サブスク決済代行サービスおすすめ11選比較。手数料相場と商材別の選び方

「サブスクの請求業務を自動化したいが、どの決済代行を選べばいいか分からない」
「決済手数料の相場はどれくらいなのか知りたい」
「自社の商材（EC・Webサービス・BtoB SaaS）に合うサービスが分からない」
「継続課金の未回収や解約をうまく管理したい」

このような悩みを抱えていませんか？

サブスク決済代行は、月額・年額などの継続課金を自動で処理し、請求・入金確認の手間を減らせるサービスです。ただし、対応する決済方法や手数料、得意な商材は会社ごとに大きく異なります。

本記事では、サブスク決済代行サービス11社を独自に調査し、手数料相場・比較ポイント・商材別の選び方をまとめました。まずは以下の診断ツールで、自社に最適なタイプを確認してみてください。

サブスク決済代行サービスとは？

サブスク決済代行サービスとは、企業がサブスクリプションモデルを採用する際に必要な決済処理を、外部の専門業者が代行するサービスです。初回申込時に顧客情報と決済情報を登録しておくことで、毎月の請求・決済・入金確認を自動化できます。

似た言葉に「サブスク決済システム」がありますが、両者はほぼ同じ意味で使われます。厳密には、決済処理そのものを代行するのが決済代行、会員管理や課金管理まで含めてシステムとして提供するのが決済システムというニュアンスの違いがありますが、近年は両機能を備えたサービスが主流です。自社サービスへの組み込み（API連携）や会員管理の一体化を求める場合は、システム面の機能も合わせて確認するとよいでしょう。

サブスク決済代行を導入すると、継続課金の自動化により請求・入金確認の手間が省け、未回収リスクを抑えながら、継続売上を安定的に管理できます。

決済代行サービス全般について幅広く比較したい方は、以下の関連記事も参考にしてください。

関連記事：決済代行サービス17選比較。料金・対応決済・失敗しない選び方まで解説

サブスク決済代行に依頼できること

サブスク決済代行は「決済の自動化」だけでなく、継続課金にまつわる業務を幅広く代行してくれます。依頼できる主な内容を整理しました。

継続課金の自動処理	クレジットカード・口座振替などによる定期的な自動引き落とし
多様な決済手段の提供	クレカ・口座振替・コンビニ・スマホ決済など複数の支払い方法に対応
請求・入金管理	毎月の請求書発行・入金確認・未入金者のリスト作成
督促・未回収対応	支払い遅延者への督促、立替保証による未回収リスクの低減
会員・契約管理	会員登録・更新・解約・プラン変更などの管理（システム型の場合）

これらを代行会社に任せる最大のメリットは、自社で複雑な決済システムを開発する必要がないことです。決済会社と自社をつなぐ部分以外は代行会社が担うため、開発コストを抑えてスピーディーに決済を導入できます。また、定期的な請求や入金確認が自動化されることで管理工数が大幅に減り、本来注力すべき事業活動に集中できます。

一方で、サービス利用には手数料がかかり、決済トラブル時は自社で直接解決できない場合もあります。導入前にサポート体制と料金体系を確認しておくことが大切です。

サブスク決済代行の手数料・費用相場

サブスク決済代行を検討するうえで、最も気になるのが手数料です。料金は大きく3つの体系に分かれ、それぞれ向いている事業フェーズが異なります。まずは全体像を把握してください。

料金体系	特徴	向いている事業
成果報酬型	初期・月額費用が無料で、売上発生時のみ決済手数料が発生	売上が不安定な立ち上げ期
月額固定費型	決済手数料が割安な代わりに、毎月のシステム利用料が発生	売上が安定し取引量が多い事業
複合型	月額固定費と決済手数料の両方が発生するバランス型	中規模で安定成長中の事業

決済手段別の手数料相場

手数料は決済手段によって異なります。サブスク決済で主に使われる手段の相場は以下の通りです。

決済手段	手数料相場
クレジットカード決済	3.0〜3.6%前後
口座振替	1件あたり数十円〜数百円、または料率制
コンビニ決済	決済金額に応じた料率＋1件あたりの固定費
銀行振込	1.5%前後または振込手数料

クレジットカード決済が最も一般的で、料率は3%台が中心です。口座振替は高額・長期契約の商材に向いており、未回収リスクを抑えやすい一方、登録までに手間がかかります。BtoB向けの掛け払いでは0.5〜3.4%程度と料率が低めに設定されるケースもあります。

手数料以外にかかる諸費用

料金は決済手数料だけではありません。初期費用（0〜5万円程度）、月額固定費、トランザクション処理料、クレジットカード洗替機能や分析ツールなどのオプション費用がかかる場合があります。特に多機能なシステムや手厚いサポートを求めると初期費用が発生しやすいため、手数料の安さだけで判断せず、年間のトータルコストで比較することが重要です。

サブスク決済代行を選ぶ際の比較ポイント

サブスク決済代行は、ワンショットの決済と違い「継続課金をいかに安定して回収できるか」が成果を左右します。料金だけでなく、以下の5つのポイントを確認しましょう。

• 商材・顧客層に合った決済方法
• 手数料と入金サイクル
• 継続課金の安定性（リトライ・カード洗替）
• 解約・返金・会員管理への対応
• セキュリティ（PCI DSS・3Dセキュア）

商材・顧客層に合った決済方法

商材や顧客層に合った決済方法を採用することが、継続率を高める前提になります。若年層やデジタルサービスではクレジットカードやスマホ決済、キャリア決済が好まれ、中高年層や教育サービスでは口座振替やコンビニ決済が選ばれやすい傾向があります。自社の顧客が使いやすい決済手段が揃っているかを確認しましょう。

手数料と入金サイクル

手数料体系は前述の3タイプから、自社の売上規模に合うものを選びます。あわせて確認したいのが入金サイクルです。日次・週次・月次など、サービスによって入金タイミングが異なり、キャッシュフローに直結します。緊急時に迅速な入金に対応できるかも、安定運営の観点で重要です。

継続課金の安定性（リトライ・カード洗替）

サブスク特有の確認軸が、継続課金の安定性です。決済失敗時に自動で再試行する「リトライ機能」や、有効期限切れのカード情報を自動更新する「カード洗替機能」があると、意図しない解約や売上の取りこぼしを防げます。継続課金を主軸にする事業ほど、この機能の有無が収益に直結します。

解約・返金・会員管理への対応

継続課金では、解約や返金、プラン変更が日常的に発生します。これらをスムーズに処理できる管理機能があるか、会員登録から課金・解約までを一元管理できるかを確認しましょう。会員制ビジネスでは、会員管理と決済が統合されているサービスを選ぶと運用負担を大きく減らせます。

セキュリティ（PCI DSS・3Dセキュア）

顧客のカード情報を継続的に預かるため、セキュリティ対応は必須です。クレジットカード業界の国際基準であるPCI DSSへの準拠や、不正利用を防ぐ3Dセキュア（本人認証）に対応しているかを確認しましょう。決済代行会社がこれらに対応していれば、自社で個別に厳重なセキュリティ対策を講じる必要がなく、安心してサービスを提供できます。

サブスク決済代行サービスの選び方

サブスク決済代行は、扱う商材によって最適なサービスが変わります。 ここでは商材別に3つのタイプへ分類し、それぞれの特徴と向いている事業を紹介します。

1. EC・店舗向け ｜ 物販の定期便や店舗の会費・月謝を扱う場合
2. Webサービス向け ｜ 動画配信・オンラインツールなどデジタル課金の場合
3. BtoB SaaS・月額サービス向け ｜ 法人向け継続課金・請求管理が必要な場合

まずは、以下の診断ツールで自社に合うタイプを確認してみてください。

EC・店舗向け ｜ 物販の定期便・店舗の会費/月謝

ECサイトの定期便や、ジム・教室など店舗の会費・月謝を扱う事業に向いたタイプです。店頭決済からオンライン決済まで幅広い決済手段に対応し、会員管理や月謝集金を一元化できるサービスが揃っています。

このタイプへの依頼に向いている事業は以下になります。

• ECサイトで定期購入・頒布会を運営している事業
• ジム・スクール・サロンなど会員制の店舗ビジネス
• 店頭とオンラインの両方で決済を受けたい事業

EC・店舗向けのサービスを見る ↓

Webサービス向け ｜ デジタルサービスの月額課金

動画配信・オンラインツール・アプリなど、デジタルサービスの月額課金を扱う事業に向いたタイプです。API連携で自社サービスに決済を組み込めたり、海外通貨に対応していたりと、オンライン完結型の課金に強いサービスが中心です。

このタイプへの依頼に向いている事業は以下になります。

• 動画・コンテンツ配信などのWebサービス
• 自社アプリ・サイトに決済を組み込みたい事業
• 海外ユーザー向けにサービスを展開する事業

Webサービス向けのサービスを見る ↓

BtoB SaaS・月額サービス向け ｜ 法人向け継続課金

法人向けのSaaSや月額サービスなど、企業間の継続課金・請求管理が必要な事業に向いたタイプです。与信審査・請求書発行・入金消込・督促までを一括代行し、掛け払いや立替保証に対応するサービスが揃っています。

このタイプへの依頼に向いている事業は以下になります。

• 法人向けSaaS・月額サービスを提供する事業
• 掛け払い（請求書払い）に対応したい事業
• 複雑な料金プランや従量課金を扱う事業

BtoB SaaS・月額サービス向けのサービスを見る ↓

おすすめのサブスク決済代行サービス一覧比較表【商材別】

以下は、本記事で紹介するサブスク決済代行サービス11社の一覧比較表です。各社の公開情報を編集部が調査し、商材別に整理しました。

【EC・店舗向け】のサブスク決済代行サービス

EC・店舗向けは、物販の定期便や店舗の会費・月謝を扱う事業に向いたタイプです。該当するサービスは次の5社です。

Square

店舗運営ツールも無料で使える、決済手段の柔軟さが魅力のサービスです。スマートフォンやタブレットと連動したカード決済端末として多くの店舗で利用されており、サブスク決済機能として「定期請求書」と「サブスクリプション」の2種類を提供しています。

POSレジ機能・売上分析・顧客管理・在庫管理なども無料で利用でき、決済だけでなく店舗運営全体をサポートします。ECサイトの定期便、教室やジムの月謝、店舗での会費徴収など、幅広い業種のサブスクリプションビジネスに対応しています。

決済方法	クレジットカード・QRコード決済・タッチ決済・電子マネー・請求書決済など
料金	カード決済手数料2.5%／その他3.25%／月額固定費0円〜
入金サイクル	三井住友・みずほは翌営業日、その他は週次
特徴	POSレジ・売上分析・顧客管理などの店舗ツールが無料

アルファノート

店舗・オンラインのどちらにも対応し、最短即日で導入できるサービスです。エステやスクールなどのサブスク店舗にも国内決済を提供でき、ポータブルタイプの決済端末も用意されています。

ECなどのオンライン決済では、WordPress内でインストールできるECカート用プラグイン「WooCommerce」に対応しており、手軽に導入できます。初期・月額費用0円から始められ、中小企業・個人事業主向けの「導入応援プログラム」では条件を満たすと決済手数料2.48%で利用可能です。

決済方法	クレジットカード・電子マネー・QRコード・コンビニ・ATM決済
料金	初期・月額0円／手数料1.90%〜・2.48%〜・3.24%
入金サイクル	月1回〜月8回から選択可能
特徴	業界最安水準・70種類以上の決済方法に対応

SBペイメントサービス

40ブランド以上の豊富な決済手段が特徴の決済代行サービスです。クレジットカード・PayPay・キャリア決済・コンビニ決済などに対応し、ECサイトから店舗決済まで幅広くカバーします。

サブスク決済では「継続課金(簡易)」と「継続課金(定期・従量)」の2種類を用意し、事業形態に応じた柔軟な運用が可能です。クレジットカード有効期限切れを防ぐ「カード洗替サービス」や無料の「AI不正検知」などオプションも充実し、PCI DSS完全準拠の認定を取得しています。

決済方法	クレジットカード・コンビニ・後払い・PayPay・キャリア決済・電子マネーなど
料金	店舗決済：初期・月額0円〜／決済手数料3.24%〜
入金サイクル	要問い合わせ
特徴	カード洗替・AI不正検知などオプションが充実

後払い.com口座振替サービス

口座振替の業務をすべて代行し、100%立替保証が付くサービスです。利用者の支払いが行われなくても企業側には毎月入金される仕組みで、未回収リスクを抑えられます。

事業者が行うのは請求情報の登録のみで、口座振替依頼書の取得・入金管理・督促・問い合わせ対応まで一括で委託できます。口座登録完了までの準備期間中もコンビニ・郵便局・銀行・スマホ決済で支払える請求書を発行し、この間の未回収分も保証対象です。公共料金・EC・食品定期便・ジムなど幅広い業種に対応しています。

決済方法	口座振替
料金	月額0〜49,500円／決済手数料2.8%〜4.8%（プランによる）
入金サイクル	要問い合わせ
特徴	100%立替保証・口座振替業務を全て代行

会費ペイ

会費制ビジネスに特化した会員管理・決済システムです。フィットネスジム・各種スクール・教育機関・協会・コミュニティなど幅広い業種で10,000店舗以上の導入実績があります。

入会申込Webフォーム・会員管理・請求管理・決済機能が一つのシステムに統合され、入会から毎月の集金、未収金の催促までを完全自動化できます。初期・月額固定費0円でシステム利用料のみが発生し、決済手数料を会員負担とすることも可能です。

決済方法	口座振替・クレジットカード・コンビニ決済
料金	初期・月額0円／システム利用料3.5%(決済手数料含む)＋100円/件
入金サイクル	要問い合わせ
特徴	会員管理から集金・催促まで完全自動化

EC向けの決済代行を幅広く比較したい方は、以下の関連記事も参考にしてください。

関連記事：EC決済代行サービス/会社10選比較！選び方と導入メリットを解説

【Webサービス向け】のサブスク決済代行サービス

Webサービス向けは、動画配信・オンラインツールなどデジタルサービスの月額課金を扱う事業に向いたタイプです。該当するサービスは次の3社です。

サブスクペイ

サブスクビジネスに特化した継続課金システムです。決済連動の顧客管理データベースにより会員の行動履歴などを分析でき、決済手数料も2.5%と競合に比べて低めなのが特徴です。

「Standard」は既存システムがある企業向けの決済特化型、「Professional」はサイト作成から顧客管理・分析まで備えたオールインワン型、「インボイス」はインボイス制度対応の領収書自動発行に特化したエディションです。ノーコードでのサブスクサイト構築や契約の自動更新、データ分析レポートなど高度な機能を提供します。

決済方法	口座振替・クレジットカード・銀行振込・コンビニ決済・掛け払い
料金	要問い合わせ
入金サイクル	要問い合わせ
特徴	サブスク特化・行動履歴の分析やノーコード構築に対応

PayPal

100以上の通貨に対応し、海外向けサービスに強いグローバル決済サービスです。世界で4億人以上のユーザーに利用されており、その信頼性と国際対応力が魅力です。

固定料金または従量課金の選択、請求サイクルの柔軟なカスタマイズ、無料トライアル期間や割引の設定が可能です。サブスクリプションダッシュボードでKPIをリアルタイムに追跡でき、決済失敗時には5日ごとに最大2回のリトライが自動実行されます。海外向けの商材を扱う事業におすすめです。

決済方法	口座振替・クレジットカード・デビットカード
料金	月額0円／固定手数料40円＋決済手数料3.2%
入金サイクル	要問い合わせ
特徴	100以上の通貨に対応・決済失敗時の自動リトライ

Stripe

API連携が容易で、カスタマイズ性の高いグローバル決済プラットフォームです。複数の国と通貨に対応し、特にスタートアップやWebサービス運営者にとって、リアルタイムの決済処理やサブスクリプション管理を容易にします。

既存のWebサイト・モバイルアプリ・CRMシステムへの統合が容易で、顧客向けセルフサービスポータル、Smart Retriesによる決済失敗時の自動再試行、詳細な財務レポート機能など、サブスクビジネスに必要な包括的な機能を提供します。

決済方法	クレジットカード・コンビニ決済・銀行振込
料金	初期・月額0円／クレカ3.6%・コンビニ3.6%・銀行振込1.5%
入金サイクル	要問い合わせ
特徴	API連携・自動リトライ・財務レポートが充実

【BtoB SaaS・月額サービス向け】のサブスク決済代行サービス

BtoB SaaS・月額サービス向けは、法人向けの継続課金や請求管理が必要な事業に向いたタイプです。該当するサービスは次の3社です。

RP掛け払い

与信から催促まで代行し、貸し倒れ時の100%保証が付くBtoB向けサービスです。決済を含む与信・請求書作成/送付・集金・入金消込・催促までの業務を代行します。

入金遅延・貸し倒れの場合に100%金額保証を提供し、締日から最短5営業日での早期払いにも対応するため資金運用がしやすいのが特徴です。与信審査を通過しなかった自社債権も同じシステム上で管理でき、法人間取引のSaaS事業やBtoB向けサブスクに適しています。

決済方法	銀行振込・口座振替
料金	初期・月額0円／決済手数料0.5%〜3.4%
入金サイクル	締日から最短5営業日の早期払いに対応
特徴	入金遅延・貸し倒れ時に100%金額保証

Paid

企業与信を採用し、与信から回収まで一括代行するBtoB決済サービスです。与信審査・請求書発行・入金管理・督促・代金回収までの一連の流れを代行し、BtoBのEC販売・Webサービス・対面取引などに対応します。

取引ごとではなく企業単位で与信審査を行う「企業与信」が特徴で、初回審査通過後は最大1,000万円まで継続取引が可能です。2回目以降の審査が不要なため、スムーズな取引継続とLTV向上を実現します。審査は最短即時から3営業日と迅速です。

決済方法	銀行振込・口座振替
料金	初期・月額0円／決済手数料0.5%〜3.1%＋事務手数料100円/件
入金サイクル	要問い合わせ
特徴	企業与信で最大1,000万円まで継続取引が可能

請求管理ロボ

複雑な料金体系の継続請求を自動化する請求管理ツールです。サブスクリプション特有の複雑な料金体系に対応した継続請求機能を備え、間違いのリスクを減らしながら経理作業を効率化します。

定期定額・従量課金・単発を組み合わせた請求や、1ヶ月・3ヶ月・半年・1年などの柔軟な請求周期設定が可能で、前払い・後払いも選択できます。異なる周期の請求も自動で合算して1枚の請求書で発行でき、電子請求書の作成・自動送信・支払い状況の追跡まで対応します。

決済方法	銀行振込(バーチャル口座)・口座振替・クレジットカード・コンビニ決済
料金	要問い合わせ
入金サイクル	要問い合わせ
特徴	複雑な料金体系・異なる周期の請求を自動で合算

法人間取引の請求業務をまとめて効率化したい方は、以下の関連記事も参考にしてください。

関連記事：請求代行サービスおすすめ20選比較。選び方から導入コストの損益分岐点まで解説

まとめ

サブスクリプションモデルの普及に伴い、継続課金をスムーズに管理するサブスク決済代行サービスが増えています。選定時は、決済方法・手数料・入金サイクルに加えて、継続課金の安定性（リトライ・カード洗替）やセキュリティまで比較検討することが重要です。

まずは、自社の商材に合ったタイプを把握することが大切です。以下の3タイプから、自社に合うものを選びましょう。

1. EC・店舗向け
2. Webサービス向け
3. BtoB SaaS・月額サービス向け

まだ診断ツールを試していない方は、「サブスク決済代行サービスの選び方」セクションの診断ツールから自社に最適なタイプを確認してみてください。

なお、口座振替やコンビニ決済など特定の決済手段を詳しく比較したい場合は、以下の関連記事も参考にしてください。

関連記事：口座振替代行サービスおすすめ12選。失敗しない選び方と最適なサービスの見つけ方
関連記事：コンビニ収納代行サービス比較9選。メリットと比較ポイントを紹介