10万円 プロフェッショナル月額20万円〜（初期費用・マージンなし、1か月単位） ECコンサル：月7.5万円〜

Wacworks（株式会社Wacworks）

Yahoo!ショッピングで累計120社以上を支援し、コンサルティング契約のリピート率95%以上を誇るEC支援会社です。Yahoo!ショッピング専門のサポートページを設け、戦略立案から商品ページの設計、出店構築、広告運用代行までを提供しています。

広告運用代行では、キーワードの選定や入札調整など、成果に直結する細かな運用を任せられます。売上をどう伸ばすかを数字で示しながら支援するスタイルで、「広告を出しているのに成果がわからない」という状態から抜け出したい企業に向いています。

料金は月商規模によって異なり、最低契約期間は「成果がある程度見えてくる」3ヶ月です。楽天市場・Amazon・Qoo10にも対応しています。

Yahoo!支援実績	Yahoo!ショッピングで累計120社以上を支援。コンサル契約のリピート率95%以上
対応業務範囲	戦略立案・商品ページ設計・出店構築・広告運用（キーワード選定・入札調整）
受注・物流対応	要問い合わせ
内製化支援	要問い合わせ
料金目安	要問い合わせ（月商規模により変動）。最低契約期間3ヶ月

【受注・物流一体型】のYahoo!ショッピング運営代行

受注・物流一体型のYahoo!ショッピング運営代行は次の3社です。売上アップ施策と受注処理・出荷をまとめて任せ、優良配送の維持まで見てもらいたい企業に向いています。

ジャグー（ジャグー株式会社）

戦略設計から広告運用、受注・出荷・物流まで、Yahoo!ショッピングの運営をワンストップで任せられる代行会社です。2024年10月にYahoo! JAPANコマースパートナーに認定されており、公式サイトでは年間ベストストア受賞店舗の支援実績を掲げています。

集客面では、販売戦略の設計や3か年計画の策定、検索対策の分析に加え、コマースアドマネージャー・PRオプション・アイテムリーチといったYahoo!ショッピング独自の広告施策に対応。広告運用代行だけなら月額5万円から、または運用広告費の15%からで依頼できます。

バックヤード面では、注文内容の確認、入金確認、サンクスメールの送信といった受注業務から、出荷指示、配送情報の反映、倉庫オペレーションや梱包の標準化まで対応しています。集客と配送品質を同じ会社で管理できるため、優良配送の基準を安定して満たしたいストアに向いています。

Yahoo!支援実績	コマースパートナー認定（2024年10月）。年間ベストストア受賞店舗の支援実績
対応業務範囲	販売戦略・検索対策・ページ制作・商品選定・広告運用（コマースアドマネージャー/PRオプション/アイテムリーチ）・CS
受注・物流対応	あり。受注確認・入金確認・出荷指示・配送情報反映・倉庫オペレーション・梱包標準化
内製化支援	要問い合わせ
料金目安	コンサル：月額30万円〜 店舗運営代行：月額50万円〜 広告運用代行：月額5万円〜または運用広告費の15%〜 ページ制作：1ページ10万円〜

idiom（株式会社idiom）

成果報酬型で依頼でき、受注処理から梱包・発送までトータルで任せられるEC運営代行会社です。料金は成果報酬型の売上5%から、固定費用での契約も可能で、定額プランは月5万円（税抜）からです。公式サイトでは、月商規模や新規オープンかどうかによる料率の例も紹介されています。

Yahoo!ショッピングのBest Store Awards部門賞をはじめ、さまざまな受賞店舗の運用・構築実績を持っています。ストア構築や改修、商品登録、販促、広告運用、検索対策、分析・施策立案まで、売上を伸ばすための業務をまとめて引き受けます。

大きな特徴はバックオフィス支援です。受注処理、問い合わせ対応（英語にも対応）、入出荷管理、梱包・発送までを一貫して任せられるため、社内に運営担当者も出荷担当者もいない状態からでもストアを回せます。楽天市場・Amazon・Shopifyなど幅広いモール・カートにも対応しています。

Yahoo!支援実績	Yahoo!ショッピング Best Store Awards部門賞受賞など、受賞店舗の運用・構築実績
対応業務範囲	ストア構築・改修・商品登録・販促・広告運用・検索対策・分析/施策立案
受注・物流対応	あり。受注処理・問い合わせ対応（英語可）・入出荷管理・梱包・発送
内製化支援	要問い合わせ
料金目安	成果報酬型：売上の5%〜 定額プラン：月5万円〜（税抜）。最低請求額を設定する場合あり

スクロール360（株式会社スクロール360）

冷凍・冷蔵・常温に対応した自社物流と、ECの運営代行を一気通貫で提供する通販支援会社です。EC物流代行で12年の実績を持ち、Yahoo! JAPANコマースパートナーとして物流代行サービスを提供しています。公式サイトではYahoo!ショッピングのベストストア受賞歴も紹介されています。

運営代行サービス「ECACT」は、ライトプラン（月額30万円）、スタンダードプラン（月額60万円）、アドバンスプラン（月額100万円）の3プラン（税別）。販売計画の立案、サイト更新、販促、KPI管理、広告運用、ページ制作、商品登録、顧客対応までを引き受けます。実際のストア運営はグループ会社の株式会社AXESが担当します。

物流代行・受注代行と組み合わせれば、ささげ（撮影・採寸・原稿作成）から入荷、保管、出荷までをまとめて任せられます。冷凍・冷蔵品にも対応しているため、食品など温度管理が必要な商材を扱うストアに特に向いています。

Yahoo!支援実績	コマースパートナーとして物流代行を提供。Yahoo!ショッピングのベストストア受賞歴あり
対応業務範囲	販売計画・サイト更新・販促・KPI管理・広告運用・ページ制作・商品登録・顧客対応
受注・物流対応	あり。受注処理・ささげ・入荷〜出荷の自社物流（冷凍・冷蔵・常温）
内製化支援	要問い合わせ
料金目安	ECACT：ライト月額30万円 スタンダード月額60万円 アドバンス月額100万円（税別）。物流費は別途

Yahoo!ショッピング運営代行のよくある質問（FAQ）

Yahoo!ショッピング運営代行の検討時によく寄せられる質問にお答えします。

Q. 自社で運営するのと、運営代行に依頼するのはどちらがよいですか？

社内に担当者を置けるかどうかと、月商の規模で判断するのがおすすめです。専任の担当者を採用・育成するには、人件費に加えて教育の時間もかかります。担当者を置けない、または兼任で手が回らない場合は、運営代行に任せた方が早く成果につながりやすくなります。一方で、担当者がいる場合は戦略コンサル・伴走型を選び、ノウハウを社内に蓄積していく方法が長期的なコストを抑えられます。

Q. 楽天市場とYahoo!ショッピングを同じ会社にまとめて依頼できますか？

本記事で紹介している会社の多くは、楽天市場やAmazonなど他モールにも対応しています。窓口を一本化すると、在庫や価格、イベント施策をモール横断で調整しやすくなるのがメリットです。ただし、モールごとに料金が加算される場合や、得意なモールに差がある場合もあるため、Yahoo!ショッピングでの実績を個別に確認しておきましょう。

Q. 最低契約期間はどれくらいですか？

1ヶ月単位で契約できる会社から、3〜6ヶ月、1年を基本とする会社までさまざまです。Yahoo!ショッピングでは、ページ改善や検索対策の効果が出るまでに数ヶ月かかることが多いため、単月契約ができる会社でも、成果の判断は3ヶ月程度を目安にするとよいでしょう。

Q. 成果報酬型で依頼する際の注意点はありますか？

成果報酬の計算対象（売上全体か、増加分のみか）と、最低月額の有無を必ず確認しましょう。また、PRオプションや広告費を代行会社の判断で引き上げると、売上は伸びても利益が残らないケースがあります。広告費・PRオプションの上限や、利益ベースの目標を契約時にすり合わせておくことが大切です。

Q. 2026年9月の料金改定後も、Yahoo!ショッピングへの出店を続けるべきですか？

改定により、月商300万円のストアで年間約48万円のコスト増になります（本記事の試算）。ただし、キャンペーン原資負担の廃止によって、売上に対する負担率そのものは月商が小さいほど大きく上がる計算です。まずは改定後の手数料を含めた利益を商品ごとに見直し、利益が出る商品に集中させることが重要です。自社だけで判断が難しい場合は、戦略コンサル・伴走型の代行会社に損益の見直しから相談するのも一つの方法です。

まとめ

Yahoo!ショッピング運営代行は、PRオプションや広告、PayPayポイントを軸にしたイベント、優良配送など、Yahoo!ショッピング独自の仕組みに詳しい専門家へ運営を任せられるサービスです。2026年9月の料金改定で出店コストが上がった今、「売れないまま出店を続ける」ことの負担は以前より大きくなっています。

代行会社を選ぶ際は、次の4つのポイントを確認しましょう。

• Yahoo!ショッピングでの支援実績
• 対応業務範囲
• 受注・物流対応
• 内製化支援

そのうえで、自社の状況に合ったタイプを選ぶことが成功への近道です。

タイプ	こんな企業に最適
戦略コンサル・伴走型	担当者はいるが、ノウハウを社内に蓄積しながら売上を伸ばしたい
運営まるごと代行型	担当者がいない・兼任で、日々の運営を丸ごと任せたい
広告・販促特化型	運営は回っているが、アクセスと売上が伸びない
受注・物流一体型	出荷・問い合わせ対応や優良配送の維持まで任せたい

まずは、自社に合ったタイプを把握することが重要です。まだ診断ツールを試していない方は、ぜひ「Yahoo!ショッピング運営代行おすすめ17選一覧比較表」の下にある診断ツールから確認してみてください。

なお、Amazonでも販売している、またはこれから出品を考えている場合は、Amazonに強い代行会社の比較記事もあわせて参考にしてください。

関連記事：Amazon運用代行おすすめ21選を徹底比較！選び方や費用相場まで解説