Shopify運用代行おすすめ17選比較。費用相場から選び方まで解説

Shopifyでストアを運営していると、サイト更新・広告やSNSの運用・売上分析まで、社内の人手だけでは回らなくなる場面が出てきます。Shopify運用代行は、こうした日々の運用業務をShopifyに詳しい専門の会社に任せるサービスです。

Shopify運用代行は、得意分野によって「構築から集客・物流までまとめて任せられる総合型」「広告・SEO・SNSで売上を伸ばす集客・マーケティング特化型」「独自機能の開発や外部システム連携に強いカスタマイズ・技術特化型」の3タイプに分かれます。本記事では17社をこのタイプ別に整理し、費用相場と選び方を解説します。

費用の目安は、運営代行の月額が10万円〜50万円、サイト設計やカスタマイズの初期費用が30万円〜100万円で、任せる業務の範囲によって変わります。

Shopify運用代行とは

Shopify運用代行とは、Shopifyを活用したECサイトの構築後、日々の運営や改善施策、売上向上のための戦略立案・実行などを代行してくれるサービスです。

「サイトを作って終わり」ではなく、集客、販促、デザイン改善、顧客対応など、Shopifyを継続的に“育てる”ための運用部分にフォーカスした支援が特徴です。業者によって提供範囲や強みは異なりますが、ECに関する総合的なノウハウを持つプロがサポートしてくれる点が大きな魅力です。

なぜ今、Shopify運用代行が求められているのか？

近年、D2C（Direct to Consumer）や越境ECの広がりを背景に、自社でオンラインストアを運営したい企業が増加しています。その中で、柔軟なカスタマイズ性とグローバル対応のしやすさを備えたShopifyの人気が急上昇しています。

しかし、実際に運用を始めると、

• 思うように集客できない
• 更新や改善に時間が割けない
• 広告やSNSの知識がない
• 競合との差別化が難しい

など、さまざまな壁にぶつかる企業も多くなっています。

こうした背景から、立ち上げ後の運用をプロに任せる「運用代行」のニーズが急増。特に、売上をスピーディーに伸ばしたい企業や、リソースの限られた中小企業・スタートアップを中心に導入が進んでいます。

越境を見据えるなら、海外バイヤーが集まるeBayへの出品も並行して検討する価値があります。タイプ別に出品代行を比較した記事を押さえておくと、販路ごとの外注先を整理しやすくなります。

関連記事：eBay出品代行おすすめ12選を一覧で徹底比較。選び方や費用相場も解説

自社運用との違いと代行のメリット・デメリット

	自社運用	運用代行
専門知識	社内で蓄積が必要	プロに任せられる
実行スピード	慣れるまでに時間がかかる	初動が早く即戦力
人件費・教育コスト	社員教育や採用コストが発生	外注費のみで済むケースも
内部ノウハウの蓄積	自社に残る	外部依存になる可能性も
柔軟性	自由に調整可能	業者との契約範囲内で対応

運用代行の最大のメリットは、専門性とスピード。特にShopifyに不慣れなチームでも、プロのサポートを受けることで初期のつまずきを回避し、売上アップに直結する施策を迅速に進めることができます。

一方で、外部に依存しすぎることでノウハウが社内に残らないリスクも。長期的な視点では、「どこまでを外注し、どこからを自社で担うか」のバランス設計がカギになります。

Shopify運用代行に依頼できる業務

Shopify運用代行では、Shopifyの設定やカスタマイズだけでなく、日々のEC運営に必要なほとんどの業務をサポートしてもらえます。

企業のフェーズやリソースによって、任せたい業務の範囲はさまざま。たとえば、「開設直後で何から手をつけていいかわからない」というケースもあれば、「集客と売上アップを専門家に任せたい」といった成長フェーズのニーズもあります。

まずは、代行会社が対応できる主な業務を一覧で見てみましょう。

サイト構築・初期設定	テーマ設定 / デザインカスタマイズ / アプリ導入
商品登録・在庫管理	商品情報の登録・編集 / バリエーション設定 / 在庫同期
コンテンツ更新・LP作成	トップページ・バナー・特集ページの更新 / キャンペーンLP作成
SEO・コンテンツ施策	メタ情報の最適化 / ブログ運用 / キーワード設計
広告運用	Meta広告 / Google広告 / リターゲティング広告
SNS運用支援	Instagram運用 / 投稿代行 / キャンペーン企画
メールマーケティング	メルマガ配信設計 / ステップメール / 顧客セグメント対応
分析・改善提案	Google Analytics / Shopifyレポート分析 / 改善施策の提案
顧客対応支援	チャット・問い合わせ対応の設計 / FAQ構築

Shopify運用代行では、サイト構築から集客、分析、顧客対応まで幅広い業務をサポートしているため、自社のリソースやノウハウ不足を補い、運営の負担を軽減することができます。たとえば、サイト構築や商品登録などの初期設定を外注することで、運営開始時の手間を削減できます。また、広告運用やSEO対策などの集客活動をプロに任せることで、より早く安定した売上を得ることができます。

さらに、メールマーケティングやSNS運用といったリピーター獲得やブランド認知を強化するための施策も代行業者によってサポートされ、長期的な成長を促進。加えて、売上データの分析や改善提案を受けることで、常に効果的な運営が実現できる点が大きな魅力です。

実店舗を併せ持つ事業者なら、オンラインの在庫とレジ会計を連動させて管理の手間を減らす工夫も欠かせません。失敗しない選び方からタイプ別にレジアプリを紹介した記事もあわせてご覧ください。

関連記事：レジアプリおすすめ13選比較。失敗しない選び方とタイプ別のサービスを紹介

Shopify運用代行の費用相場

Shopify運用代行にかかる費用は、依頼する業務の範囲や規模によって異なりますが、一般的な費用相場としては以下の通りです。大体の目安として参考にしてください。

初期費用（サイト設計・カスタマイズ）	30万円～100万円
月額運営代行費用	10万円～50万円 / 月
集客・広告運用代行費用	5万円～30万円 / 月（広告費別）
SEO・コンテンツ制作	10万円～40万円 / 月
カスタマーサポート代行費用	10万円～30万円 / 月

費用は、依頼する業務の範囲、業者の規模、提供するサポート内容によって大きく変動します。次に、具体的な料金体系とケースごとの費用について解説します。

料金体系

Shopify運用代行の料金体系は、業務内容別に分かれたプランや、パッケージ型の料金設定が一般的です。多くの業者は、以下のように「初期費用」と「月額費用」の2つの基本的な料金を設定しています。

初期費用（セットアップ費用）

こちらはサイト設計やテーマカスタマイズ、商品登録、必要なアプリのインストールなど、最初の設定作業にかかる費用です。サイトが立ち上がる段階でかかる一度きりの費用です。

月額運営費用

定期的に必要な運営サポートや運用改善にかかる費用です。広告運用やSEO、デザイン更新、コンテンツ制作など、日々の業務サポートにかかる月額費用がこれに当たります。

オプション費用

特定の業務（例：広告運用、カスタマーサポート、詳細な分析レポート）をオプションで追加する場合、別途費用が発生する場合があります。

ケースごとの相場

読者が抱える具体的な課題に応じて、必要となる業務やその費用相場が異なります。以下では、特定の課題に対してどのようなサービスが必要になり、その費用相場がどのくらいになるかを解説します。

• ショップ立ち上げ時に、サイト設計や初期設定を任せたい場合
• 集客がうまくいかないので、SEO対策や広告運用を強化したい場合
• サイトが完成したが、定期的な更新や商品管理を外注したい場合
• カスタマーサポートを強化したい、顧客対応に時間が取られている場合
• リピーター獲得を目指して、メールマーケティングを強化したい場合

ショップ立ち上げ時に、サイト設計や初期設定を任せたい場合

新たにECサイトを立ち上げる際、デザインやサイト構築、商品登録などの作業を外部に依頼するケースです。特に、初めてのオンラインショップ運営でShopifyの設定に不安がある場合、テーマ選定やカスタマイズ、商品ページの作成などをプロに依頼することが一般的です。

この場合、初期費用として30万円～100万円が相場となります。費用が高くなる要因としては、デザインのオリジナリティやカスタマイズの規模、商品数に応じた作業工数などが関わります。

初めての場合、Shopifyが最適かどうかも見極める必要があります。総合的なEC運営代行会社を「EC運営代行おすすめ15選を比較！費用相場や選び方まで徹底解説」にて紹介していますので、こちらも参考にしてみてください。

集客がうまくいかないので、SEO対策や広告運用を強化したい場合

集客に課題を感じている場合、SEO対策や広告運用を強化することが有効です。SEO対策では、キーワード選定やコンテンツの最適化、Google広告やMeta広告の運用では、ターゲットに合わせたキャンペーン作成やパフォーマンス分析が必要となります。

これにかかる月額費用は、SEO対策で10万円～40万円、広告運用で5万円～30万円が相場です。広告運用費用は、実際の広告費とは別にかかる運用管理費用となりますが、短期間で効果を出したい場合に必要な投資となります。

サイトが完成したが、定期的な更新や商品管理を外注したい場合

サイトが立ち上がった後、定期的な商品更新やサイトのメンテナンスが必要です。この場合、商品の追加や在庫管理、プロモーション用バナーの作成などが必要となり、運営が手間になることがあります。

月額費用として10万円～50万円が一般的で、サイト規模や更新頻度により料金は異なります。商品数が多く、頻繁に更新を行う必要があるショップほど、コストが増加する傾向にあります。

カスタマーサポートを強化したい、顧客対応に時間が取られている場合

オンラインショップにおいて、顧客対応は非常に重要です。しかし、多くの問い合わせを処理するには時間と労力がかかります。問い合わせ対応や返品・交換対応を外部に任せる場合、月額で10万円～30万円程度の費用がかかります。

特に繁忙期や大規模なセール時には、追加対応が必要になることもあります。カスタマーサポートを外注することで、社内リソースを効率的に活用できます。

リピーター獲得を目指して、メールマーケティングを強化したい場合

リピーターを増やすためには、メールマーケティングが非常に有効です。特に、カゴ落ち対策や定期的な購入促進を目的としたステップメールやニュースレターの運用を外部に依頼することが一般的です。

この場合、月額10万円～30万円が相場です。メール配信の頻度や顧客セグメントに基づくターゲティングなど、運用が定期的に行われるため、一定の費用がかかります。

Shopify運用代行の比較ポイント

ここでは、選定時に失敗しないために見るべき比較ポイントをご紹介します。

• サポート範囲の広さ
• 対応スピードと柔軟性
• 自社業界への理解があるか
• Shopify Experts認定の有無

サポート範囲の広さ

まず重要なのが、代行会社がどこまで業務をカバーしてくれるかという「サポート範囲」です。たとえば、ストアの立ち上げから商品登録、SEO対策、広告運用、カスタマーサポートまで一貫して対応できる会社もあれば、特定の領域のみに特化している会社もあります。

自社がどの範囲まで任せたいのかを明確にしたうえで、それに対応できる会社かどうかを見極めましょう。中には「広告運用は得意だけど、日々の運用は別料金」といったケースもあるため、最初にどこまでを料金内で任せられるのかを確認しておくことが大切です。

対応スピードと柔軟性

Shopify運営では、ちょっとした修正や急なトラブルへの対応が必要になる場面が多々あるため、代行会社の「対応スピード」や「柔軟性」は非常に重要です。

たとえば、「問い合わせに対するレスポンスが早いか」「修正依頼にどれくらいで対応してくれるか」といった点は、ストレスなく運営を続けるうえで大きな差になります。また、SlackやChatworkなどのチャットツールでスムーズに連絡できる体制が整っているかも、日常的なやり取りのしやすさに直結します。

自社業界への理解があるか

運用代行のスキルが高くても、自社の業界や商材についての理解が浅いと、期待した成果につながらないこともあります。そのため、自社と同じ業界・商材での支援実績があるかどうかは確認しておきたいポイントです。

たとえば、アパレルや美容業界のECは「ビジュアル訴求」や「リピート施策」が重要になりますし、BtoBの場合は「営業連携」や「発注フローへの配慮」が求められます。過去の実績や支援事例などを見ながら、自社のビジネスモデルを理解してくれるかどうかを判断しましょう。

Shopify Experts認定の有無

「Shopify Experts」は、Shopifyが公式に認定しているパートナー制度で、開発・デザイン・マーケティングなどの分野で一定以上のスキルと実績を持つ企業や個人に付与されます。

特に、構築や技術的なサポートを重視する場合は、Shopify Experts認定の有無を確認することで、スキルレベルをある程度見極めることが可能です。公式サイトで認定企業を検索することもできるので、候補の企業が掲載されているかを事前にチェックしておくと安心です。

Shopify運用代行の選び方

数あるShopify運用代行会社を課題別に3つのタイプに分類しました。それぞれどのような企業におすすめなのかも解説しているので、参考にしてください。

1. 総合型
2. 集客・マーケティング特化型
3. カスタマイズ・技術特化型

まずは、以下の診断ツールで自社に合うタイプを確認してみてください。

1. 総合型

総合型は、Shopifyの運営に必要なほぼ全ての業務をサポートする会社です。オンラインショップの立ち上げから運営、集客、販売促進、カスタマーサポートなど、すべてを一貫して任せることができます。

特に、Shopifyを使い始めたばかりの企業や、運営の負担を軽減したい企業に最適です。このタイプの代行会社は、ショップの設計から集客活動、日々の運営まで広範囲にサポートしてくれるため、時間や手間をかけずに運営したい企業に向いています。

総合型の運用代行会社には以下のような業務を依頼することができます。

• Shopifyストアのデザイン・カスタマイズ
• 商品登録や管理
• SEO対策（内部対策、キーワード選定など）
• 広告運用（Google広告、Meta広告など）
• コンテンツ制作（バナー、商品説明、ブログ記事など）
• カスタマーサポート（メール対応、FAQ作成など）
• 月次レポートの作成と運営改善提案

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2. 集客・マーケティング特化型

集客・マーケティング特化型は、オンラインショップの集客や売上を増加させることに特化したサービスを提供しています。主にSEOや広告運用、SNS活用、メールマーケティングなどを通じて、効率的にターゲットにアプローチします。

すでにショップは運営しているが、集客や売上が伸び悩んでいる企業にとって、こうしたサービスは非常に効果的です。集客力を強化したい、広告効果を高めたいという企業に最適です。

集客・マーケティング特化型の運用代行会社には以下のような業務を依頼することができます。

• SEO対策（サイト最適化、キーワード選定）
• 広告運用（Google広告、Facebook広告、Instagram広告など）
• SNS運用（Instagram、Twitter、TikTokなど）
• メールマーケティング（ニュースレター、ステップメールなど）
• リターゲティング広告（過去訪問者に対する広告配信）
• コンテンツ制作（ブログ記事、ランディングページ制作など）

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3. カスタマイズ・技術特化型

カスタマイズ・技術特化型は、Shopifyのデザインや機能を高度にカスタマイズすることに特化しており、デザインの変更や、特定の機能追加が必要な場合に頼りになるタイプです。

例えば、特別な決済方法を導入したい、独自の商品の表示方法を設定したいなど、特定の技術的な要件に対応してくれます。また、他のシステムやサービスとの連携が必要な場合にも対応可能です。複雑なカスタマイズや機能追加を希望する企業にとって、最適な選択肢です。

カスタマイズ・技術特化型の運用代行会社には以下のような業務を依頼することができます。

• Shopifyテーマのカスタマイズ（デザインやレイアウト変更）
• 独自アプリの開発（特定機能の追加）
• API連携（他システムとのデータ連携）
• バックエンドの開発（データ管理、注文処理の自動化など）
• 特殊な機能（予約システム、ポイント制度など）の開発

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おすすめのShopify運用代行一覧

以下は、本記事で紹介するShopify運用代行会社の一覧比較表です。

【総合型】のShopify運用代行会社

ます始めに、総合型のShopify運用代行会社を6社紹介します。

株式会社Rabo

株式会社Raboは、「Shopify Select Partner」（旧Shopify Expert）に認定されているShopify運用代行会社です。

Shopifyに特化した制作チームが、戦略立案・要件定義からデザイン・機能カスタマイズ、公開後の運用サポート、Google/Yahoo!広告やSEO・SNSを活用した売上拡大支援までをワンストップで提供。

特にスピーディかつ高度なカスタマイズに強みを持ち、大規模ECや他カートからの移行、新規構築まで幅広く対応。月商規模を問わず多様なECサイトを手掛けてきた経験を活かし、商品特性を深く理解した「売れるECサイト」を構築。最新のAIを活用した運営業務の自動化・効率化により、クライアントの事業フェーズに合わせた効率的な提案で伴走支援してくれます。

構築・カスタマイズと広告・SEOによる集客を1社にまとめて任せたい企業や、他カートからShopifyへ移行したい企業に向いています。

サポート範囲の広さ	構築・カスタマイズ開発・運用代行・広告/SEO/SNSマーケティングまで対応
対応スピードと柔軟性	Shopify専門チームによるスピーディな高度カスタマイズ
自社業界への理解があるか	月商規模や商材の特性を踏まえた提案を実施
Shopify Experts認定の有無	Shopify Select Partner（旧Shopify Expert）、Google・Yahoo!認定パートナー、TikTokゴールドパートナー
料金	月額29,800円〜（初期費用0円〜、条件付きで初期費用0円プランあり）

アートトレーディング株式会社

アートトレーディング株式会社は、Shopify Expertsとして公式認定を受けており、クライアントのビジネス課題や将来設計に合わせた最適な提案を行います。

サイトのデザインやカスタマイズ、SEO対策、広告運用、SNS活用などの集客施策はもちろん、受発注や在庫管理、カスタマーサポート、さらには自社倉庫を活用した物流業務までワンストップで対応可能です。

小規模ECサイトであれば最短3週間でのスピード構築も実現しており、国内外の越境ECにも柔軟に対応できる点が強みです。業界や商材ごとの特性を理解した上で、コンサルティングを重視しながら、クライアントの本業に専念できる運営体制を整えています。

物流まで含めてEC運営をまとめて外注し、社内の作業を商品開発や営業に寄せたい中小企業に向いています。

サポート範囲の広さ	構築・運営・集客・物流までワンストップで対応
対応スピードと柔軟性	小規模ECなら最短3週間でリリース可能
自社業界への理解があるか	コンサル重視で、業界や商材ごとの特性を踏まえた提案が可能
Shopify Experts認定の有無	Shopify Experts（公式エキスパート）認定企業
料金	300,000円〜 / 月

株式会社Roseau Pensant

株式会社Roseau Pensant（ロゾパンサン）は、ECサイトの立ち上げから運用、集客、販促、運用改善コンサルティングまで、EC事業に必要なあらゆる業務をワンストップでサポートしています。特に、事業計画の策定やブランド構築、サイト制作、広告運用、SNS活用、CRM・MAツールの導入、物流戦略設計など、幅広い領域に対応できる点が強みです。

各分野の専門ユニットが連携し、クライアントの課題や要望に合わせてオーダーメイドのプランを提案し、伴走型で支援を行います。ファッション、食品、ライフスタイルなど多様な業界での実績があり、Shopifyの多機能性を最大限に活かしたEC運営を実現します。

事業計画やブランド設計の段階から相談し、立ち上げ後の集客・CRM・物流まで同じ窓口で進めたいD2Cブランドに向いています。

サポート範囲の広さ	EC立ち上げ、運用代行、集客・販促、コンサル、物流、CRM、広告、SNS、システム連携まで幅広く対応
対応スピードと柔軟性	各専門ユニットが連携し、クライアントごとに柔軟かつ迅速な対応が可能
自社業界への理解があるか	ファッション、食品、ライフスタイルなど多様な業界で豊富な実績
Shopify Experts認定の有無	Shopify Experts認定あり
料金	Shopify構築：1,000,000円〜 運用サポート：50,000円〜

トランスコスモス株式会社

トランスコスモス株式会社は、Shopify Plus公式パートナーとして、ECサイトの構築から運用、マーケティング、カスタマーサポート、物流までを一貫して提供する総合型のShopify運用代行会社です。

新規立ち上げや既存サイトの統合、運用代行、構築後の継続的な支援まで幅広く対応し、特に大規模な越境ECや多チャネル展開にも強みを持っています。Shopify専任チームによる高品質なサポート体制と豊富な実績を活かし、顧客ごとの課題や要望に柔軟に対応。

データ分析やマーケティング戦略の立案、SNS・広告運用、RPAを活用した受発注管理など、EC事業全体の効率化と売上拡大を総合的に支援します。また、Shopify Experts認定企業として、専門性の高いノウハウと技術力を備えている点も大きな特徴です。

越境ECや複数チャネルへの展開を予定しており、受発注やカスタマーサポートも含めて大きな運用体制を外部に持ちたい中堅〜大企業に向いています。

サポート範囲の広さ	EC構築、運用、マーケティング、カスタマーサポート、物流、越境EC、多チャネル展開まで網羅
対応スピードと柔軟性	専任チームによる迅速かつ柔軟な対応、スポット業務や専門領域にも即応
自社業界への理解があるか	多様な業界・規模のEC支援実績があり、業界特有の課題にも対応可能
Shopify Experts認定の有無	Shopify Plus公式パートナー、Shopify Experts認定企業
料金	要問い合わせ

コマースメディア株式会社

コマースメディア株式会社は、ECサイトの初期設計から構築、運用、物流、カスタマーサポートまで、ECビジネスに必要なあらゆるプロセスを一貫してサポートしています。日本国内で3社目のShopify Experts認定企業であり、Shopify Premier Partnerにも認定されています。

自社でのShopify運営経験を活かし、戦略立案から日々の運営、受注処理、在庫管理、モール連携、越境EC支援まで幅広い業務に対応。雑貨・日用品、食品、アパレル、エンターテインメント業界など多様な業種での実績があり、クライアントの業界特有の課題やニーズにも柔軟に対応できる点が強みです。公式アワードの受賞歴もあり、確かな技術力とノウハウで、クライアントのEC事業成長を総合的に支援しています。

モール連携や越境ECを含めて、受注・在庫・物流まで日々の運営業務を一括で任せたい企業に向いています。

サポート範囲の広さ	サイト設計・構築から運用、物流、カスタマーサポート、モール連携、越境ECまで一貫対応
対応スピードと柔軟性	クライアントの状況や要望に応じたカスタムオーダーが可能で、柔軟かつ迅速な対応が強み
自社業界への理解があるか	雑貨・日用品、食品、アパレル、エンタメなど幅広い業界で実績があり、業界特有の課題にも対応
Shopify Experts認定の有無	日本国内3社目のShopify Experts認定企業、Shopify Premier Partner
料金	要問い合わせ

株式会社Proteinum

株式会社Proteinumは、自社ECの立ち上げから運営代行、集客、CRMまでを支援するECコンサルティング会社です。Shopify Partners認定を取得しており、MakeShopやecforceなど他のカートにも対応しています。

運営代行では受注・顧客対応・商品登録・サイト更新・月次レポートを担い、集客ではSEO・広告・SNS・アフィリエイトを組み合わせます。メールやLINEの配信、定期購入の設計といったCRM施策や、GA4・GTMを使ったデータ基盤づくりまで、部分的な依頼にも対応しています。

日々の運営作業とLTVを伸ばすCRM施策を同じ会社に任せ、分析から改善までを月次で回したい企業に向いています。

サポート範囲の広さ	サイト制作・運営代行（受注・顧客対応・商品登録・更新・月次レポート）・集客・CRM・データ分析まで対応
対応スピードと柔軟性	部分的な依頼にも対応。契約は3ヶ月から
自社業界への理解があるか	自社EC・モールの運営支援とCRM設計の知見をもとに施策を提案
Shopify Experts認定の有無	Shopify Partners認定
料金	コンサルティング＋運営代行：月額30万円〜／CRM支援：月額30万円〜／広告運用：広告運用額の20%〜

【集客・マーケティング特化型】のShopify運用代行会社

次に、集客・マーケティング特化型のShopify運用代行会社を5社紹介します。

サヴァリ株式会社

サヴァリ株式会社は、ECサイトの現状分析から戦略立案、実行までを一貫してサポートしています。特にSEO対策や広告運用、SNSマーケティングなど、集客や売上向上に直結する施策に強みを持ち、クライアントごとに最適なマーケティング戦略を提案してくれます。

15年以上にわたるEC業界での実績と豊富なノウハウを活かし、Shopifyだけでなく楽天・Amazonなど多様なプラットフォームにも対応。実務経験豊富なコンサルタントが在籍し、クライアントの課題や業界特性を的確に把握した上で、売上アップに向けた具体的な施策を実施します。コミュニケーションを重視し、迅速かつ柔軟な対応で、目標達成に向けて伴走するパートナーとして高い評価を得ています。

Shopifyに加えて楽天・Amazonなど複数の販路をまとめて伸ばしたい企業や、集客の戦略づくりから相談したい企業に向いています。

サポート範囲の広さ	集客・マーケティング施策を中心に、現状分析から戦略立案、広告運用、SEO、SNS、LP制作まで幅広く対応
対応スピードと柔軟性	実務経験豊富なコンサルタントが在籍し、迅速かつ柔軟な対応が可能
自社業界への理解があるか	15年以上のEC運営実績があり、アパレル・食品・越境ECなど多様な業界知識を持つ
Shopify Experts認定の有無	ー
料金	コンサルティングプラン：150,000円～ 集客コース：300,000円〜 フルサポートプラン：500,000円〜

株式会社オタツー

株式会社オタツーは、ECサイトの制作から運営、広告運用、SEO対策、SNS活用、メールマーケティングまで幅広いマーケティング支援を提供しています。Shopify公式認定パートナーとして、複雑な初期設定やアプリ導入、デザイン設計、商品登録、バナーやLP制作、記事執筆、商品撮影など、専門スタッフによる一括サポートが強みです。

特に、集客や売上向上を目指す企業に対して、データ分析に基づいた施策提案や、急な変更にも柔軟かつスピーディに対応できる体制を整えています。クライアントの業界や商材に合わせた徹底的なヒアリングと現状・競合分析を行い、最適なマーケティング戦略を実行することで、EC事業の成長を伴走型で支援しています。

商品登録・バナー・LP制作・撮影などの細かな作業を短納期で回しつつ、広告やSEOで売上を伸ばしたい企業に向いています。

サポート範囲の広さ	ECサイト制作、運営、広告運用、SEO、SNS、メールマーケ、商品登録、デザイン、撮影まで幅広く対応
対応スピードと柔軟性	テキスト修正は最短数時間、バナーやLP制作は最短翌営業日など、急な依頼にも迅速対応
自社業界への理解があるか	商材や業界に合わせた徹底ヒアリング・現状分析・競合分析を実施し、最適な施策を提案
Shopify Experts認定の有無	Shopify公式認定パートナー（Shopify Experts認定）
料金	55,000円〜 / 月

アユース株式会社

アユース株式会社は、ECサイトの設計から運営管理、さらにCRMツールの提供まで一貫したサービスを展開しています。自社でも複数のShopifyサイトを運営している実績を活かし、戦略立案から施策の実行、効果検証までをワンストップでサポート。特にブランディングを意識したデザインや、ユーザーが購入しやすい導線設計、コンテンツ配信、各種設定など、売上向上に直結するマーケティング施策に強みを持っています。

国内外のEC専門家と連携し、最新のトレンドやデータ分析を活用した集客・販促プロモーションを実施。既存ECサイトからのShopify移行にも対応し、業界や商材ごとの特性を踏まえた柔軟な提案が可能です。メール・チャット・ZOOMなど多様なコミュニケーション手段で丁寧なヒアリングを行い、EC運営経験がない企業でも安心して依頼できる体制を整えています。

ブランドの世界観を保ったままShopifyへ移行したい企業や、EC運営の経験が少なくヒアリングから丁寧に進めたい企業に向いています。

サポート範囲の広さ	戦略立案から施策実行、効果検証、CRMツール提供、既存ECからの移行まで一貫サポート
対応スピードと柔軟性	メール・チャット・ZOOMで迅速かつ丁寧な対応、企業ごとの課題に合わせた柔軟な提案が可能
自社業界への理解があるか	多様な業界・商材のECサイト運用実績があり、業界特性を踏まえた施策提案ができる
Shopify Experts認定の有無	ー
料金	制作プラン：250,000円～ カスタマイズプラン：800,000円～

株式会社いつも

株式会社いつもは、Shopifyに特化した一貫支援体制を持ち、サイト構築から運用、集客、プロモーション、データ分析まで幅広いサービスを提供しています。特にマーケティング戦略の立案と実行に強みがあり、クライアントごとに最適な施策をフルカスタマイズで提案できる点が特徴です。

商品ページの最適化やメルマガ配信、SNS活用など、企業のリソースや課題に応じてピンポイントでのサポートも可能です。楽天市場やAmazonなど他モールでのノウハウも活かしながら、Shopifyストアの集客力と売上向上を徹底的にサポートします。

楽天市場やAmazonなど他モールでも販売しており、Shopifyを含めた販路全体の集客と販促を見直したい企業に向いています。

サポート範囲の広さ	サイト構築から運用、集客、プロモーション、データ分析、部分的な業務支援まで幅広く対応
対応スピードと柔軟性	クライアントの課題やリソースに応じて柔軟に対応、ピンポイントでのサポートも可能
自社業界への理解があるか	多様な業界・業種での支援実績が豊富、他モール運営ノウハウも活用し業界特性に合わせた提案が可能
Shopify Experts認定の有無	ー
料金	要問い合わせ（案件ごとにカスタマイズ対応）

株式会社これから

株式会社これからは、Shopify Premier Partnerに認定されたEC支援会社です。ストアの構築・リニューアル・他カートからの移行に加え、公開後のサイト運用、ストア設定、サイト監査と改善提案を行います。

集客面では、SEO・検索広告・SNS・メールやLINEを使ったCRMに対応し、広告運用を自動化する自社ツール「AdSIST」も提供しています。構築と集客の両方を同じ会社で進められる点が特徴です。

構築後のストアで広告やSEO・CRMを回しながら、サイトの改善も並行して進めたい企業に向いています。

サポート範囲の広さ	構築・移行・サイト運用・SEO・広告・SNS・メール/LINEのCRM・分析まで対応
対応スピードと柔軟性	要問い合わせ
自社業界への理解があるか	業態や規模に合わせたストア設計と公開後の運用支援を提供
Shopify Experts認定の有無	Shopify Premier Partner
料金	要問い合わせ

【カスタマイズ・技術特化型】のShopify運用代行会社

最後に、カスタマイズ・技術特化型のShopify運用代行会社を6社紹介します。

株式会社ピュアフラット

株式会社ピュアフラットは、カスタマイズ・技術特化型のShopify運用代行会社として、豊富な実績と高い技術力を誇ります。特定業界に特化した高度なカスタマイズや、独自のデザイン・機能開発、システム連携など、クライアントの多様な要望に柔軟に対応できる点が大きな強みです。

Shopifyストアの立ち上げから最適化、広告運用、データ分析、効果測定、海外展開まで幅広いサポートを提供し、初心者から上級者まで安心して依頼できる体制を整えています。さらに、データドリブンなマーケティング施策やパーソナライズドな提案を通じて、クライアントの目標達成を強力にバックアップします。

業界特有の要件に合わせた機能やデザインが必要で、立ち上げ後の広告運用や海外展開まで同じ会社に相談したい企業に向いています。

サポート範囲の広さ	店舗立ち上げ、最適化、広告運用、販促施策、データ分析、海外進出まで幅広く対応
対応スピードと柔軟性	クライアントごとに丁寧かつ迅速な対応、個別要望にも柔軟に対応
自社業界への理解があるか	特定業界に特化したカスタマイズ実績が豊富で、業界ごとの課題やニーズに精通
Shopify Experts認定の有無	ー
料金	要問い合わせ

株式会社ハックルベリー

株式会社ハックルベリーは、Shopifyを活用したECサイトやファンクラブサイトの構築・運用支援に強みを持っています。特に、エンターテインメント業界やIPコンテンツ運営企業向けに、ファンクラブとECを統合したシステムを低コストかつ短期間で提供できる点が特徴です。

Shopifyの拡張性を活かし、会員管理や多様な決済、予約販売、抽選販売、eギフトなど、個別の要望に応じた機能追加やAPI連携、独自アプリ開発も柔軟に対応しています。また、Shopify Plusパートナー・Shopify Experts認定を持つ高い技術力で、業界特有の課題解決や運用改善を実現しています。

さらに、最短3ヶ月でのローンチや、既存システムの課題解決にも対応し、幅広い業種・業界のニーズに応える体制を整えています。

ファンクラブ・会員管理・抽選販売など、標準機能だけでは足りない販売方法をShopifyで実現したいエンタメ・IP・D2C企業に向いています。

サポート範囲の広さ	EC構築・運用・アプリ開発・カスタマイズ・API連携まで幅広く対応
対応スピードと柔軟性	最短3ヶ月でローンチ、個別要望にも柔軟対応
自社業界への理解があるか	エンタメ・IP・D2Cなど多様な業界実績
Shopify Experts認定の有無	Shopify Experts・Shopify Plusパートナー認定
料金	要問い合わせ

株式会社セルフプラス

株式会社セルフプラスは、Shopify ExpertsおよびShopify Strategic Partnerに認定されており、幅広い業種・規模のECサイト構築を手がけてきました。セルフプラスの最大の強みは、クライアントの要望や予算に応じた柔軟なカスタマイズ対応力と、UI/UXを重視したデザイン設計、そして越境ECを含むグローバル展開への対応力です。

Webデザインから独自機能の開発、API連携、アプリ開発まで、技術的な課題にワンストップで対応し、構築後も運用・集客・改善提案など長期的なサポートを提供しています。さらに、SNS運用やインフルエンサー施策、広告運用などマーケティング支援も充実しており、ECサイトの成長を総合的に後押しします。スギ薬局グループやHARIOなど大手企業から個人事業主まで幅広い導入実績があり、業界特有の課題にも的確に対応できる点が評価されています。

予算に合わせて独自機能やアプリ開発を取り入れつつ、越境ECや多言語展開も視野に入れている企業に向いています。

サポート範囲の広さ	サイト構築、デザイン、独自機能開発、API連携、運用・集客・改善提案、越境EC、SNS・広告運用まで幅広く対応
対応スピードと柔軟性	最短1ヵ月で納品可能。要望・予算に応じた柔軟なカスタマイズと迅速な対応が強み
自社業界への理解があるか	多業種対応の経験から、業界特有の課題にも的確に対応
Shopify Experts認定の有無	Shopify ExpertsおよびShopify Strategic Partnerに認定
料金	要問い合わせ

GMOグローバルEC株式会社（旧 ジェイグラブ株式会社）

GMOグローバルEC株式会社（旧ジェイグラブ株式会社）は、カスタマイズ・技術特化型のShopify運用代行会社として、特に越境EC分野で豊富な実績を持っています。Shopify Japan社から公式に「Shopify Experts」として認定されており、シンプルなECサイト構築から本格的なカスタマイズ、独自機能の開発、他システムとの連携まで、幅広い技術ニーズに対応できるのが大きな強みです。

多言語・多通貨対応や、世界中の主要ECモール・SNSとの連携、100種類以上の決済方法への対応など、グローバル展開を見据えた高度なカスタマイズを得意としています。経験豊富な技術スタッフと越境ECコンサルタントが、徹底したヒアリングを通じてクライアントの要望を的確に把握し、最適なソリューションを提案。

サイト構築後も運営や集客、マーケティングまでワンストップでサポートし、事業の成長を伴走型で支援します。

多言語・多通貨対応や海外モール連携を含めて、海外向けShopifyストアを本格的に立ち上げたい企業に向いています。

サポート範囲の広さ	Shopify構築・カスタマイズ・機能開発・他ECプラットフォーム移行・越境EC・運営/集客/マーケまで幅広く対応
対応スピードと柔軟性	経験豊富な技術スタッフによる迅速かつ柔軟な対応、要件に応じたカスタマイズ体制
自社業界への理解があるか	越境ECの支援経験が豊富で、幅広い業種・商材に対応可能
Shopify Experts認定の有無	Shopify Japan社公式認定
料金	要問い合わせ

BiNDec（株式会社ウェブライフ）

株式会社ウェブライフが提供するBiNDecは、デザインやストア設計、システム連携、独自アプリ開発など、技術力を求められる高度な要件に柔軟に対応することができるサービスです。BiNDecの最大の特徴は、Shopify Premierパートナーとして認定されている点にあり、これは国内でも限られた企業のみが持つ最高位のパートナー資格です。これにより、複雑な要件や大規模なプロジェクトにも対応できる体制とノウハウを備えています。

また、独自開発の「BiNDecアプリ」を活用し、購入制限やデータ連携などの機能をパッケージ化することで、過度なカスタマイズによるコスト増や構築期間の長期化を抑えつつ、EC運用の効率化と成果向上を実現します。さらに、ノーコードCMS「BiNDup」との連携により、コンテンツマーケティングやランディングページ制作も容易に行え、運用内製化のためのコーチングも提供しています。

購入制限やデータ連携など複雑な要件があり、過度な個別開発を避けながら大規模なストアを運用したい企業に向いています。

サポート範囲の広さ	EC構築から運用、独自アプリ開発、システム連携、物流・決済・マーケ領域まで幅広く対応
対応スピードと柔軟性	独自アプリ活用による迅速な構築と変化への柔軟な対応で、2〜3ヶ月でローンチ可能
自社業界への理解があるか	350件以上の導入実績と多様な業種対応による深い業界理解
Shopify Experts認定の有無	Shopify Premier Partner（日本国内数社のみ）、Shopify Plus Partner of the Year等受賞
料金	要問い合わせ

株式会社コマースラボ

株式会社コマースラボは、Shopifyパートナーとしてストア構築と月額の運用・保守、ECマーケティング支援を提供している会社です。運用・保守プランでは、月5時間の改修枠の中で新規ページ作成・機能実装・レイアウト変更・商品登録・不具合対応を引き受け、チャットでの質問には回数の制限なく答えます。

ECマーケティング支援では、GA4・サーチコンソール・Clarityを使った分析と月1回の戦略ミーティングをもとに、広告運用・メルマガやLINEの施策・SEOを実行します。カスタマイズは1件からのスポット依頼にも対応しています。

社内にエンジニアがおらず、Shopifyの細かな改修や不具合対応を月額固定で相談できる窓口を持ちたい企業に向いています。

サポート範囲の広さ	サイト改修・機能実装・商品登録・不具合対応・アプリ見直し・分析・広告・メルマガ/LINE・SEOまで対応
対応スピードと柔軟性	月5時間の改修枠で継続対応。契約期間の縛りなし（1ヶ月から利用可）
自社業界への理解があるか	GA4などのデータ分析と月1回の戦略ミーティングで商材に合わせた施策を提案
Shopify Experts認定の有無	Shopifyパートナー
料金	運用・保守プラン：月額49,500円（税込）／構築プラン：550,000円（税込）

Shopify運用代行会社によくある質問

初めてShopify運用代行を検討している方にとっては、不安や疑問も多いはず。ここでは、よくある質問とその回答をまとめました。

Q1. Shopify運用代行と制作会社の違いは何ですか？

制作会社は主に「ショップの立ち上げ（構築）」を専門としています。一方で、運用代行会社は立ち上げ後の「日々の運用、集客、改善業務」までを継続的に支援するのが特徴です。両方を兼ねている会社もありますが、「運用支援」に重きを置いているかどうかが違いのポイントです。

新規でShopifyのサイト構築から検討したい場合は、構築実績やデザイン力で 強みを持つ制作会社を別軸で比較するのが近道です。タイプ別に16社をまとめた以下の記事もあわせてご覧ください。

関連記事：Shopify制作会社おすすめ16選比較。業種・タイプ別の選び方から費用相場まで

また、自社ECと並行してモール販売も伸ばしたいなら、Amazonへの出品まわりの整備が次の一手になります。依頼前に知っておくべき落とし穴と対策をまとめた記事が、判断の助けになります。

関連記事：Amazon出品代行おすすめ11選。依頼前に知るべき落とし穴と対策まで解説

Q2. Shopify運用代行の費用相場はいくらですか？

月額の運営代行費用は10万円〜50万円、サイト設計やカスタマイズの初期費用は30万円〜100万円が目安です。広告運用は月5万円〜30万円（広告費別）、SEO・コンテンツ制作は月10万円〜40万円で、任せる業務が増えるほど月額が上がります。

Q3. Shopify運用代行はどう選べばいいですか？

最初に、課題が「運営の人手不足」「集客」「機能やシステム」のどれにあるかを決め、総合型・集客/マーケティング特化型・カスタマイズ/技術特化型のどのタイプに当たるかを絞ります。そのうえで、任せたい業務が対応範囲に入っているか、最低契約期間、Shopifyの認定パートナーかどうかを比べます。集客の戦略づくりから相談したい場合は、Shopifyコンサルの比較も参考になります。

Q4. Shopify運用代行はどんな企業に向いていますか？

商品登録・ページ更新・受注処理に社内の時間を取られている企業や、広告・SEOのノウハウがなく売上が伸び悩んでいる企業に向いています。立ち上げ直後で何から手を付けるか決まっていない段階でも、運用代行に任せると施策の優先順位を一緒に決められます。楽天市場やAmazonにも出店している場合は、楽天運営代行やAmazon運用代行の比較もあわせて見ると、販路ごとの依頼先を決めやすくなります。

Q5. 契約期間に縛りはありますか？

代行会社によって異なりますが、最低契約期間（3ヶ月〜6ヶ月）を設けている会社が多いです。成果が出るまで一定の時間が必要なことや、初期の施策設計に時間を要するためです。ただし、月単位の短期契約が可能な会社もあるので、契約前にしっかり確認しましょう。

まとめ：最適な運用代行パートナーを見つけるために

Shopify運用代行を活用することで、専門的な知見を取り入れながら、効率的にストア運営を進めることができます。ただし、代行会社ごとに対応範囲や得意分野は異なるため、「どこに依頼するか」が成果に直結します。

最適なパートナーを見つけるためには、以下のポイントを押さえておくことが大切です。

• まずは自社の課題や目標を明確にすること。何に悩んでいるのか、どこにリソースが足りていないのかを整理しましょう。
• 複数の代行会社を比較検討すること。料金やサービス内容だけでなく、サポート体制や実績も含めて総合的に判断するのがポイントです。
• 過去の実績や支援事例を確認すること。自社と似た業界や規模の支援経験があるかどうかは、適切な提案ができるかの判断材料になります。
• コミュニケーション体制を重視すること。スムーズなやり取りができるか、定例ミーティングや日常的な報告の仕組みがあるかも確認しておきましょう。
• 契約前にサービス内容と料金体系をしっかり確認すること。後から想定外の追加費用が発生しないよう、見積もりと業務範囲は明確にしておくことが重要です。

これらの点を踏まえて慎重に選定することで、長期的に信頼できる運用パートナーと出会うことができます。自社の成長をともに目指してくれるチームを見つけ、Shopifyビジネスを次のステージへと進めましょう。