在庫管理システムおすすめ12選比較。費用相場と小規模・EC・製造業別の選び方
「Excelの在庫台帳が複雑になりすぎて管理しきれない」
「欠品や過剰在庫が慢性的に続き、現場と倉庫の情報が一致しない」
「担当者が休むたびに在庫状況が把握できなくなる」
このような悩みを抱える企業にとって、在庫管理システムの導入は業務効率化の最短ルートです。
しかし、在庫管理システムは製品によって対象業種・対応機能・コスト感が大きく異なり、「とりあえず有名なもの」を選ぶと自社の業務フローと合わず、結局Excelとの二重管理が続くケースも少なくありません。
在庫管理システムは、管理したい業務の範囲によって、スマートフォンやバーコードで在庫の数をデジタル化する「汎用クラウド型」、複数のECモールや店舗の在庫を自動で連動させる「EC・マルチチャネル特化型」、倉庫作業や部品・ロットまで管理する「製造・物流特化型」の3タイプに分かれます。クラウド型は初期費用0円・月額無料〜数万円で始められる製品が多く、倉庫向けのWMSやERPは個別見積もりが中心です。
本記事では、在庫管理システム12製品を「対応業種・業務フロー」「導入形態」「連携できる外部システム」「サポート・カスタマイズ」「料金」で比較し、3タイプ別に紹介します。一覧比較表の下にある診断ツールで7つの質問に答えると、自社に合うタイプが分かります。
そもそも在庫管理システムとは?
在庫管理システムとは、商品・原材料・部品などの入庫・出庫・保管状況をリアルタイムで把握し、在庫数・ロケーション・発注タイミングを一元管理するシステムです。これまでExcelや紙台帳で行っていた在庫の記録・確認作業を自動化・デジタル化することで、欠品・過剰在庫・棚卸の工数を大幅に削減できます。
クラウド型を中心に、スマートフォンやバーコードリーダーとの連携に対応した製品が増えており、ITに詳しくない現場スタッフでも使いやすい設計のシステムが普及しています。
在庫管理システムの主な機能
在庫管理システムが備える主な機能は以下になります。
| 入出庫登録・バーコード読み取り | 商品の入庫・出庫をバーコード・QRコードで登録。手入力ミスを削減 |
| 検品・ピッキング管理 | 出荷前の検品や倉庫内のピッキング作業を効率化。誤出荷を防止 |
| リアルタイム在庫確認 | 現在の在庫数・ロケーションをリアルタイムで確認。複数拠点も一元把握 |
| 棚卸機能 | スマホ・ハンディターミナルで棚卸を実施。帳簿在庫と実在庫の差異を自動算出 |
| 発注点アラート・自動発注 | 在庫数が設定した閾値を下回った際に通知。自動発注に対応した製品も |
| 仕入れ・入荷管理 | 発注内容と入荷状況を照合し、過不足なく仕入れ管理 |
| 在庫推移・消費分析 | 品目ごとの在庫推移・消費ペースをグラフ化。需要予測に活用 |
| ABC分析 | 在庫品目を売上貢献度でランク分けし、重点管理品目を特定 |
これらの機能はシステムごとに対応範囲や操作方法が異なります。自社の現場で「まず解決したい課題」に紐づく機能を先に絞り込んでおくと、比較時の判断基準が明確になります。
製造業では、製品や原材料だけでなく、設備の交換部品(予備品)の在庫も課題になりがちです。予備品を設備ごとにひも付けて、使用履歴や発注点とあわせて管理したい場合は、設備管理システムのほうが適しています。
関連記事:設備管理システムおすすめ16選比較。費用相場と工場・施設別の選び方
WMS・ERP・在庫管理システムの違い
在庫管理に関連するシステムには「WMS」「ERP」「在庫管理システム」の3種類がありますが、それぞれ管理対象と目的が異なります。自社に必要なシステムを選ぶうえでも、違いを把握しておくことが重要です。
3つのシステムの管理対象と目的の違いを以下の表で整理しました。
| システム | 管理対象 | 主な目的 |
|---|---|---|
| 在庫管理システム | 企業全体の在庫(拠点横断) | 在庫の入出庫・数量・ロケーションを把握・管理 |
| WMS(倉庫管理システム) | 倉庫内の実在庫・作業 | 入出荷・ピッキング・棚卸などの倉庫内作業を最適化 |
| ERP(基幹システム) | 会計・販売・在庫・人事など企業全体 | 部門横断でデータを一元管理し、経営判断を支援 |
在庫管理システムは「今、どこに何個あるか」の把握が主目的です。WMSはさらに倉庫内の動線・作業まで管理し、ERPは在庫データを会計・販売など他部門と統合して企業全体を一元管理します。在庫管理システムはその中間にあたる存在であり、まず在庫の可視化・デジタル化から着手したい企業に向いています。
DX推進の全体戦略を支援してくれるパートナーをお探しの方は、以下の記事も参考にしてください。
関連記事:DX支援会社おすすめ19選比較。費用相場・課題別の選び方を徹底解説
在庫管理システムで解決できる課題
在庫管理システムの導入は「在庫を数える」だけでなく、企業が抱える複数の業務課題を同時に解消する手段となります。主な解決効果は次のとおりです。
| 課題 | 解決できること |
|---|---|
| Excelによる属人化 | 誰でも同じ画面で在庫を確認・更新できる状態に移行 |
| 欠品・機会損失 | 発注点アラートで自動通知し、欠品を事前に防止 |
| 過剰在庫・キャッシュフロー悪化 | 在庫推移の可視化で適正在庫量を維持 |
| 棚卸の工数 | スマホ・バーコードで棚卸時間を大幅短縮 |
| 複数拠点・チャネル間の在庫ずれ | リアルタイム一元管理でチャネル間の在庫数を自動同期 |
| 誤出荷・検品ミス | バーコード検品で人的ミスを削減 |
これらの課題は単独で起きることは少なく、Excelによる属人化が遠因となって欠品・棚卸ミス・在庫ずれが連鎖的に発生するケースが多くあります。在庫管理システムの導入は、こうした課題を一括して解消する有効な手段です。
在庫のズレは、在庫管理の中だけで起きているとは限りません。受注や請求が別のツールで動いている場合、在庫だけをシステム化しても二重入力は残ります。受注から請求までを含めて一元化したい方は、以下の比較記事も参考にしてください。
関連記事:販売管理システムおすすめ17選比較。費用相場と業務範囲別の選び方を解説
在庫管理システムの費用相場
在庫管理システムの費用は、導入形態と、どこまでの業務を管理するかで大きく変わります。月額費用・初期費用・オプション費用の3つを合算して比べると、導入後に想定外の費用が出にくくなります。
製品の種類別の費用の目安は以下のとおりです。
| 製品の種類 | 初期費用の目安 | 月額費用の目安 | 向いている規模 |
|---|---|---|---|
| スマホで使う小規模向けのクラウド型 | 0円 | 無料〜1万円前後 | 少人数・1拠点で在庫の数を管理する |
| 販売管理一体型・EC連携型のクラウド | 0〜5万円程度 | 1万〜5万円前後(受注件数・サイト数で加算) | 複数の販路・複数拠点の在庫をまとめる |
| 倉庫向けのクラウドWMS・IoT型 | 数万〜数十万円程度 | 数万円〜(個別見積もりが多い) | 倉庫・工場で入出庫やロットを管理する |
| ERP・オンプレミス型 | 数百万円〜 | 数万〜数十万円(保守費用) | 在庫と会計・販売・生産を統合する |
オンプレミス型は初期費用が高い一方、自社の業務に合わせた作り込みがしやすく、長く使うほど月々の負担は安定します。要件が固まりきっていない場合は、無料プランやお試し期間のあるクラウド型で現場の操作感を確かめてから、必要な機能に合わせて上位のプランや別の種類の製品を検討すると、導入後の作り直しを減らせます。
クラウド型の料金の決まり方(課金方式)
クラウド型の在庫管理システムの月額は、主に次の4つの方式で決まります。
- ユーザー数・拠点数で決まる方式:使う人数や倉庫の数が増えるほど月額が上がる。少人数で始める企業は安く済む
- 受注件数・出荷件数で決まる方式:月の受注や出荷が一定件数を超えると、1件ごとの従量課金が加わる。繁忙期と閑散期の差が大きいEC事業者は、年間の件数で試算する
- 連携するサイト数・商品点数で決まる方式:つなぐモール・カートの数や登録する商品点数に応じて月額が決まる。受注件数がいくら増えても月額は変わらない
- 年契約と月契約で単価が変わる方式:同じプランでも年契約のほうが月あたりの料金が安い。最低利用期間や年間保守費用が別にかかる製品もある
自社の月の受注件数・出荷件数、使う人数、つなぐ販路の数を先に出し、2〜3製品で年間の総額を試算してから比べましょう。
1. 管理する商品点数・拠点数
在庫管理システムは、管理する品目数・登録ユーザー数・拠点数に応じて料金が変わるプランが一般的です。小規模から始めて上位プランへ切り替えられるクラウド型は、事業の成長に合わせて費用を調整しやすい点が強みです。
2. 連携する外部システムの範囲
ECモール・POS・会計ソフト・ERPなどとの連携は、オプションや上位プランの扱いになることが多く、連携先の数が増えるほど費用が上がります。事前に「どのシステムと連携する必要があるか」を洗い出しておくと、見積もりの比較がしやすくなります。
3. 導入支援・カスタマイズの有無
初期設定の代行や、現場の業務フローに合わせたカスタマイズを依頼する場合は、初期設定費用や個別の見積もりが発生します。サポート費用が月額に含まれる製品と、導入支援を有償で依頼する製品があるため、月額だけでなく導入時の費用も合わせて確認しましょう。
システムの選定・費用見積もりに迷う場合は、IT戦略の立案から費用試算まで支援するITコンサルティング会社に相談する方法もあります。
関連記事:ITコンサルティング会社16選比較。大手企業の一覧・費用相場とITコンサルタントの選び方
在庫管理システムを選ぶ際に確認すべき4つの比較ポイント
在庫管理システムはどれも「在庫を管理できる」という点では同じですが、対応業種・導入形態・連携機能・サポート体制は製品ごとに大きく異なります。本記事の各製品の情報表は、次の4点と料金で統一しています。
- 対応業種・業務フロー
- 導入形態(クラウド/オンプレミス)
- 連携できる外部システム
- サポート・カスタマイズ
対応業種・業務フロー
在庫管理システムを選ぶ際にまず確認すべきは、自社の業種・業務フローに対応しているかどうかです。製造業では原材料のロット管理・シリアル番号管理・製番別原価管理が必要になりますし、EC・小売業では複数モールの在庫自動同期・発送連携が求められます。同じ「在庫管理」でも、業種によって必要な機能の種類は大きく異なります。
- 自社の業種・業態と似た企業の導入事例があるか
- ロット・期限・ロケーションなど、自社に必要な管理項目に標準で対応しているか
- 入荷から出荷・棚卸までの流れを、今の業務の順番どおりに記録できるか
導入形態(クラウド/オンプレミス)
クラウド型は初期費用が低く、インターネット経由でどこからでもアクセスできるため、多拠点・リモート運用に向いています。一方、オンプレミス型はネットワークに依存せず社内で完結できるため、セキュリティ要件が厳しい企業や大規模なカスタマイズが必要な企業に適しています。
中小企業では、初期費用を抑えてすぐ使い始められるクラウド型が主流です。まずクラウド型を比較し、要件が合わない場合にオンプレミス型やクラウド上の専用環境を検討すると、比べる製品を絞り込みやすくなります。
- クラウド型かオンプレミス型か、両方から選べるか
- スマートフォンアプリやハンディターミナルで現場から入力できるか
- 最低利用期間や年契約の条件があるか
連携できる外部システム
在庫管理システムは単独では完結せず、すでに使っている外部システムとのデータ連携が実用性を大きく左右します。確認すべき連携先は次の3つのカテゴリです。
- ECモール・販売チャネル(楽天・Amazon・Yahoo!ショッピング等)との在庫同期
- 会計ソフト・ERPとの仕入れ・販売データの連携
- 物流・発送システム(倉庫管理システム・フルフィルメントサービス等)との連携
連携できないシステムがあると、手動でのデータ転記が発生し、せっかくのシステム導入効果が半減します。導入前に「つなぎたいシステムが連携できるか」を必ず確認してください。
サポート・カスタマイズ
在庫管理システムは導入して終わりではなく、使い続けるなかで「機能追加」「データ移行」「操作方法の問い合わせ」など継続的なサポートが必要になります。特に初めてシステムを導入する企業は、電話・チャット・訪問サポートが充実しているシステムを選ぶことで、現場への定着がスムーズになります。
カスタマイズ対応については、業務フローに合わせた設定変更・帳票作成・外部システム連携の追加開発が可能かどうかを事前に確認しておきましょう。
- 初期設定を代行してもらえるか、自社で設定するか
- 問い合わせの窓口(チャット・メール・電話・訪問)と受付時間
- サポート費用が月額に含まれるか、有償か
在庫管理システムの選び方
在庫管理システムは自社の目的・課題・業種によって最適なタイプが大きく異なります。ここでは3つのタイプに分類し、特徴と向いている企業をご紹介します。
- 汎用クラウド型
- EC・マルチチャネル特化型
- 製造・物流特化型
1. 汎用クラウド型
汎用クラウド型は、SaaS形式で月額数千円〜から使い始められる、シンプルな在庫管理システムです。スマートフォンやバーコードリーダーに対応した製品が多く、ITリテラシーが高くない現場スタッフでも短期間で運用を軌道に乗せられます。業種特有の高度な機能よりも「まずExcelから脱却して在庫を見える化したい」という企業に向いています。
このタイプへの導入に向いている企業は以下になります。
- 業種を問わずシンプルに在庫の入出庫・数量管理をデジタル化したい
- 初期費用を抑えて小規模からスタートし、必要に応じて拡張していきたい
- スマホやバーコードで現場スタッフが手軽に操作できるシステムを探している
| サービス名 | 詳細 | 料金 | タイプ | 備考 |
|---|---|---|---|---|
ZAICO | 無料プランあり・月額8,980円〜(税抜) | 汎用クラウド型 | スマホのカメラで読み取り・AIで帳票から登録 | |
flam | 月額9,800円〜(初期0円・税抜) | 汎用クラウド型 | 販売・仕入・在庫を1つのクラウドで管理 | |
ロジクラ | 月額16,000円〜(年契約・税抜) | 汎用クラウド型 | 自社開発のスマホアプリで入出荷・棚卸 | |
Zoho Inventory | 無料プランあり・月額4,600円〜(年間契約・税別) | 汎用クラウド型 | 海外モール連携とZoho CRM・Booksとの同期 |
2. EC・マルチチャネル特化型
EC・マルチチャネル特化型は、楽天・Amazon・Yahoo!ショッピングなどの複数ECモールや実店舗・卸チャネルの在庫をリアルタイムで自動同期することに特化したシステムです。受注処理・発送管理・在庫連動を一気通貫で自動化できるため、販売チャネルが増えるほど管理工数の削減効果が大きくなります。
このタイプへの導入に向いている企業は以下になります。
- 複数のECモール・実店舗・卸チャネルで在庫の二重管理・売り越しに悩んでいる
- 受注処理・在庫引き当て・発送まで自動化してオペレーションを効率化したい
- EC拡大期にあり、注文数の増加に対応できるシステムを探している
| サービス名 | 詳細 | 料金 | タイプ | 備考 |
|---|---|---|---|---|
ネクストエンジン | 月額3,000円〜+受注件数の従量課金(税抜) | EC・マルチチャネル特化型 | モール・カートの受注・在庫・商品を一元管理 | |
GoQSystem | 無料プランあり・在庫連携は月額29,800円〜(税別) | EC・マルチチャネル特化型 | 各モール・カートへ総在庫数を自動反映 | |
CROSS MALL | 月額10,000円×サイト数〜(初期0円・税抜) | EC・マルチチャネル特化型 | 受注課金なしの月額固定・実店舗の在庫とも連携 | |
ロジザードZERO | 要問い合わせ | EC・マルチチャネル特化型 | 倉庫内の作業を管理するクラウドWMS |
EC・マルチチャネル特化型を検討している場合、在庫連携だけでなく受注処理や商品登録までまとめて自動化できるかも判断材料になります。EC全体の業務を一元化したい方は、以下の記事も参考にしてください。
関連記事:EC一元管理システム17選比較。受注・在庫・出荷の自動化範囲で選ぶ
3. 製造・物流特化型
製造・物流特化型は、製造業・卸売業・3PL(物流アウトソーシング)など、在庫の精度と作業効率を高度に管理する必要がある企業向けのシステムです。ロット番号・シリアル番号・消費期限管理、倉庫内ロケーション管理、IoTセンサーによる自動在庫計測まで、業種固有の高度な要件に対応しています。
このタイプへの導入に向いている企業は以下になります。
- 製造業・卸売業で原材料のロット管理・製番別原価管理が必要
- 倉庫内のピッキング効率化・入出荷の精度向上を本格的に取り組みたい
- IoTセンサーやバーコードで在庫を自動把握し、手作業を極限まで削減したい
| サービス名 | 詳細 | 料金 | タイプ | 備考 |
|---|---|---|---|---|
アラジンオフィス | 要問い合わせ | 製造・物流特化型 | 販売・購買・在庫・生産を一元管理する基幹システム | |
スマートマットクラウド | 要問い合わせ | 製造・物流特化型 | IoT重量計で残量を自動計測・発注 | |
在庫スイートクラウド | 月額2.9万円〜(初期設定費用15万円〜・税別) | 製造・物流特化型 | 入出庫の実績から在庫を計算・ロットとロケーション管理 | |
SAP Business One | 要問い合わせ | 製造・物流特化型 | 会計・販売まで統合する中小企業向けERP |
在庫管理システム12選一覧比較表
以下は、本記事で紹介する在庫管理システムの一覧比較表です。タイプ列を参考に、まず自社のタイプに合う候補を絞り込んでください。
| サービス名 | 詳細 | 料金 | タイプ | 備考 |
|---|---|---|---|---|
ZAICO | 無料プランあり・月額8,980円〜(税抜) | 汎用クラウド型 | スマホのカメラで読み取り・AIで帳票から登録 | |
flam | 月額9,800円〜(初期0円・税抜) | 汎用クラウド型 | 販売・仕入・在庫を1つのクラウドで管理 | |
ロジクラ | 月額16,000円〜(年契約・税抜) | 汎用クラウド型 | 自社開発のスマホアプリで入出荷・棚卸 | |
Zoho Inventory | 無料プランあり・月額4,600円〜(年間契約・税別) | 汎用クラウド型 | 海外モール連携とZoho CRM・Booksとの同期 | |
ネクストエンジン | 月額3,000円〜+受注件数の従量課金(税抜) | EC・マルチチャネル特化型 | モール・カートの受注・在庫・商品を一元管理 | |
GoQSystem | 無料プランあり・在庫連携は月額29,800円〜(税別) | EC・マルチチャネル特化型 | 各モール・カートへ総在庫数を自動反映 | |
CROSS MALL | 月額10,000円×サイト数〜(初期0円・税抜) | EC・マルチチャネル特化型 | 受注課金なしの月額固定・実店舗の在庫とも連携 | |
ロジザードZERO | 要問い合わせ | EC・マルチチャネル特化型 | 倉庫内の作業を管理するクラウドWMS | |
アラジンオフィス | 要問い合わせ | 製造・物流特化型 | 販売・購買・在庫・生産を一元管理する基幹システム | |
スマートマットクラウド | 要問い合わせ | 製造・物流特化型 | IoT重量計で残量を自動計測・発注 | |
在庫スイートクラウド | 月額2.9万円〜(初期設定費用15万円〜・税別) | 製造・物流特化型 | 入出庫の実績から在庫を計算・ロットとロケーション管理 | |
SAP Business One | 要問い合わせ | 製造・物流特化型 | 会計・販売まで統合する中小企業向けERP |
上記で自社に合うタイプの在庫管理システムを絞り込みたい方は、以下の診断ツールで自社に合うタイプを確認してみてください。
自社に合う在庫管理システムタイプ診断
7つの質問に答えるだけで、自社に合うシステムのタイプがわかります。
【汎用クラウド型】の在庫管理システム
汎用クラウド型の在庫管理システムは次の4製品です。スマートフォンやバーコードで入出庫を記録し、Excelや紙の在庫表から在庫の数をデジタル化したい場合に向いています。
ZAICO

zaicoは、スマートフォンのカメラでバーコードやQRコードを読み取り、在庫の登録・入出庫・棚卸を記録できるクラウド在庫管理システムです。写真を撮るとAIが在庫データを登録・検索する機能や、手書き・PDFの納品書をAIが読み取って入庫処理する機能も備えています。
無料プランでも数の管理とバーコードスキャンを使え、1名で試しながら運用を固められます。有料プランでは複数ユーザーでの入出庫・棚卸、帳票の作成、入出庫予定日の管理に対応し、基幹システムとの連携やセキュリティ強化は個別に相談できます。
商品・資材・備品など、業種を問わずモノの数を管理する用途で使われています。Excelや紙の在庫表から、まず少人数・小さな予算で切り替えたい企業に向いています。
| 対応業種・業務フロー | 業種を問わず(商品・資材・備品の数量管理/入出庫・棚卸) |
| 導入形態 | クラウド型(スマートフォンアプリ対応) |
| 連携できる外部システム | CSV取り込み・外部サービス連携/基幹システム連携は個別に相談 |
| サポート・カスタマイズ | 30日間の無料お試し・無料オンラインセミナー/プロフェッショナルプランで連携・セキュリティを個別対応 |
| 料金 | 無料プランあり/スターター 月額8,980円・ベーシック 月額49,800円(税抜・月払い)/プロフェッショナルは要問い合わせ |
flam

flamは、販売・仕入・在庫の3つの業務を1つのクラウドで管理できる、中小企業向けの販売管理システムです。見積・受注・出荷・請求から、発注・入荷・支払、在庫の受払・棚卸・在庫評価までを伝票でつなげて管理できます。
会計ソフトとの連携を標準機能で備え、マネーフォワード クラウド会計とはAPIで連携できます。ネットショップから出力した売上のCSVを取り込めるよう、取り込むデータのレイアウトを利用者側で変えられるほか、複数倉庫の在庫管理にも対応しています。
株式会社フリップロジックが提供しています。受注・請求と在庫を別々のExcelやソフトで管理していて、二重入力をなくしたい卸売・小売の中小企業に向いています。
| 対応業種・業務フロー | 販売・仕入を伴う業種(見積〜請求・発注〜支払・在庫の受払と棚卸) |
| 導入形態 | クラウド型(Windows・Macで利用可) |
| 連携できる外部システム | マネーフォワード クラウド会計(API)・freee(弥生会計形式)/売上CSVのレイアウト設定 |
| サポート・カスタマイズ | メールでの質問は24時間受付・予約制のWeb会議(回数制限あり)/導入支援は有償 |
| 料金 | 初期費用0円/STANDARD 月額9,800円・PROFESSIONAL 月額19,800円・PREMIUM 月額54,800円(税抜) |
ロジクラ

ロジクラは、自社開発のスマートフォンアプリで入荷・出荷・棚卸を記録できる、EC・卸・店舗の在庫を扱う企業向けのクラウド在庫管理システムです。ハンディターミナルを用意しなくても、スマートフォンでバーコードを読み取って検品できます。
Shopify・STORESのカート、CROSS MALL・ネクストエンジンなどの受注管理システム、スマレジのPOSと連携し、EC・店舗・卸の在庫をリアルタイムでそろえられます。導入準備から運用までは専任のカスタマーサクセスチームが支援し、上位プランではロット管理・ロケーション管理・拠点間の入出荷にも対応します。
株式会社ロジクラが提供しています。パート・アルバイトの多い現場で、EC・店舗の出荷と在庫をスマートフォンだけで管理したい企業に向いています。
| 対応業種・業務フロー | EC・小売・卸(入荷・出荷・棚卸・有効期限管理) |
| 導入形態 | クラウド型(自社開発のスマートフォンアプリ) |
| 連携できる外部システム | Shopify・STORES/CROSS MALL・ネクストエンジン/スマレジ(OMS・POS連携は月額+10,000円) |
| サポート・カスタマイズ | Liteはチャット・Premiumはオンライン面談/Enterpriseは要件に合わせてカスタマイズ |
| 料金 | Lite 月額16,000円(年契約。月契約は19,000円・月300出荷まで無料)/Premium 月額40,000円(年契約。月契約は49,000円)/Enterpriseは要問い合わせ(税抜) |
Zoho Inventory

Zoho Inventoryは、受発注・在庫・出荷を1つの画面で管理できる、Zohoのクラウド在庫管理システムです。シリアル番号での追跡や倉庫間の在庫移動、倉庫別のレポートに対応しています。
Amazon・eBay・Etsy・Shopifyのアカウントと連携して販売チャネルの在庫をまとめられ、Zoho CRM・Zoho Booksとは顧客と注文のデータが自動で同期されます。注文数・ユーザー数・倉庫数に応じてプランを選べます。
海外のECモールでも販売している企業や、CRM・会計もZohoで運用している企業に向いています。
| 対応業種・業務フロー | EC・小売・卸など受発注と出荷を伴う業種 |
| 導入形態 | クラウド型 |
| 連携できる外部システム | Amazon・eBay・Etsy・Shopify/Zoho CRM・Zoho Books/配送業者 |
| サポート・カスタマイズ | 24時間365日の問い合わせ対応(無料)/専任担当がつくプレミアムサポートは有償(英語対応) |
| 料金 | 無料プランあり(月50注文・1ユーザー)/スタンダード 月額4,600円〜(年間契約・税別) |
【EC・マルチチャネル特化型】の在庫管理システム
EC・マルチチャネル特化型の在庫管理システムは次の4製品です。複数のモール・カート・店舗の在庫を自動で連動させ、受注から出荷までをまとめて管理したい場合に向いています。
ネクストエンジン

ネクストエンジンは、複数のネットショップの受注・在庫・商品情報を1つの画面で管理する、EC事業者向けのクラウド型受注・在庫管理システムです。楽天市場・Amazon・Yahoo!ショッピング・Shopify・makeshop・Qoo10などのモール・カートと、受注・在庫を連携します。
受注ステータスに合わせたメールの自動送信、決済状況の受注への反映、取引先ごとの掛け率に対応した卸売の管理、発注書の作成から仕入計上までを標準で備えています。主要な配送会社のソフトや倉庫・WMS、販売管理・会計などの基幹システムとも連携でき、標準機能で足りない部分はアプリやAPIで拡張できます。
NE株式会社が提供しています。複数のモールに出店し、受注件数に合わせて費用を増減させながら受注処理を自動化したいEC事業者に向いています。
| 対応業種・業務フロー | EC事業者(モール・自社EC・卸売) |
| 導入形態 | クラウド型 |
| 連携できる外部システム | 楽天市場・Amazon・Yahoo!ショッピング・Shopify・makeshop・Qoo10など/配送会社のソフト・倉庫・WMS・販売管理・会計 |
| サポート・カスタマイズ | オンライン相談・デモ体験/アプリ・APIでの拡張 |
| 料金 | 初期費用0円/月額3,000円(受注200件まで)+201件目から1件5〜35円の従量課金(税抜)/年間保守費用15,000円 |
GoQSystem

GoQSystemは、複数のモール・カートの受注をまとめて処理し、最新の総在庫数を各店舗へ自動で反映できるEC向けの受注管理システムです。受注管理だけのプランから、在庫連携、商品ページの一括管理まで、必要な範囲に合わせてプランを選べます。
楽天市場・Yahoo!ショッピングからの問い合わせの一括管理、日本郵便・佐川急便の送り状の発行、楽天スーパーロジスティクスやロジザードZEROなどの物流サービスとの連携をオプションで追加できます。エンタープライズプランでは、店舗独自の業務フローに合わせたカスタマイズにも対応します。
株式会社GoQSystemが提供しています。複数のモールで販売していて、売り越しを防ぐために総在庫数を各店舗へ自動で反映したいEC事業者に向いています。
| 対応業種・業務フロー | EC・ネットショップ(複数モール・カートの受注・在庫) |
| 導入形態 | クラウド型 |
| 連携できる外部システム | 主要モール・カート/送り状(日本郵便・佐川急便)・物流サービス連携はオプション |
| サポート・カスタマイズ | 初期設定・運用提案(プランにより異なる)/エンタープライズプランで個別カスタマイズ |
| 料金 | フリープラン 月額0円(月100件まで)/受注・在庫連携管理プラン 月額29,800円(初期費用40,000円)/ほかに月額15,000円・44,800円のプラン、エンタープライズ 月額200,000円〜(税別) |
CROSS MALL

CROSS MALLは、複数のネットショップの在庫・商品・受注・発注仕入を一元管理する、株式会社アイルのクラウドサービスです。各モール・カートの在庫数を自動で連動させ、売り越しを防ぎます。
同じアイルの販売管理・在庫管理システム「アラジンオフィス」と連携すると、実店舗やBtoB取引の在庫ともつなげられます。後払い決済などの外部サービスとも連携でき、オンラインデモで操作を確かめてから導入を検討できます。
実店舗とネットショップの両方で販売していて、店舗とECの在庫をまとめて管理したい企業に向いています。
| 対応業種・業務フロー | EC・ネットショップ(複数モールの運用・実店舗との併用) |
| 導入形態 | クラウド型 |
| 連携できる外部システム | 主要モール・カート/後払い決済/アラジンオフィス(実店舗の在庫管理。費用は別途見積) |
| サポート・カスタマイズ | オンラインデモ/電話サポートプランあり(内容は要問い合わせ) |
| 料金 | 初期費用0円/月額10,000円×サイト数〜(商品1,000点のプラン。受注件数・金額による課金なし・税抜) |
ロジザードZERO

ロジザードZEROは、入荷・棚入れ・ピッキング・検品・出荷・棚卸といった倉庫内の作業を管理する、クラウド型のWMS(倉庫管理システム)です。倉庫業・流通小売業・製造業・EC物流など、幅広い物流現場で使われています。
標準機能を使えば最短1か月で導入でき、個別の業務要件にはカスタマイズで対応します。初期設定は担当SEが行い、稼働前には現場で操作方法を説明し、稼働後も365日のサポートを受けられます。ハンディターミナルのレンタルや、RFIDのオプション機能も用意されています。
ロジザード株式会社が提供しています。自社倉庫や委託倉庫で誤出荷や在庫差異を減らしたいEC事業者や、複数の荷主の在庫を管理する物流会社に向いています。
| 対応業種・業務フロー | 倉庫業・3PL・流通小売・製造・EC物流(入荷〜出荷・棚卸) |
| 導入形態 | クラウド型(ハンディターミナル対応・レンタルあり) |
| 連携できる外部システム | EC受注システム・基幹システムなど周辺システムとの標準連携/RFIDオプション |
| サポート・カスタマイズ | 担当SEによる初期設定・稼働前の現場説明・稼働後365日サポート/カスタマイズ対応 |
| 料金 | 要問い合わせ |
【製造・物流特化型】の在庫管理システム
製造・物流特化型の在庫管理システムは次の4製品です。ロット・ロケーションの管理や、販売・生産・会計との統合まで、工場や倉庫の在庫を細かく管理したい場合に向いています。
アラジンオフィス

アラジンオフィスは、販売・購買・在庫・生産・貿易・プロジェクト管理などの業務を一元管理できる、株式会社アイルの基幹業務システムです。業界・業種ごとの機能を標準で備えたパッケージをもとに、自社の業務に合わせて設計できます。
クラウド版の「アラジンクラウド」とオンプレミスの両方から選べ、外出先や複数の拠点からも在庫をリアルタイムで確認できます。マネーフォワード クラウドなどの会計システムや、同社のEC一元管理システムとも連携できます。
東証プライムに上場する株式会社アイルが提供しています。卸売・製造などで、在庫だけでなく受注・仕入・売上までを1つのシステムでまとめたい中堅・中小企業に向いています。
| 対応業種・業務フロー | 卸売・製造・小売・EC・食品・アパレルなど(業界別の機能あり) |
| 導入形態 | クラウド型(アラジンクラウド)・オンプレミス型 |
| 連携できる外部システム | 会計システム(マネーフォワード クラウドなど)・EC一元管理・外部システム連携 |
| サポート・カスタマイズ | 業務に合わせたシステム設計・カスタマイズ/導入から運用までの支援 |
| 料金 | 要問い合わせ |
スマートマットクラウド

スマートマットクラウドは、IoT重量計「スマートマット」の上に在庫を置くだけで残量を自動で計測し、在庫の見える化から補充・発注の指示までを行う在庫管理システムです。棚卸のたびに在庫を数える作業を減らせます。
マットにはA6サイズなど複数の大きさがあり、部品・原材料・薬品・消耗品など、置き方の違う在庫に合わせて選べます。製造・化学・製薬・医療・インフラ保守など、現場の部品や消耗品の管理で使われています。
株式会社エスマットが提供しています。数えにくい部品・消耗品の残量確認や発注忘れを、現場の入力なしで減らしたい製造業や医療機関に向いています。
| 対応業種・業務フロー | 製造・化学・製薬・医療・宿泊・インフラ保守など(部品・原材料・消耗品の残量管理) |
| 導入形態 | IoT重量計(スマートマット)+クラウド |
| 連携できる外部システム | 自動発注・補充指示/外部システムとの連携は要問い合わせ |
| サポート・カスタマイズ | 要問い合わせ |
| 料金 | 要問い合わせ |
在庫スイートクラウド

在庫スイートクラウドは、スマートフォンやハンディターミナルで入出庫をその場で登録し、帳簿と実在庫のずれをなくすことを目指したクラウド型の在庫管理システムです。売上や製造の計上からではなく、入出庫の実績から在庫を計算する考え方で設計されています。
ロケーション・ロット・ステータスの管理を標準で備え、必要な品がどこにあるかを検索できます。用途に合わせて棚卸・Lite・Proのプランがあり、Proでは入出庫予定の管理や実績との照合にも対応します。
2001年設立の株式会社インフュージョンが提供しています。自社工場や倉庫で、部品・資材の在庫差異と棚卸にかかる時間を減らしたい製造業・卸売業に向いています。
| 対応業種・業務フロー | 製造・卸売・物流など自社工場や倉庫で在庫を持つ企業(入出庫・棚卸・ロット・ロケーション) |
| 導入形態 | クラウド型(スマートフォン〈iOS・Android〉・ハンディターミナル) |
| 連携できる外部システム | 入出庫予定の連携(Pro)/外部システムとの連携は要問い合わせ |
| サポート・カスタマイズ | 在庫管理の運用設計から定着まで支援/導入前・導入後のサポート費用は月額に含む |
| 料金 | 月額2.9万円〜(10ユーザー)/初期設定費用15万円〜(税別・最低利用期間1年) |
SAP Business One

SAP Business Oneは、会計・財務、購買、在庫、販売、顧客管理までを1つにまとめた、SAPの中小企業向けERPです。在庫の情報を会計や販売のデータと同じ基盤で管理できます。
クラウドとオンプレミスから導入方法を選べ、分析機能を組み込んでいます。子会社や海外拠点を含めた管理・統制の強化にも使われ、卸売・軽工業・小売・プロフェッショナルサービスなど幅広い業種で導入されています。導入の相談はSAPのパートナー企業を通じて行います。
海外に子会社や拠点があり、在庫と会計・販売を同じERPで管理したい中堅・中小企業に向いています。
| 対応業種・業務フロー | 卸売・軽工業・小売・プロフェッショナルサービスなど |
| 導入形態 | クラウド型・オンプレミス型 |
| 連携できる外部システム | SAP AI Coreとの統合/外部システムとの連携はパートナー経由で要問い合わせ |
| サポート・カスタマイズ | パートナー企業による導入・保守/見積依頼・Web相談 |
| 料金 | 要問い合わせ |
在庫管理システムのよくある質問
Q. 在庫管理システムとはどのようなシステムですか?
在庫管理システムとは、商品・原材料・部品の入庫・出庫・保管場所・数量を記録し、今どこに何個あるかをリアルタイムで把握するためのシステムです。バーコードやスマートフォンで入出庫を登録し、棚卸や発注点の通知、複数拠点・複数販路の在庫の一元管理まで行えます。倉庫内の作業まで管理するのがWMS、会計や販売まで統合するのがERPで、在庫管理システムはその中間に当たります。
Q. 在庫管理システムの費用相場は?
クラウド型の在庫管理システムは、初期費用0円・月額無料〜数万円が目安です。スマートフォンで少人数が使う製品は無料プランや月額1万円前後から、EC・販売管理と一体の製品は月額1万〜5万円前後から使え、ユーザー数・受注件数・連携するサイト数で月額が上がります。倉庫向けのWMSやERP、オンプレミス型は個別見積もりが中心で、オンプレミス型は初期費用が数百万円以上かかることもあります。
Q. 在庫管理システムはどう選べばいいですか?
在庫管理システムは、管理したい範囲が「在庫の数のデジタル化」「複数のECモール・店舗の在庫連動」「倉庫作業や製造のロット管理」のどれに当たるかを先に決めてから選びます。そのうえで、自社の業種・業務フローに合うか、クラウド型かオンプレミス型か、ECモールや会計ソフトと連携できるか、導入後のサポートやカスタマイズの範囲を比べます。無料プランやお試し期間がある製品は、現場の担当者に実際の操作を試してもらうと定着しやすくなります。
Q. 在庫管理システムは自作できますか?
在庫管理システムは、Excelやノーコードツールを使えば自作できますが、利用者や拠点が増えると更新の手間と入力ミスが増えやすくなります。Excelの関数やマクロで作る場合は費用がかからない一方、同時編集やバーコードの読み取り、ECモールとの在庫連動は難しく、担当者が変わると仕組みを引き継げないこともあります。複数人で入出庫を記録する段階になったら、無料プランやお試しのあるクラウド型と比べてみましょう。
Q. 無料で使える在庫管理システムはありますか?
無料で使える在庫管理システムはあります。クラウド型には、ユーザー数や月の注文件数に上限のある無料プランや、30日前後の無料お試し期間を用意している製品があります。無料プランは利用者が1名だけ、連携機能が使えないなどの制限が多いため、複数人で使う段階では有料プランの月額も確認しておきましょう。
Q. 小規模な会社でも在庫管理システムを導入する意味はありますか?
小規模な会社でも、在庫の数をExcelや紙で管理していて、確認や棚卸に毎月時間がかかっている場合は導入する意味があります。スマートフォンでバーコードを読み取るクラウド型なら、ハンディターミナルなどの機器をそろえずに、月額無料〜1万円前後から始められます。商品点数が少なく1人で管理できている段階では、Excelのまま入出庫の記録ルールを整える方法もあります。
まとめ
在庫管理システムは「どれを選んでも同じ」ではなく、自社の業種・販売チャネル・管理精度の目標によって最適なタイプが大きく異なります。シンプルな在庫のデジタル化を目指すなら汎用クラウド型、EC・複数チャネルの在庫連動が課題ならEC・マルチチャネル特化型、製造・物流の高度な在庫管理を実現したいなら製造・物流特化型が出発点になります。
比べるときは、対応業種・業務フロー、導入形態、連携できる外部システム、サポート・カスタマイズの4点に加えて、月額だけでなく初期費用・従量課金・年間保守費用まで含めた年間の総額で判断してください。
まずは、自社に合ったタイプを把握することが重要です。まだ診断ツールを試していない方は、ぜひ「在庫管理システム12選一覧比較表」の下にある診断ツールから確認してみてください。
