派遣会社向け勤怠管理システム16選比較。勤怠特化型と基幹型の選び方を解説

派遣スタッフの勤怠管理は、一般企業の何倍も神経を使う業務です。

「派遣先から報告が来るまで、スタッフの労働時間がわからない」
「月末にタイムシートを回収して転記するだけで、担当者が何日もつぶれる」
「派遣先ごとに締め日も勤務形態もバラバラで、36協定の超過に気づくのが遅れる」

派遣の勤怠管理を担当する方であれば、一度はこうした悩みを抱えたことがあるのではないでしょうか。派遣スタッフの勤怠は派遣元と派遣先の双方が関わるため、正社員向けの勤怠管理システムでは対応しきれない場面が少なくありません。

本記事では、派遣会社向け勤怠管理システムの選び方を、自社の事業特性に合わせた4つのタイプに分けて整理し、おすすめの16システムを比較します。まずは下の「選び方」セクションにある診断ツールで、自社に合うタイプを確認してみてください。

なお、人材派遣に限らず一般的な勤怠管理システムも比較したい方は、以下の記事もあわせてご覧ください。

関連記事：勤怠管理システムおすすめ17選比較。導入費用や課題別の選び方を解説

派遣の勤怠管理が一般企業と異なる3つの理由

派遣の勤怠管理が複雑になるのは、派遣スタッフが「派遣元と雇用契約を結びながら、実際の指揮命令は派遣先から受ける」という二重構造の中で働いているためです。この構造から、一般企業にはない3つの難しさが生まれます。

理由1. 派遣元と派遣先で管理責任が分かれている

派遣スタッフの勤怠は、派遣元と派遣先のどちらか一方が管理するものではありません。賃金支払い・有給休暇・36協定の締結などは派遣元が、日々の労働時間や休憩の付与・安全衛生は派遣先が担います。

以下は、厚生労働省の資料をもとに整理した責任分担です。

主な管理責任	派遣元（派遣会社）	派遣先（就業先企業）
賃金の支払い・割増賃金	○	－
年次有給休暇の付与・管理	○	－
36協定の締結・届出	○	－
日々の労働時間・休憩の管理	－	○
深夜・休日労働の実態把握	－	○
安全衛生・ハラスメント防止	△（雇用責任）	○（現場責任）

特に間違えやすいのが36協定です。派遣スタッフの時間外労働には、派遣先ではなく派遣元で締結した36協定が適用されます。派遣先で適用されている36協定はスタッフには適用されないため、派遣元が締結内容を派遣先へ正確に伝え、その範囲内で労働時間を管理してもらう必要があります。

派遣社員の勤怠を派遣元・派遣先のどちらが管理するのかをさらに詳しく整理しておくと、システム選定の精度が上がります。

関連記事：労務管理システムおすすめ16選比較。費用相場から課題別の選び方まで解説

理由2. 派遣元はリアルタイムに労働時間を把握できない

派遣スタッフが実際に働くのは派遣先です。そのため派遣元は、派遣先から勤怠情報が届くまで、スタッフが契約どおりに勤務できているか、36協定の上限を超えていないかをすぐには確認できません。

報告が月末の締めまで届かない運用では、サービス残業や打刻漏れの発見が遅れ、是正が後手に回るリスクが残ります。派遣元にも労働時間の把握義務があるため、リアルタイムに勤怠を共有できる仕組みが欠かせません。

理由3. 締め日のタイムシート回収・転記の負担が大きい

派遣先ごとに締め日や勤務形態が異なるなかで、全スタッフからタイムシートを回収し、給与計算ソフトへ転記する作業は大きな負担です。手作業での集計は時間がかかるうえ、転記ミスや計算ミスが起こりやすくなります。

派遣先が増えるほどフォーマットも分散し、担当者が締め日のたびに長時間労働に追われる、という派遣会社は少なくありません。

勤怠特化型と「人材派遣管理システム（基幹型）」はどう違う？

派遣会社向けのシステムを探すと、「勤怠管理システム」と「人材派遣管理システム（基幹システム）」の2種類が出てきて混乱しがちです。両者は対応範囲が大きく異なるため、自社がどちらを必要としているかを先に整理しておきましょう。

比較項目	勤怠特化型	人材派遣管理システム（基幹型）
主な対応範囲	打刻・勤怠集計・申請承認・シフト	採用・マッチング・契約・勤怠・給与・請求まで一気通貫
費用感	1名あたり数百円〜の月額が中心	月額数万円〜＋初期費用が発生しやすい
導入スピード	比較的早い	要件定義・移行に時間がかかる
向いている会社	勤怠の効率化を優先したい会社／基幹は別で持っている会社	派遣業務全体をまとめて刷新したい会社

勤怠だけを効率化したいのか、派遣業務全体を1つにまとめたいのかで、選ぶべきシステムは変わります。本記事ではこの違いも踏まえ、後述の4タイプに分類して紹介します。

派遣会社向け勤怠管理システムでできること（機能）

派遣会社向け勤怠管理システムには、派遣業特有の課題を解決するための機能が搭載されています。主な機能は以下のとおりです。

打刻	スマホ・PC・ICカード・GPS・QRコードなど多様な打刻に対応。派遣先に専用機器がなくても打刻できるスマホ対応が中心。
申請・承認	残業・休暇・打刻修正などスタッフからの申請を、派遣先がオンラインで承認。承認結果を派遣元と共有。
勤務実績の自動集計	派遣先の締め日・単価に合わせて勤務実績を自動集計。給与計算・請求のもとになるデータを生成。
シフト・勤務表作成	スタッフの希望と派遣先の必要人数を踏まえた勤務表を作成。派遣先別・拠点別の管理も可能。
アラート	打刻漏れ・有給取得不足・36協定の上限超過などをアラートで通知し、労基違反を未然に防止。
派遣先管理台帳・契約管理	派遣先管理台帳や契約書をシステム内で作成・電子化。法定帳票の整備とコンプラ対応を支援。
外部連携	給与計算ソフト・請求システム・基幹システムとCSVやAPIで連携し、転記作業を削減。

派遣特有のポイントは、打刻・勤怠だけでなく「派遣先との承認のやり取り」と「派遣元管理台帳などの法定帳票」までカバーできるかという点です。

派遣会社向け勤怠管理システムの費用相場

派遣会社向け勤怠管理システムの費用は、タイプによって大きく異なります。まずは全体の相場感を整理します。

タイプ	初期費用の目安	月額の目安	特徴
勤怠特化型	0〜数万円	1名あたり250〜400円程度	勤怠に絞り低コスト・短期間で導入しやすい
基幹一体・総合型	数十万円〜	月額数万円〜	採用〜請求まで網羅。規模が大きいほど効果大
汎用クラウド型	0円が中心	1名あたり200〜500円程度	内勤社員も含め一元管理。派遣特化機能はオプション

人材派遣会社の費用は、利用人数や派遣先数、必要なオプションによって変動します。費用が変動する主な要因は次の3つです。

1. 課金対象となるスタッフ数

多くのシステムは、勤務報告を行う稼働スタッフ数に応じた従量課金です。管理者や承認者は課金対象外となるサービスもあり、稼働スタッフ数が増えるほど月額も上昇します。ボリュームディスカウントで人数が増えるほど単価が下がるサービスもあります。

2. 対応範囲（勤怠のみか、基幹まで含むか）

勤怠だけのシンプルな構成か、契約・給与・請求まで含む基幹一体型かで費用は大きく変わります。基幹型は月額数万円からとなる一方、勤怠特化型は1名あたり数百円から始められます。

3. オプション機能・拠点数

シフト管理・派遣先管理台帳・交通費精算などをオプションで追加すると費用が加算されます。また、拠点（事業所）ごとに定額課金されるサービスもあり、多拠点運用では拠点数が費用に影響します。

派遣会社向け勤怠管理システムを選ぶ際の5つの比較ポイント

派遣会社向け勤怠管理システムは、どれも同じではありません。派遣業ならではの視点で、以下の5つのポイントを確認しましょう。

• 派遣業特有の機能（派遣元管理台帳・契約管理・抵触日管理）への対応
• 打刻方法の柔軟性と不正打刻の防止
• 派遣先との勤怠共有・オンライン承認のスムーズさ
• 36協定・長時間労働を防ぐアラート機能
• 給与計算・請求管理との連携（締日・単価の違いへの対応）

派遣業特有の機能（派遣元管理台帳・契約管理・抵触日管理）への対応

一般的な勤怠管理システムとの最大の違いは、派遣業に必要な帳票・契約管理に対応しているかどうかです。派遣元管理台帳の作成、派遣契約書の管理、抵触日（同一事業所で派遣を受け入れられる3年の期限）のアラートなどに対応していると、コンプラ対応の負担を大きく減らせます。

確認すべきポイントは次の3つです。

• 派遣元管理台帳・派遣先管理台帳を作成・出力できるか
• 派遣契約書の作成・電子化に対応しているか
• 抵触日や契約期間のアラート機能があるか

打刻方法の柔軟性と不正打刻の防止

派遣スタッフの就業先は多岐にわたり、すべての派遣先に専用の打刻機を置くのは現実的ではありません。そのため、スタッフ自身のスマホから打刻できることが基本になります。

一方で、自己申告の打刻には不正打刻のリスクも伴います。GPSで打刻場所を記録する、QRコードに有効期限を設けるといった仕組みがあると、場所や時刻の正確性を担保できます。自社の派遣先の環境に合った打刻方法を備えているか確認しましょう。

派遣先との勤怠共有・オンライン承認のスムーズさ

派遣の勤怠は、スタッフの申請を派遣先が承認し、その結果を派遣元が確認する三者間のやり取りが発生します。この承認フローがオンラインで完結するかどうかは、締め作業のスピードを大きく左右します。

派遣元・派遣先が同じ画面で勤怠を確認・修正・承認できるプラットフォーム型のシステムであれば、紙やメールでのやり取りが不要になり、リアルタイムでの状況把握も可能になります。

36協定・長時間労働を防ぐアラート機能

前述のとおり、派遣スタッフの36協定は派遣元で締結します。締結した上限時間を超えそうな場合に、システムがアラートで知らせてくれると、派遣元・派遣先の双方が早めに対応できます。

法定時間の超過、休憩の未取得、勤務間インターバルなどを自動でチェックする機能があると、コンプライアンス体制の強化に直結します。

給与計算・請求管理との連携（締日・単価の違いへの対応）

派遣会社では、スタッフへの給与と派遣先への請求が同じ勤怠データから生まれます。勤怠データが給与計算・請求にそのまま連携できれば、二重入力や計算ミスを防げます。

派遣先ごとに異なる締め日や単価、時給・月給が混在する複雑な計算に対応できるかも、重要な確認ポイントです。

給与計算そのものを外部に任せたい場合は、アウトソーシングとの比較も検討すると選択肢が広がります。

関連記事：給与計算アウトソーシング20選比較。規模別費用相場から4タイプの選び方まで解説

派遣会社向け勤怠管理システムの選び方

ここまでの比較ポイントを踏まえ、派遣会社向け勤怠管理システムを、自社の事業特性に合わせて4つのタイプに分類しました。自社がどのタイプに近いかを意識しながら読み進めてください。

1. 基幹一体・総合型 ｜ 派遣業務全体を1システムで一元化したい場合
2. 派遣先連携・コンプラ重視型 ｜ 三者間の承認・帳票を徹底したい場合
3. 勤怠特化・現場柔軟型 ｜ 変則勤務・多拠点を軽快に回したい場合
4. 短期・スポット／汎用低コスト型 ｜ 単発大量・低コストで始めたい場合

まずは、以下の診断ツールで自社に合うタイプを確認してみてください。

① 基幹一体・総合型 ｜ 派遣業務全体を1システムで一元化したい場合

採用・マッチングから契約・勤怠・給与・請求まで、派遣業務全体を1つの基幹システムでまとめて効率化したい総合派遣会社に向いたタイプです。勤怠は基幹システムの一機能として組み込まれ、データが分断されないのが強みです。

このタイプへの依頼に向いている企業は以下になります。

• 採用から請求まで複数のシステムやExcelに分散しており、まとめて刷新したい
• 登録スタッフ数・派遣先数ともに多く、全社の業務を統合管理したい
• 給与計算・請求まで含めてバックオフィス全体を効率化したい

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② 派遣先連携・コンプラ重視型 ｜ 三者間の承認・帳票を徹底したい場合

大手派遣先と取引があり、派遣元・派遣先・スタッフの三者間で勤怠承認・契約・請求を共有し、法令遵守を徹底したい会社に向いたタイプです。派遣先側も同じプラットフォームを使うことで、複数の派遣会社との取引も標準化できます。

このタイプへの依頼に向いている企業は以下になります。

• 派遣先とのタイムシート授受・オンライン承認を最優先で改善したい
• 派遣元管理台帳や契約書など法定帳票まで電子化したい
• 36協定や派遣法へのコンプライアンス対応を強化したい

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③ 勤怠特化・現場柔軟型 ｜ 変則勤務・多拠点を軽快に回したい場合

派遣先ごとに勤務形態が変則的で、多拠点・多業種の案件を抱える会社に向いたタイプです。基幹はそのままに、勤怠の正確な集計と派遣先からの承認を、低コストで素早く導入できるのが特徴です。

このタイプへの依頼に向いている企業は以下になります。

• 派遣先ごとに異なる変則勤務を正確に集計したい
• 基幹システムは別にあり、勤怠の部分だけ強化したい
• 多拠点・多業種の案件に柔軟に対応できる勤怠を求めている

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④ 短期・スポット／汎用低コスト型 ｜ 単発大量・低コストで始めたい場合

イベント・警備・日払いなど短期・単発の案件を大量に扱う会社や、内勤社員も含めて低コスト・短期間で勤怠をシステム化したい会社に向いたタイプです。スマホアプリやチャット連携で、多数のスタッフを手軽に管理できます。

このタイプへの依頼に向いている企業は以下になります。

• イベント・警備など単発案件のスタッフを大量に管理したい
• LINEなど使い慣れたツールで打刻・シフト連絡を完結させたい
• まずは低コスト・短期間で勤怠のシステム化を始めたい

このタイプのシステムを見る⇩

おすすめの派遣会社向け勤怠管理システム一覧比較表

以下は、本記事で紹介する派遣会社向け勤怠管理システムの一覧比較表です。

【基幹一体・総合型】の勤怠管理システム

はじめに、採用〜請求まで派遣業務全体を1つにまとめられる基幹一体・総合型を紹介します。

スタッフナビゲーター（ユニテックシステム株式会社）

派遣業務をワンストップで支える定番の人材派遣管理システムです。採用を含むスタッフ管理から勤怠管理、契約書発行、給与・請求計算までを1つのシステムで処理でき、販売開始から20年以上・シリーズ累計2,800社超の実績があります。

求職者は専用URLのワンクリックでWeb面接を始められ、登録情報は自動でシステムに反映。応募から採用までの時間を短縮できます。

勤怠はスマホ・PC・ICカード（FeliCa）から打刻でき、派遣先担当者によるWeb承認にも対応。あらかじめ就業データを設定しておけば、始業・終業を打刻するだけで勤務時間が自動計算され、そのまま請求登録画面へ反映できます。

派遣特有機能	スタッフ管理・契約書発行・給与/請求計算を統合。年末調整・入金管理もオプション対応
打刻方法	スマホ・PC・ICカード（FeliCa）
派遣先連携・承認	派遣先担当者によるWeb承認に対応
36協定・アラート	就業データに基づく勤務時間の自動計算・管理
料金目安	要問い合わせ

STAFF EXPRESS（株式会社エスアイ・システム）

派遣・紹介・請負のあらゆる人材取引を統合する総合業務支援プラットフォームです。マッチングから入社手続き、契約締結、勤怠管理、給与計算、請求管理、経営分析までをオールインワンで提供し、500社以上・3,000事業所以上の導入実績があります。

勤怠申請から実績確定までを一元化することで、工数を抑えたリアルタイムな勤務管理を実現。QRコードでの勤怠申請を採用し、有効期限を設定することで不正打刻を防止します。

案件ごとに異なる給与単価や、時給・月給が混在する複雑な給与計算も自動化。派遣先とのやり取りを担う「PARTNER」が無償提供される点も特徴です。

派遣特有機能	マッチング・契約・給与・請求・経営分析まで統合
打刻方法	QRコード（有効期限設定可）
派遣先連携・承認	派遣先向け「PARTNER」でタイムリーに承認・否認
36協定・アラート	36協定等に基づく勤務状況・休憩時間を自動チェック
料金目安	サブスク：月額35,000円〜 買切価格：600,000円～

メッキー派遣管理（株式会社アドソフト）

派遣元の内勤業務を効率化する人材派遣管理システムです。スタッフ管理・勤怠管理・請求管理・統計管理など派遣元に必要な機能を標準搭載し、日次・月次の勤怠登録や有休管理、シフト管理に対応します。

スタッフや顧客、派遣先などの関連情報を地図と連携できるのが特徴で、位置情報とデータを同時に把握し、スタッフと派遣先のマッチングや傾向分析に活用できます。

さらに派遣業に特化したAIを搭載。「事務 博多 未経験」のようなキーワードを入力すると、AIが条件に合う人材を自動提案し、マッチングの手間を削減します。

派遣特有機能	スタッフ・請求・統計管理＋AIマッチング
打刻方法	日次・月次の勤怠登録に対応
派遣先連携・承認	派遣先・顧客情報を地図と連携して管理
36協定・アラート	有休管理・シフト管理に対応
料金目安	月額19,800円〜

マッチングッド（マッチングッド株式会社）

人材派遣・人材紹介の両方に対応する人材派遣管理システムです。応募者管理から求人・案件管理、勤怠、給与、請求までを一元管理でき、複数のシステムを行き来する必要がありません。

高いカスタマイズ性が強みで、取引先企業の帳票に合わせたフォーマット変更にも対応。事業の成長やルールの変化に合わせて柔軟に運用できます。

応募から売上までのデータが1つにつながるため、稼働状況の分析や業務全体の可視化にも役立ちます。

派遣特有機能	応募〜案件〜勤怠〜給与〜請求を一元管理。紹介にも対応
打刻方法	スマホ・PCからの勤怠入力に対応
派遣先連携・承認	オンラインでの勤怠確認・承認に対応
36協定・アラート	帳票カスタマイズで各社ルールに対応
料金目安	月額22,000円〜

【派遣先連携・コンプラ重視型】の勤怠管理システム

次に、派遣元・派遣先・スタッフの三者間でやり取りを完結でき、コンプライアンス対応に強い派遣先連携・コンプラ重視型を紹介します。

e-staffing（株式会社イー・スタッフィング）

派遣元・派遣先・スタッフの三者間プロセスをインターネット上で完結できる人材派遣管理システムです。リクルートスタッフィング・テンプスタッフ・パソナの大手3社が設立し、中立的な法務見解に基づくアップデートを継続しています。

派遣照会・契約管理・勤怠管理・請求管理の4機能を標準搭載し、法定帳票を電子管理することで派遣のコンプラリスクを軽減。拡張機能「e-TimeCard」を使えば、e-staffing未導入の派遣先でもスマホ・PCでの打刻と勤怠の一元管理が可能になります。

e-TimeCardは初期費用0円、1スタッフ1,000円/月（半月なら500円）とシンプルな料金で、勤怠だけをスモールスタートしたい場合にも適しています。

派遣特有機能	派遣照会・契約・勤怠・請求の4機能を標準搭載
打刻方法	スマホ・PC（e-TimeCard）
派遣先連携・承認	派遣元・派遣先・スタッフの三者間で電子完結
36協定・アラート	法定帳票の電子管理でコンプラリスクを軽減
料金目安	月額1,000円/名＋100円/名（e-TimeCard利用時）、初期0円

HRstation（アルティウスリンク株式会社）

派遣先のコンプライアンス徹底を支える人材派遣管理システムです。派遣社員の発注・契約締結・勤怠管理・請求管理・法定帳票の作成までを一元化し、派遣元・派遣先でデータを共有して円滑な情報連携を実現します。

打刻には位置情報が自動記録されるQRコード方式を採用し、不正打刻を防止。スタッフは同じ画面から交通費や立替金の申請、月次承認申請、登録内容の修正まで行えます。

複数の派遣会社への発注や進捗確認、派遣会社ごとにバラバラな承認作業の統一も可能。緊急時の代替拠点となるDRサイトも備え、災害時の事業継続にも配慮されています。

派遣特有機能	発注・契約・勤怠・請求・法定帳票を一元化
打刻方法	位置情報付きQRコード
派遣先連携・承認	派遣元・派遣先でデータ共有、承認作業を統一
36協定・アラート	経費申請・月次承認をオンラインで完結
料金目安	月額800円/名

クラウドスタッフィング（株式会社クラウドスタッフィング）

発注・契約・勤怠・請求・評価をシンプルに運用できる人材派遣業務一括管理システムです。派遣元・派遣先が共通のWebプラットフォームを導入することで各プロセスを効率化し、情報共有や作業時間を短縮します。

打刻器・スマホ・PCなど複数の手段に対応し、派遣元・派遣先の双方がWeb上で勤怠状況を確認・修正・承認できます。未入力や打刻時刻の差異、残業などをアラートで通知するため、管理漏れの心配を抑えられます。

システム内で作成した請求書は双方で確認でき、PDF出力にも対応。発注から請求までを共通基盤で運用したい会社に向いています。

派遣特有機能	発注・契約・勤怠・請求・評価を一括管理
打刻方法	打刻器・スマホ・PC ほか
派遣先連携・承認	派遣元・派遣先の双方から修正・承認が可能
36協定・アラート	未入力・残業・時刻差異をアラート通知
料金目安	要問い合わせ

JobSuite TEMPORARY（株式会社ＮＳＤデジタルソリューションズ）

派遣の受入先・派遣元の双方に役立つ派遣管理サービスです。複数の派遣会社への個別連絡や、それぞれの36協定違反チェックなど、手間のかかる作業を効率よく進められます。

勤怠の締めから請求処理までをスムーズに進められるため、月末の負担が集中しがちな業務をまとめて効率化できます。

複数の派遣会社・派遣先が関わる複雑な取引でも、やり取りを標準化してコンプライアンスを保ちやすくする点が強みです。

派遣特有機能	複数派遣会社の管理・36協定違反チェック
打刻方法	Webでの勤怠申請に対応
派遣先連携・承認	派遣先・派遣元双方の勤怠締め〜請求を効率化
36協定・アラート	派遣会社ごとの36協定違反をチェック
料金目安	要問い合わせ

【勤怠特化・現場柔軟型】の勤怠管理システム

次に、基幹はそのままに、変則勤務や多拠点の勤怠を低コストで正確に集計できる勤怠特化・現場柔軟型を紹介します。

デジシート（株式会社ヒューアップテクノロジー）

派遣会社4,000社以上・利用者60,000人以上の実績を持つ人材派遣業特化型の勤怠管理システムです。1枚の勤務表から勤怠状況と申請承認状況を確認でき、派遣社員・契約社員の勤怠業務を高速化・正確化します。

休日休暇区分の設定、勤務パターン登録、残業・休憩時間の警告、週40時間超対応、1分単位の丸め規制など、変則的な勤務形態と法令遵守の両方に柔軟に対応。豊富な打刻方法で業種を問わず活用できます。

導入企業では、締め作業が1週間から3日に短縮された事例や、変則勤務への対応で年間800時間以上の工数を削減した事例も報告されています。

派遣特有機能	派遣先管理台帳・変則勤務対応・勤務パターン登録
打刻方法	スマホ、オプションでWeb画面・非接触カード
派遣先連携・承認	1枚の勤務表で勤怠・申請承認を確認
36協定・アラート	残業・休憩時間の警告、週40時間超対応
料金目安	月額390円〜/名

e-naviタイムシート（株式会社イー・クリエーション）

マニュアルいらずのシンプルな操作性が特徴の人材派遣業向け勤怠管理システムです。派遣スタッフ・派遣先・派遣元の三者が同じシステム上で情報を共有・操作でき、紙からの移行でも迷わず使える設計です。

スタッフはスマホから出退勤打刻や交通費入力、月次の承認依頼が可能。派遣元担当者は各スタッフの勤怠をリアルタイムで把握し、派遣先管理台帳に基づくタイムシート出力も行えます。

拠点（事業所）ごとの契約が安価で、地域の規模感に合わせて柔軟に増設できる点も強みです。30日間の無料お試しも用意されています。

派遣特有機能	派遣先管理台帳に基づくタイムシート出力、拠点別管理
打刻方法	スマホ・携帯電話（位置情報を記録）
派遣先連携・承認	三者が同一システムで共有・ワンクリック承認
36協定・アラート	勤務状況をリアルタイム把握、就業条件を柔軟設定
料金目安	月額250円〜/名（801名以上）※100名以下は400円/名、初期0円

staff-one（株式会社ジェイテック）

サーバー準備や専用ソフトが不要で、直感的に使える派遣会社向け勤怠管理システムです。勤務形態に合わせて勤務時間が自動計算されるため、入力ミスのリスクを抑えられます。

多様な就業形態の勤怠入力に加え、各種申請や承認状況の確認にも柔軟に対応。スタッフの基本情報・経歴・部署異動・残業時間・派遣単価を含む契約情報までを一元管理できます。

勤務時間を入力するだけで契約情報から請求書を自動作成する「かんたん請求書作成機能」を備え、勤怠から請求までをスムーズにつなげられます。

派遣特有機能	派遣単価を含む契約情報の一元管理、かんたん請求書作成
打刻方法	スマホ・PCからの勤怠入力
派遣先連携・承認	各種申請・承認状況の確認に対応
36協定・アラート	勤務形態に応じた勤務時間の自動計算
料金目安	月額30,000円〜（100名以下）＋保守20,000円、初期費用30万円

CAERU勤怠 派遣（CAERU株式会社）

拠点定額で人数に左右されない料金体系が特徴の派遣向け勤怠管理システムです。派遣スタッフがICカードをタブレットにかざすだけで打刻でき、スマホ打刻にも対応します。

専任スタッフが派遣会社のルールに合わせて機能をカスタマイズしてくれるため、独自の運用にも柔軟に対応。オプションのシフト管理を使えば、派遣先の拠点ごとのシフト表を手軽に作成できます。

料金は拠点ごとに月額7,500円の定額制で、スタッフの増減に費用が左右されないため、人数変動の大きい現場でもコストを見通しやすいのが利点です。

派遣特有機能	派遣会社のルールに合わせた専任カスタマイズ
打刻方法	ICカード（タブレット）・スマホ
派遣先連携・承認	派遣先と双方でリアルタイムに勤怠を管理
36協定・アラート	オプションで拠点別シフト管理に対応
料金目安	月額7,500円〜/拠点

【短期・スポット／汎用低コスト型】の勤怠管理システム

最後に、単発・大量のスタッフ管理や、低コスト・短期間での導入に向く短期・スポット／汎用低コスト型を紹介します。

プロキャス（株式会社PROCAN）

短期派遣事業者向けのスマホアプリ連動型スタッフ管理システムです。警備・イベント・建設・訪問介護など業界別パッケージを展開し、現場で異なる契約条件や時給設定に応じた給与計算を自動処理します。

スタッフはアプリから出退勤を打刻でき、稼働実績は随時システムに反映。案件数が多くてもまとめて処理でき、手作業の集計・入力負担を大きく削減できます。

案件配信やスタッフへの打診、確定シフトの共有といった人員手配機能も搭載。給与明細・源泉徴収票・労働条件通知書はアプリからダウンロードでき、法定三帳簿の発行にも対応します。

派遣特有機能	業界別パッケージ、法定三帳簿の発行、人員手配
打刻方法	スマホアプリ
派遣先連携・承認	案件配信・打診・シフト共有を一元管理
36協定・アラート	契約条件・時給設定に応じた給与計算を自動処理
料金目安	月額30,000円〜、初期費用10万円〜

ジョブカン勤怠管理（株式会社DONUTS）

シリーズ導入実績5万社以上を誇る低コストの汎用勤怠管理システムです。派遣スタッフの勤務状況や集計、各種申請の確認など、必要な情報のみを切り替えて表示でき、使いやすさに定評があります。

モバイルGPS打刻やLINE打刻など打刻方法が多彩で、無料でLINE・Slackや入退室管理システムとの連携も可能。LINEからシフト確認もでき、イベント・飲食・サービス業など流動的な現場の管理に向いています。

1機能200円から、機能を追加するごとに加算されるシンプルな料金で、必要な機能だけを低コストで導入できます。

派遣特有機能	必要情報の切り替え表示、入退室管理連携
打刻方法	モバイルGPS・LINE・指静脈・ICカード ほか
派遣先連携・承認	オンラインでの各種申請・承認に対応
36協定・アラート	残業基準の設定・休暇管理に対応
料金目安	月額200円〜/名（最低2,000円/月）、初期0円

KING OF TIME（株式会社ヒューマンテクノロジーズ）

導入7万社以上・市場シェア上位のクラウド勤怠管理システムです。勤怠管理に加えて人事労務・給与計算・年末調整まで幅広い機能をそろえ、内勤社員と派遣スタッフを1つのシステムで管理できます。

シフトパターンを無制限に作成できるため、派遣先やスタッフごとの契約状況に合わせた管理が可能。残業・休暇の申請承認や、遅刻早退・休日労働の自動集計など便利機能も充実しています。

打刻はスマホ・PCに標準対応し、オプションで顔・指紋認証やICカードも選択可能。働き方に合わせて柔軟に打刻方法を選べます。

派遣特有機能	無制限のシフトパターンで契約別に管理
打刻方法	スマホ・PC、オプションで生体認証・ICカード
派遣先連携・承認	スマホ・PCから残業・休暇を申請・承認
36協定・アラート	所定外・休日労働の自動集計、残業基準設定
料金目安	月額300円/名

jinjer勤怠（jinjer株式会社）

人事労務を1つのデータベースで統合できる勤怠管理システムです。派遣スタッフの多様な勤務形態に対応して勤怠を一元管理でき、残業・休日出勤の申請も手軽に行えます。

シフト申請・承認も簡単で、自動でのシフト作成にも対応。スマホを使えばどこでも打刻でき、GPS機能により不正打刻を防止します。

給与計算や経費精算など同社の他サービスと連携でき、人事労務全体をまとめて効率化したい会社に向いています。

派遣特有機能	多様な勤務形態に対応、人事労務データの統合
打刻方法	スマホ（GPS対応）
派遣先連携・承認	残業・休日出勤・シフトの申請承認に対応
36協定・アラート	勤怠データをもとに勤務状況を管理
料金目安	月額400円〜/名

派遣の勤怠管理に関わる法令の最新動向

派遣の勤怠管理は、労働基準法・労働者派遣法の改正動向と切り離せません。システムを選ぶ際は、法令へ継続的に対応できるかも確認しておきましょう。

近年は、時間外労働の上限規制の徹底、同一労働同一賃金（労使協定方式・派遣先均等均衡方式）への対応、労働者派遣契約の電子化の浸透などが進んでいます。特に派遣スタッフの36協定は派遣元で締結するため、上限時間の管理を派遣元・派遣先で共有できる体制が一層重要になっています。

また、タイムカードや勤怠記録には保管義務があり、派遣契約の満了後から一定期間（労働関係に関する重要書類は原則5年、当面3年の経過措置あり）の保存が求められます。法改正に合わせてシステム側が自動でアップデートされるか、出典に基づく最新情報を提供しているかも選定の判断材料になります。

最新の制度内容は、厚生労働省の公表資料で確認できます。

出典：厚生労働省「労働者派遣事業関係業務取扱要領・派遣労働者の労働条件確保」

派遣の勤怠管理に関するよくある質問

Q. 派遣社員の勤怠管理は派遣元と派遣先のどちらが行いますか？

両方が役割を分担します。日々の労働時間や休憩の管理は派遣先が、賃金支払い・有給休暇の付与・36協定の締結は派遣元が担います。双方が情報を共有できていないと、未払い賃金やサービス残業などのリスクが生じます。

Q. 派遣社員の36協定はどちらで締結しますか？

派遣元です。派遣スタッフが派遣先で時間外労働を行う場合でも、適用されるのは派遣元で締結した36協定です。派遣先で適用されている36協定はスタッフには適用されないため、派遣元が締結内容を派遣先へ正確に伝える必要があります。

Q. 抵触日（3年ルール）とは何ですか？

同一の事業所で派遣を受け入れられる期間の上限（原則3年）に達する日のことです。派遣元には抵触日をスタッフへ明示する義務があり、システムで契約期間や抵触日をアラート管理できると、超過のリスクを抑えられます。

Q. エクセルでの派遣の勤怠管理ではダメですか？

不可能ではありませんが、派遣先ごとに就業形態が異なるため計算式が複雑化しやすく、集計までのタイムラグや転記ミスが起こりがちです。労働時間が法定内かを目視で確認する必要もあり、件数が増えるほどシステム化が現実的になります。

Q. 結局どのシステムがおすすめですか？

自社のタイプによって最適解は変わります。派遣業務全体を刷新したいなら基幹一体・総合型、派遣先との連携やコンプラ重視なら派遣先連携型、勤怠だけを低コストで強化したいなら勤怠特化型が候補です。本記事の診断ツールで、まず自社のタイプを確認してみてください。

まとめ

派遣会社向け勤怠管理システムは、派遣元・派遣先・スタッフの三者が関わる複雑な勤怠を効率化し、36協定や派遣法へのコンプライアンス対応を支える重要な基盤です。

選定で最も大切なのは、機能の多さよりも「自社の事業特性に合っているか」です。本記事で紹介した4つのタイプ（基幹一体・総合型／派遣先連携・コンプラ重視型／勤怠特化・現場柔軟型／短期・スポット・汎用低コスト型）を参考に、自社の状況を整理してみてください。

まだ診断ツールを試していない方は、ぜひ「派遣会社向け勤怠管理システムの選び方」セクションの診断ツールから、自社に合うタイプを確認してみましょう。そのうえで、気になった2〜3社にデモや資料請求で「自社の現場の悩み」をそのまま相談してみることが、理想のシステムに出会う確実な第一歩になります。