EC在庫管理システムおすすめ13選比較。一元管理の3タイプと費用相場を解説

「楽天で売れた商品がAmazonでも同時に売れて、在庫がないのに注文を受けてしまった…」
「モールごとの管理画面を開いて、毎日在庫数を手で打ち直している…」
「出荷件数が増えてピッキングミスが続き、倉庫作業が回らない…」

複数のモールやカートで販売しているEC事業者ほど、こうした在庫の悩みを抱えています。販路が増えるほど在庫の数字はズレやすくなり、売り越し（在庫切れの商品を販売してしまうこと）によるキャンセルや、モールの評価低下につながります。

EC在庫管理システムを導入すれば、複数の販路の在庫を自動で同期し、受注から出荷までの手作業を大きく減らせます。ただし、ひと口に「EC在庫管理システム」といっても、モール間の在庫同期が得意なもの、倉庫作業まで管理できるもの、実店舗や卸の在庫まで一元化できるものがあり、自社の課題と合わないシステムを選ぶと費用だけがかさみます。

本記事では、以下の内容を解説したうえで、おすすめのEC在庫管理システム13選を3つのタイプ別に紹介します。

• 一元管理システム・OMS・WMSの違い
• 月間出荷件数別の費用シミュレーション
• 失敗しないための4つの比較ポイントと、自社に合うタイプの選び方

EC在庫管理システムとは？Excel・モール管理画面との違い

EC在庫管理システムとは、楽天市場・Amazon・Yahoo!ショッピング・自社サイトなど、複数の販路の在庫数を1か所で管理し、各販路へ自動で反映する仕組みです。多くのシステムは受注の取り込みや出荷指示まで対応しており、在庫と受注をセットで効率化できます。

販路が1〜2つのうちは、Excelや各モールの管理画面でも在庫を管理できます。しかし販路が3つを超えたり、受注件数が月数百件を超えたりすると、手作業での更新が追いつかなくなります。

比較項目	Excel管理	各モールの管理画面	EC在庫管理システム
在庫の同期	手入力。更新のたびに全販路を修正	モールごとに個別更新	販路をまたいで自動同期
受注の処理	各モールからCSVを集めて手作業	モールごとに処理	全販路の受注を一括取り込み
ミスの起きやすさ	高い（転記ミス・更新漏れ）	中（販路間の数字がズレる）	低い（同期の間隔によるズレのみ）
向いている規模	販路1つ・受注が少ない段階	販路1〜2つ	販路3つ以上・受注が月数百件以上

既存の方法で回っているうちは無理に導入する必要はありません。「在庫の打ち直しに毎日時間を取られている」「売り越しが月に何度も起きている」状態になったら、システム化を検討するタイミングです。

EC以外も含めた在庫管理全般（製造業・卸売業の倉庫など）のシステムを比較したい方は、以下の記事もあわせてご覧ください。

関連記事：在庫管理システムおすすめ12選比較。3タイプ別の選び方と費用相場を解説

一元管理システム・OMS・WMSの違い

EC在庫管理システムを調べると、「一元管理システム」「OMS」「WMS」という似た言葉が出てきます。どこまでの業務を任せたいかによって選ぶべきシステムが変わるため、先に違いを整理しておきましょう。

項目	EC一元管理システム	OMS（受注管理システム）	WMS（倉庫管理システム）
担当範囲	複数販路の在庫・受注・商品情報の一元管理	受注の取り込み・処理・出荷指示	入荷・保管・ピッキング・検品・出荷など倉庫内の作業
主な機能	在庫同期、受注一括処理、商品一括登録	受注ステータス管理、メール送信、送り状連携	ロケーション管理、バーコード検品、棚卸
代表例	ネクストエンジン、CROSS MALL	LOGILESS、mylogi（OMS・WMS一体型）	ロジザードZERO、ロジクラ
向いている企業	多販路で売っていて在庫のズレに困っている企業	受注処理の手作業を減らしたい企業	自社倉庫で出荷しており作業ミスを減らしたい企業

実際には、一元管理システムがOMSの機能を含んでいることが多く、両者はほぼ同じ意味で使われています。「モール間の在庫を合わせたいのか」「倉庫の作業まで効率化したいのか」が、最初の分かれ道です。

WMSを中心に、物流全体を管理するシステムを比較したい方は、以下の記事も参考にしてください。

関連記事：物流管理システム18選比較。費用シミュレーションとタイプ別の選び方を解説

EC在庫管理システムでできること・できないこと

EC在庫管理システムは在庫業務を大きく効率化しますが、万能ではありません。導入前に得意なことと苦手なことを把握しておくと、導入後のギャップを防げます。

得意なこと

項目	説明
在庫の自動同期	どこかの販路で売れた時点で、他の販路の在庫数も自動で減算。売り越しを防止
受注処理の一括化	全販路の受注を1画面に取り込み、確認・メール送信・出荷指示までまとめて処理
セット商品の在庫計算	単品の在庫からセット商品の販売可能数を自動計算

苦手なこと

項目	説明
仕入れ・発注量の判断	売れ行きのデータは出せるが、何をいくつ仕入れるかの最終判断は人が担当
同期のタイムラグの解消	多くのシステムは数分間隔の同期。人気商品の同時購入による売り越しをゼロにはできない
商品ページの品質向上	商品情報の一括登録はできても、写真や説明文の質は別途の作り込みが必要

在庫数が少ない人気商品は、全在庫をすべての販路に出さず、販路ごとに在庫を振り分けたり「安全在庫」を残したりする運用と組み合わせることが大切です。

EC在庫管理システムの主な機能

EC在庫管理システムの機能は、在庫・受注・出荷の3領域に分かれます。タイプによって対応範囲が異なるため、自社に必要な機能を確認しておきましょう。

機能	説明
在庫同期	複数のモール・カートの在庫数を数分〜リアルタイムの間隔で自動更新
受注一括取り込み	全販路の受注を自動で取り込み、ステータスを一元管理
セット・予約在庫	セット商品の販売可能数の自動計算、予約商品の在庫連携
商品一括登録	商品情報を1回登録するだけで、複数の販路へまとめて出品
出荷指示・送り状発行	送り状発行システムと連携し、出荷データを自動作成
倉庫・ロケーション管理	入荷・棚番管理・ピッキング・バーコード検品・棚卸（WMS機能）
店舗・POS連携	実店舗のPOSレジと在庫をつなぎ、店舗とECの在庫を共有

「在庫同期」と「受注一括取り込み」はほぼすべてのシステムが対応しています。差が出るのは、セット・予約・ロットの扱いと、倉庫・店舗までどこまで管理できるかです。

EC在庫管理システムの費用相場

EC在庫管理システムの費用は、「初期費用＋月額基本料＋受注件数（出荷件数）に応じた従量課金」で決まるのが一般的です。まずは項目別の相場を確認しましょう。

項目	相場	内容
初期費用	0円〜5万円程度（基幹システム型は100万円以上）	アカウント発行・初期設定。クラウド型は無料のケースも多い
月額基本料	1,000円〜5万円程度	一定の受注件数までを含む基本料金
従量課金	1件あたり数円〜30円程度	基本料に含まれる件数を超えた受注・出荷ごとに発生
オプション	月額数千円〜数万円	在庫管理機能・倉庫連携・API連携・販路の追加など

在庫同期だけを使うなら月額数千円から始められますが、倉庫管理や実店舗連携まで広げると月額数万円〜、基幹システムと一体で導入する場合は初期費用だけで100万円を超えることもあります。

料金体系の3つのパターン

同じ受注件数でも、料金体系によって月額費用は大きく変わります。3つのパターンの特徴と不利な点を押さえておきましょう。

料金体系	特徴	不利な点	向いている企業
月額固定型	受注件数に関係なく定額	受注が少ないうちは割高	受注件数が多い・繁忙期の変動が大きい企業
受注件数従量型	基本料が安く、件数に応じて加算	受注が増えるほど費用が上がり続ける	立ち上げ期・受注件数が少ない企業
基本料＋出荷件数型	一定の出荷件数まで基本料に含み、超過分を加算	倉庫機能を使わない企業には割高	自社倉庫で出荷作業まで管理したい企業

月間出荷件数別の費用シミュレーション

料金体系による違いを、月間の受注（出荷）件数別に試算しました。

【前提条件】
初期費用を除いた月額のみ
月額固定型＝月30,000円（件数無制限）
受注件数従量型＝基本料3,000円＋1件20円
基本料＋出荷件数型＝基本料20,000円（300件まで込み）＋超過1件20円
いずれも架空のモデルで、実際の単価は件数に応じて段階的に下がるサービスが多い点にご注意ください。

月間受注件数	月額固定型	受注件数従量型	基本料＋出荷件数型
300件	30,000円	9,000円	20,000円
3,000件	30,000円	63,000円	74,000円
10,000件	30,000円	203,000円	214,000円

月300件程度までは従量型がもっとも安く、月数千件を超えると定額型が有利になります。ただし、基本料＋出荷件数型は倉庫作業の管理（WMS機能）まで含んだ金額のため、在庫同期だけのシステムと単純に比較はできません。「今の件数で安いか」だけでなく、「1年後の件数でいくらになるか」まで試算して選ぶことが大切です。

EC在庫管理システムを選ぶ際に確認すべき4つの比較ポイント

EC在庫管理システムは、どれも「在庫を一元管理できる」とうたっていますが、対応できる範囲は大きく異なります。ここでは、導入後に後悔しないために確認すべき4つのポイントを解説します。

1. 対応モール・カートと在庫同期の速さ
2. セット・予約・ロット管理への対応
3. 出荷・倉庫業務の対応範囲
4. 導入・運用サポート

1. 対応モール・カートと在庫同期の速さ

まず確認したいのが、自社が出店しているモール・カートにすべて対応しているかどうかです。楽天・Amazon・Yahoo!ショッピングはほぼすべてのシステムが対応していますが、Qoo10・メルカリShops・TikTok Shopや、ecforce・futureshopなどのカートは対応状況が分かれます。

あわせて確認したいのが、在庫を同期する間隔です。「5分間隔」「最短1分」「リアルタイム」などシステムによって差があり、間隔が長いほど人気商品で売り越しが起きやすくなります。

確認すべきポイントは次の3つです。

• 現在出店しているモール・カートすべてに対応しているか
• 今後出店予定の販路にも対応しているか
• 在庫同期の間隔は何分か

2. セット・予約・ロット管理への対応

扱う商品によっては、単純な「在庫数の同期」だけでは管理しきれません。福袋やギフトセットを販売するならセット商品の在庫計算、発売前の商品を販売するなら予約在庫の連携が必要です。

食品・化粧品・サプリメントのように賞味期限や使用期限がある商品では、ロット管理や先入れ先出しに対応しているかが重要になります。ロット管理に対応していないシステムもあるため、該当する商材を扱う場合は必ず確認しましょう。

• セット商品の販売可能数を自動計算できるか
• 予約商品の在庫を連携できるか
• ロット・賞味期限・シリアル番号を管理できるか

3. 出荷・倉庫業務の対応範囲

在庫同期と受注処理だけで十分なのか、ピッキング・検品・出荷といった倉庫作業まで管理したいのかで、選ぶべきシステムは変わります。自社倉庫で出荷している企業は、倉庫作業のミスや遅れが大きな課題になりやすいため、WMS機能まで一体になったシステムが候補になります。

一方、発送代行（3PL）に出荷を委託している企業は、委託先の倉庫システムと連携できるかが重要です。連携できない場合、出荷指示や出荷実績を手作業でやり取りすることになり、システム化の効果が薄れます。

• 送り状発行システムと連携できるか
• 自社倉庫の作業（ピッキング・検品）まで管理できるか
• 委託先の発送代行・倉庫システムと連携できるか

出荷作業そのものを外部に任せることも検討している方は、以下の記事で発送代行サービスの選び方を解説しています。

関連記事：発送代行サービス10選比較。3PL/フルフィルメントの違いから選び方まで解説

4. 導入・運用サポート

EC在庫管理システムは、商品マスターの登録やモールとの接続設定など、導入時の初期設定に手間がかかります。設定を誤ると在庫数がズレたまま同期されてしまうため、導入時にどこまで支援してもらえるかは、機能と同じくらい重要です。

専任担当による初期設定の支援があるか、電話・チャットなど相談手段が充実しているかで、稼働までのスピードと安心感は大きく変わります。特にEC担当者が少人数の企業は、サポートの手厚さを重視しましょう。

• 初期設定の支援（専任担当・設定代行）があるか
• 電話・チャット・メールのどれで相談できるか
• 無料トライアル中にもサポートを受けられるか

EC在庫管理システムの選び方

EC在庫管理システムは、機能の多さではなく「どこまでの在庫を一元化したいか」で選ぶのが正解です。ここではEC在庫管理システムを3つのタイプに分類し、特徴と向いている企業を紹介します。

• EC一元管理型 ｜ 複数モール・カートの在庫を自動同期したい場合
• OMS・WMS一体型 ｜ 自社出荷の倉庫業務まで効率化したい場合
• 店舗・卸統合型 ｜ 実店舗や卸の在庫もECと一緒に管理したい場合

EC一元管理型 ｜ 複数モール・カートの在庫を自動同期したい場合

EC一元管理型は、楽天・Amazon・Yahoo!ショッピング・自社カートなど、複数の販路の在庫と受注を1つの画面にまとめるタイプです。どこかの販路で商品が売れると、他の販路の在庫数も自動で減らすため、売り越しや在庫の打ち直しをなくせます。

月額数千円から始められるサービスが多く、出店数が増え始めた段階の企業でも導入しやすいのが特徴です。倉庫作業は送り状発行システムや外部の倉庫システムとの連携で補います。

このタイプへの依頼に向いている企業は以下になります。

• 3つ以上のモール・カートに出店している
• 在庫数の手修正や売り越しが頻繁に起きている
• まずは低コストで在庫と受注の管理を効率化したい

このタイプのEC在庫管理システムを見る ⇩

OMS・WMS一体型 ｜ 自社出荷の倉庫業務まで効率化したい場合

OMS・WMS一体型は、受注管理（OMS）と倉庫管理（WMS）を1つのシステムで提供するタイプです。受注が入ると出荷指示が自動で倉庫側へ流れ、ピッキング・検品・送り状発行までが1本の流れでつながります。

システム間の連携設定が不要で、受注と在庫と出荷のデータが常に一致するため、出荷ミスや在庫差異が起きにくいのが特徴です。ロットや賞味期限を管理できるサービスも多く、食品や化粧品を扱う企業にも向いています。

このタイプへの依頼に向いている企業は以下になります。

• 自社倉庫・自社スタッフで出荷している
• ピッキングミスや出荷遅れが課題になっている
• 月間の出荷件数が数千件規模に増えてきた

このタイプのEC在庫管理システムを見る ⇩

店舗・卸統合型 ｜ 実店舗や卸の在庫もECと一緒に管理したい場合

店舗・卸統合型は、ECだけでなく実店舗の在庫や卸（BtoB）向けの在庫まで、1つの数字で管理するタイプです。POSレジや販売管理システムと在庫をつなぐことで、「店舗にはあるのにECでは在庫切れ」といった機会損失を防げます。

販売管理・仕入れ・請求までを含む基幹システムとして導入するサービスもあり、導入期間や費用は他のタイプより大きくなる傾向があります。そのぶん、自社の業務フローに合わせた運用を組み立てやすいのが特徴です。

このタイプへの依頼に向いている企業は以下になります。

• 実店舗やポップアップストアとECで在庫を共有したい
• 卸・法人向けの販売もECと同じ在庫で管理したい
• 販売管理や仕入れまで含めて業務全体を見直したい

このタイプのEC在庫管理システムを見る ⇩

店舗のPOSレジから見直したい方は、以下の記事でPOSレジの選び方を解説しています。

関連記事：POSレジおすすめ12選比較。タイプ別の選び方から無料から使えるものまで解説

EC在庫管理システムおすすめ13選一覧比較表

以下は、本記事で紹介するEC在庫管理システムの一覧比較表です。

本記事へご掲載をご希望のEC在庫管理システムは以下からお問い合わせくださいませ。
→掲載のお問い合わせはこちら：https://cone-c-slide.com/liblog/lp/

上記で自社に合うタイプの会社・サービスを絞り込みたい方は、以下の診断ツールで自社に合うタイプを確認してみてください。

【EC一元管理型】のEC在庫管理システム

EC一元管理型のEC在庫管理システムは次の6社です。

ネクストエンジン（NE株式会社）

受注から出荷までを自動化できる、EC一元管理システムの定番サービスです。楽天・Amazon・Yahoo!ショッピング・Shopify・ZOZOTOWNなど50超のモール・カートに対応しており、5分間隔で各店舗の在庫数を連動させます。

200を超える標準機能に加えて、アプリを追加することで自社の業務に合わせた機能拡張が可能です。25社以上の倉庫・WMSと連携しているため、発送代行に出荷を委託している企業でも、出荷業務まで含めた自動化を進められます。

店舗数・商品数・ユーザー数の追加に料金がかからず、受注件数に応じた従量課金のため、立ち上げ期から大規模店舗まで規模に合わせて使い続けられます。契約社数は6,764社（2026年4月時点）です。

対応モール・カートと在庫同期	50超のモール・カートに対応。5分間隔で在庫を連動
セット・予約・ロット管理	セット商品の在庫自動計算、予約在庫数での連携に対応
出荷・倉庫業務の対応範囲	送り状発行システムと連携。25社以上の倉庫・WMSと連携可能
導入・運用サポート	電話サポート、画面上での操作アシスト、ユーザー限定セミナー。無料体験中も個別フォローあり
料金	初期費用0円／月額基本料3,000円（受注200件まで）＋201件以降は従量課金 30日間無料トライアルあり

CROSS MALL（株式会社アイル）

専任担当の導入支援で、初めてのシステム化でも立ち上げやすい一元管理システムです。楽天・Yahoo!ショッピング・Amazon・Shopify・メルカリShops・TikTok Shopなどに対応し、注文が入ってから平均5〜10分のタイムラグで各販路の在庫を更新します。

構成商品の在庫数からセット商品の販売可能数を自動計算する機能や、送り状データの一括発行に対応しています。ロジザードZERO・ロジクラなどのWMSや、RSL・FBAマルチチャネル・関通などの物流サービスとも連携できます。

同じアイル社の販売管理システム「アラジンオフィス」と組み合わせれば、ECだけでなく店舗・卸を含めた販売管理まで拡張できる点も特徴です。

対応モール・カートと在庫同期	主要モール・カートに対応。注文から平均5〜10分で在庫を更新
セット・予約・ロット管理	セット商品の販売可能数を自動計算
出荷・倉庫業務の対応範囲	送り状データの一括発行。複数のWMS・物流サービスと連携
導入・運用サポート	導入時に専任担当が付き、初回打合せと設定案内を実施。電話・メールで相談可能
料金	要問い合わせ

TEMPOSTAR（SAVAWAY株式会社）

月1,650円のスタータープランから始められ、成長後はカスタマイズにも対応できる一元管理システムです。楽天・Amazon・Yahoo!ショッピング・メルカリ・Shopify・TikTok Shopなどに対応し、5〜10分間隔で在庫を同期します。

セット商品や予約商品の在庫管理に対応しているほか、複数倉庫の在庫を管理できるマルチロケーション機能を備えています。RSL・FBAマルチチャネル・ロジザードZERO・ロジクラなどの物流サービスと連携でき、出荷業務の外部委託にも対応します。

ASP型でありながら、自社の業務に合わせた柔軟なカスタマイズが可能な点が強みです。受注件数が増えた段階で、スタンダードプランやカスタマイズプランへ移行できます。

対応モール・カートと在庫同期	主要モール・カートに対応。5〜10分間隔で在庫を同期
セット・予約・ロット管理	セット商品・予約商品の在庫管理に対応
出荷・倉庫業務の対応範囲	送り状発行システムと連携。複数倉庫の管理、物流サービス9つと連携
導入・運用サポート	電話・メール・オンラインサポート、初期設定ガイドと解説動画
料金	スタータープラン：月額1,650円（受注200件まで） スタンダードプラン：月額11,000円〜（すべて税込） スタンダード・カスタマイズ：30日間無料体験あり

GoQSystem（株式会社GoQSystem）

受注件数が増えても月額が変わらない、定額制の一元管理システムです。有料プランは受注件数が無制限のため、繁忙期やセールで注文が急増しても費用が上がりません。月100件までの無料プラン（新規のみ）も用意されています。

API連携なら最短1分、標準では3分間隔で在庫を同期します。セット商品や福袋型の商品にも対応しており、送り状ソフト用のCSV出力や、倉庫連携サービス「GoQロジ」による出荷指示の自動化も可能です。

メール・電話・チャットで専属スタッフに相談でき、土日祝の緊急時はLINEでも対応しています。累計利用社数は64,122社（2026年9月時点）です。

対応モール・カートと在庫同期	主要モール・カートに対応。最短1分（標準3分）間隔で在庫を同期
セット・予約・ロット管理	セット商品・福袋型の商品に対応
出荷・倉庫業務の対応範囲	送り状ソフト用CSVを出力。GoQロジで倉庫への出荷指示を自動化
導入・運用サポート	専属スタッフがメール・電話・チャットで対応。土日祝の緊急時はLINE対応
料金	無料プラン（月100件まで） 受注管理プラン月額15,000円・初期費用30,000円（税別） 有料プランは20日間無料お試しあり。最低利用期間3ヶ月

助ネコEC管理システム（株式会社アクアリーフ）

必要な機能だけを選んで契約できる、導入のハードルが低い一元管理システムです。受注管理・在庫管理・商品登録・発注管理の機能をそれぞれ選んで組み合わせられるため、使わない機能に費用を払わずに済みます。

楽天・Yahoo!ショッピング・Amazon・Qoo10・メルカリShopsなどモール16件、Shopify・BASE・futureshopなどカート11件に対応し、5分間隔で在庫を同期します。商品マスターを作成しなくても導入できるため、初期設定の負担が少ないのも特徴です。

サポートはすべて自社スタッフが担当しており、電話・メール・チャットで相談できます。サポート満足度99％（2024年11月〜2025年10月）を公表しています。

対応モール・カートと在庫同期	モール16件・カート11件に対応。5分間隔で在庫を同期
セット・予約・ロット管理	セット商品に対応
出荷・倉庫業務の対応範囲	B2クラウド・e飛伝Ⅲなどの送り状発行に対応。RSL・FBAマルチチャネルなど外部倉庫と連携
導入・運用サポート	100％自社サポート。平日に電話・メール・チャット対応、無料オンライン相談あり
料金	初期費用30,000円（メインシステム） 受注管理ベーシック版 月額2,100円〜（受注件数に応じた従量課金あり） 30日間無料体験あり

タテンポガイド（株式会社オークファン）

初期費用0円で、スタータープランを3ヶ月無料で試せる一元管理システムです。楽天・Amazon・Yahoo!ショッピング・au PAY マーケット・Qoo10・メルカリShops・ラクマ・NETSEAなどのモールと、MakeShop・カラーミー・futureshopなどのカートに対応しています。

注文を取り込むたびに在庫を自動連携し、反映時間はモールによって1〜5分程度です。セット商品の在庫管理や、モールごとの納品書・送り状の発行にも対応しています。

導入時には専任の担当者が付き、Zoomの画面共有で操作を案内してもらえます。受注件数に応じてプランを段階的に上げられるため、小さく始めて販路を広げていきたい企業に向いています。

対応モール・カートと在庫同期	主要モール・カートに対応。注文の取り込みごとに自動連携（1〜5分程度）
セット・予約・ロット管理	セット商品に対応。予約注文の連携は非対応（カスタマイズで相談可）
出荷・倉庫業務の対応範囲	モールごとの納品書・送り状の発行に対応
導入・運用サポート	導入時に専任担当が付く。電話・メール・Zoomの画面共有サポート
料金	初期費用0円 スターター月額11,000円（受注300件まで） スタンダード月額13,200円（受注500件まで） プロ月額26,400円（受注1,000件まで）（すべて税込）

【OMS・WMS一体型】のEC在庫管理システム

OMS・WMS一体型のEC在庫管理システムは次の4社です。

LOGILESS（株式会社ロジレス）

受注から倉庫の出荷作業までを1つのシステムで自動化する、OMS・WMS一体型の代表格です。受注が入ると出荷指示が自動で倉庫側に流れ、自動出荷率90%以上を掲げています。複数倉庫からの自動出荷にも対応しています。

Amazon・楽天・Yahoo!ショッピング・TikTok Shop・Temu・ZOZOTOWNなどモール16、Shopify・BASE・ecforce・futureshopなどカート16と連携し、スマレジとのPOS連携も可能です。ロット・賞味期限・温度帯の管理を標準搭載しているため、食品や化粧品のEC事業者にも向いています。

倉庫会社との連携にも対応しており、WMS連携に追加費用はかかりません。自社倉庫から発送代行への切り替えや併用も進めやすい設計です。

対応モール・カートと在庫同期	モール16・カート16と連携。在庫数をリアルタイムで同期
セット・予約・ロット管理	セット商品の在庫自動計算、ロット・賞味期限・温度帯管理を標準搭載
出荷・倉庫業務の対応範囲	OMS・WMS一体型。複数倉庫からの自動出荷、フリーロケーション、送り状発行システム6社と連携
導入・運用サポート	チャット・メール・ヘルプセンター。電話はスタンダードプラン以上
料金	初期費用0円 ライト月額20,000円（出荷300件まで） スタンダード月額25,000円（出荷500件まで）（税抜） 超過分は従量課金 / 1ヶ月間無料のテストアカウントあり

ロジクラ（株式会社ロジクラ）

スマホ1台で入荷から出荷までの倉庫作業を管理できる、現場の使いやすさに強いシステムです。専用のハンディ端末がなくても、スマホアプリでバーコード検品やピッキングができるため、小規模な自社倉庫でも導入しやすい設計です。

ネクストエンジン・CROSS MALL・TEMPOSTAR・GoQSystemなどの一元管理システムや、Shopify・BASE・ecforceなどのカートとリアルタイムで自動連携します。セット品やロット・有効期限の管理にも対応しています。

スマレジとの連携により、EC・実店舗・卸の在庫を一元管理できる点も特徴です。14日間の無料トライアルでは最上位プランの機能を試せます。

対応モール・カートと在庫同期	主要な一元管理システム・カート・モールとリアルタイムで自動連携
セット・予約・ロット管理	セット品、ロット・有効期限の管理に対応
出荷・倉庫業務の対応範囲	入荷・ロケーション・ピッキング・検品・送り状発行・棚卸に対応。複数拠点に対応
導入・運用サポート	チャット（Lite以上）、オンライン面談（Premium以上）、オンラインミーティングでの導入支援
料金	Lite 月額12,800円（年契約）・14,800円（月契約）で出荷300件まで Premium 月額40,000円（年契約）で出荷2,000件まで（税抜） 年間保守費30,000円。14日間無料トライアルあり

ロジザードZERO（ロジザード株式会社）

稼働1,900拠点の実績を持つ、本格的なクラウドWMSです。入荷・ピッキング・検品・送り状発行・複数倉庫の管理に加えて、工数管理や物流ロボットとの連携まで対応しており、出荷規模が大きい企業の倉庫運営を支えます。

ネクストエンジン・CROSS MALLなどの一元管理システムや、Shopify・ecforce・futureshopなどのカート、商蔵奉行・PCAなどの基幹システムを含む50以上のシステムと連携できます。セット商品の組立・流通加工や、ロット・シリアル・賞味期限・品質区分の管理にも対応しています。

約7割がノンカスタマイズで導入しており、25年の物流ノウハウをもとに営業段階から現場を訪問し、稼働までSEが支援します。

対応モール・カートと在庫同期	一元管理システム・カート・基幹システムなど50以上と標準連携またはAPI連携
セット・予約・ロット管理	セット商品の組立・流通加工、ロット・シリアル・賞味期限・品質区分の管理に対応
出荷・倉庫業務の対応範囲	入荷・ピッキング・検品・送り状発行・複数倉庫・工数管理・物流ロボット連携
導入・運用サポート	365日の電話・メールサポート。現場訪問から稼働までSEが支援
料金	要問い合わせ（初期費用はライセンス費と導入支援費、月額は利用料とサポート料で構成）

mylogi（アートトレーディング株式会社）

初期費用0円・年間保守費無料で始められる、OMS・WMS一体型のシステムです。物流代行も手がける会社が開発しており、EC物流の全フローを1つのプラットフォームで完結できる設計です。

楽天・Amazon・Yahoo!ショッピング・Shopify・MakeShop・futureshopとAPI連携でき、バーコード検品・フリーロケーション・複数倉庫・返品登録などの倉庫機能を備えています。セット商品にも対応しています。

一方で、公式サイトで「賞味期限などのロット管理には対応していない」と明記しており、食品などの期限管理が必要な商材には向きません。期限管理が不要な雑貨・アパレルなどで、低コストに倉庫作業をシステム化したい企業に適しています。

対応モール・カートと在庫同期	楽天・Amazon・Yahoo!・Shopify・MakeShop・futureshopとAPI連携
セット・予約・ロット管理	セット商品に対応。ロット・賞味期限管理は非対応
出荷・倉庫業務の対応範囲	OMS・WMS一体型。バーコード検品・フリーロケーション・複数倉庫・返品登録
導入・運用サポート	デモでのお試しに対応。サポート方法の詳細は要問い合わせ
料金	初期費用0円 Basic 月額15,000円（出荷300件まで） Standard 月額30,000円（出荷1,000件まで） Premium 月額60,000円（無制限）。年間保守費無料

【店舗・卸統合型】のEC在庫管理システム

店舗・卸統合型のEC在庫管理システムは次の3社です。

スマレジEC・一元管理（株式会社スマレジ）

クラウドPOSレジ「スマレジ」の店舗在庫を、ECの在庫とつなげられる一元管理システムです。旧サービス名は「アシスト店長」で、スマレジと連携すると店舗の在庫情報をほぼリアルタイムでEC側に反映できます。

楽天市場・Amazon・Yahoo!ショッピングなどモール8種類と、Shopify・BASE・STORESなどカート11種類に対応しています。商品データや受注データもスマレジと連携できるため、店舗とECで商品情報を二重に登録する手間がなくなります。

すでにスマレジを店舗で使っている企業なら、POSとECの在庫を同じシステム会社のサービスでそろえられるため、連携設定の負担を抑えられます。

対応モール・カートと在庫同期	モール8種類・カート11種類に対応。スマレジの店舗在庫をほぼリアルタイムで反映
セット・予約・ロット管理	要問い合わせ
出荷・倉庫業務の対応範囲	受注の一括取り込み・管理。倉庫連携は要問い合わせ
導入・運用サポート	要問い合わせ（1ヶ月間の無料トライアルあり）
料金	初期費用0円／月額基本料10,000円〜（受注400件まで込み、以降は従量課金） 在庫管理機能は月額＋10,000円 1ヶ月間無料トライアルあり

アラジンオフィス（株式会社アイル）

EC・実店舗・卸の販売と在庫を、1つの基幹システムで管理できる販売管理システムです。販売・購買・在庫管理を本業としており、「店舗にはあるのにECでは在庫切れ」といった在庫の分断を解消できます。

CROSS MALL・Shopify・futureshop・ZOZOTOWN・ネクストエンジンなどのEC系システムと、スマレジなど複数のPOSと連携できます。オプションでロット・有効期限の管理や、ハンディ端末による入出荷検品・棚卸にも対応し、ロジザードZEROなどのWMSとも連携可能です。

導入実績は6,000社以上、リピート率98.4%（2026年7月末時点）を公表しています。業界ごとのパッケージをもとに自社の業務に合わせて導入できるため、卸売を含む中堅規模の企業に向いています。

対応モール・カートと在庫同期	CROSS MALL・Shopify・futureshop・ZOZOTOWNなどと連携。複数のPOSと連携可能
セット・予約・ロット管理	オプションでロット・有効期限管理に対応（セット品・組立品にも対応）
出荷・倉庫業務の対応範囲	ハンディ連携で入出荷検品・棚卸（オプション）。ロジザードZEROなどのWMSと連携
導入・運用サポート	アイルサポートセンターで操作・トラブルの相談に対応。稼働判定と課題管理を実施
料金	要問い合わせ

通販する蔵（株式会社ソフテル）

大規模な通販事業者向けに、自社の業務に合わせて構築する通販基幹システムです。受注管理・在庫管理・発注仕入・帳票発行までを一元化し、28以上のモール・カートと連携します。在庫はAPI連携で5〜20分、FTP連携で20〜30分が同期の目安です。

オプションの「レジする蔵」で実店舗のPOSと、「ロジする蔵」で倉庫管理と連携できるため、通販・店舗・倉庫を1つの基幹システムでつなげられます。セット商品は単品に分けて在庫を管理する方式に標準で対応しています。

月額は定額制の保守費のみで従量課金がないため、受注件数が非常に多い企業ほどコストメリットが出ます。365日、専任スタッフが電話・メールで対応し、カスタマイズにも応じています。

対応モール・カートと在庫同期	28以上のモール・カートと連携。API連携で5〜20分、FTP連携で20〜30分が目安
セット・予約・ロット管理	セット商品を単品に分けて在庫管理（標準対応）
出荷・倉庫業務の対応範囲	配送5社と連携。オプションで倉庫管理（ロジする蔵）・店舗POS（レジする蔵）と連携
導入・運用サポート	365日、専任スタッフが電話・メールで対応。カスタマイズに対応
料金	初期費用150万円〜（税別）／月額は定額制の保守費（金額は要問い合わせ）

無料で試せるEC在庫管理システム

EC在庫管理システムは、実際にモールと接続してみないと使い勝手がわかりません。本記事で紹介したサービスのうち、無料で試せるものを「ずっと無料で使えるプラン」と「期間限定の無料トライアル」に分けてまとめました。

ずっと無料で使えるプランがあるサービス

サービス名	無料の条件
GoQSystem	新規契約のみ。受注月100件まで

期間限定の無料トライアルがあるサービス

サービス名	無料期間
ネクストエンジン	30日間
TEMPOSTAR	30日間（スタンダード・カスタマイズプランのみ）
助ネコEC管理システム	30日間
タテンポガイド	3ヶ月（スターター）
LOGILESS	1ヶ月（テストアカウント）
ロジクラ	14日間（最上位プランを利用可能）
スマレジEC・一元管理	1ヶ月
GoQSystem（有料プラン）	20日間

無料プランは受注件数に上限があるため、販路や受注件数が増えた段階で有料プランへの切り替えが必要になります。トライアル期間中に自社の全販路と接続し、在庫が正しく同期されるかまで確認しておくと、本契約後のトラブルを防げます。

EC在庫管理システムのよくある質問

Shopifyや楽天の標準機能だけで在庫管理はできませんか？

販路が1つだけなら、各モール・カートの標準機能で在庫管理は可能です。ただし、標準機能はそのモール内の在庫しか管理できないため、楽天とShopifyのように複数の販路で同じ商品を売る場合は、どちらかで売れるたびに手作業で在庫を修正する必要があります。販路が2つ以上になった段階で、EC在庫管理システムの導入を検討しましょう。

発送代行を使っている場合もEC在庫管理システムは必要ですか？

必要なケースが多いです。発送代行の倉庫は「倉庫にある実在庫」を管理しますが、各モールへの在庫の反映や受注の取り込みは、EC一元管理型のシステムが担います。導入前に、委託先の倉庫システムと在庫管理システムが連携できるかを必ず確認してください。

導入にはどれくらいの期間がかかりますか？

EC一元管理型は、商品数や販路の数にもよりますが、数日〜1ヶ月程度で稼働できるサービスが多いです。OMS・WMS一体型は倉庫のロケーション設定や作業フローの設計が必要なため1〜2ヶ月程度、店舗・卸統合型の基幹システムは要件定義から始めるため数ヶ月以上かかるのが一般的です。

EC運用そのものを外部に任せることはできますか？

在庫管理システムの導入・設定から、商品登録・受注対応・販促まで、EC運営全体を代行する会社もあります。社内にEC担当者が少なく、システムを入れても運用が回らない場合は、運営代行との併用も選択肢になります。

関連記事：EC運営代行おすすめ23選比較。費用相場と月商別の選び方

まとめ

EC在庫管理システムは、「どこまでの在庫を一元化したいか」によって選ぶべきタイプが変わります。

タイプ	こんな企業におすすめ
EC一元管理型	複数のモール・カートの在庫を自動同期し、売り越しや手修正をなくしたい企業
OMS・WMS一体型	自社倉庫での出荷作業まで効率化し、出荷ミスや遅れを減らしたい企業
店舗・卸統合型	実店舗や卸の在庫もECと同じ数字で管理し、業務全体を見直したい企業

あわせて、「対応モール・カートと在庫同期の速さ」「セット・予約・ロット管理への対応」「出荷・倉庫業務の対応範囲」「導入・運用サポート」の4つの比較ポイントで候補を絞り込み、今の受注件数だけでなく1年後の件数でも費用を試算しておきましょう。

楽天市場の売上拡大そのものに課題がある場合は、在庫管理とあわせて運営代行の活用も検討してみてください。

関連記事：楽天運営代行おすすめ16選比較！課題別の選び方や料金相場をご紹介。

まずは、自社に合ったタイプを把握することが重要です。まだ診断ツールを試していない方は、ぜひ「EC在庫管理システム13選一覧比較表」の下にある診断ツールから確認してみてください。