出荷管理システムおすすめ16選比較。費用相場と課題別の選び方を解説

「受注データを見ながら、出荷指示書をExcelで作り直している…」

こんな悩みを抱えていませんか？

出荷件数が増えるほど、受注データの転記、在庫の引き当て、ピッキングリストの作成、送り状の発行と、人の手を介する工程が積み上がっていきます。その結果、誤出荷やダブル出荷が起き、在庫数も実際と合わなくなる。繁忙期には出荷が追いつかず、出荷リードタイムが伸びてクレームにつながる。こうした状態は、担当者の頑張りではもう解決できません。

そこで検討されるのが出荷管理システムです。ただし出荷管理システムと呼ばれる製品はEC向けの一元管理システムから倉庫管理システム、販売管理システム、ERPまで守備範囲がまったく異なり、「どれが自社に合うのか」が最もわかりにくいカテゴリでもあります。

本記事では、出荷管理システムを4つのタイプに分類したうえで16サービスを紹介します。あわせて、WMSや販売管理システムとの違い、各社の料金をもとにした費用相場、見積もりを取る前に揃えておくべき条件まで整理しているため、自社に合うタイプをこの記事だけで絞り込めます。

出荷管理システムとは？WMS・販売管理システムとの違い

出荷管理システムとは、「受注した内容にもとづいて、在庫の引き当てから出荷指示、ピッキング・検品、送り状の発行までを一元管理するシステム」です。Excelや紙の出荷指示書で回している工程をデータでつなぎ、転記と目視確認をなくすことを目的にしています。

出荷管理システムを検討すると、必ずWMS（倉庫管理システム）・販売管理システム・OMS（受注管理システム）という似た言葉に突き当たります。多くの企業がここで止まってしまうため、最初に役割の違いを整理しておきます。

システム	主に担当する範囲	得意なこと	向いている企業
出荷管理システム	受注データの取込〜出荷指示〜送り状発行	出荷工程の自動化と、出荷ミスの防止	出荷件数が増えて手作業が限界に来ている企業
WMS（倉庫管理システム）	入荷〜保管〜ピッキング〜出荷検品	倉庫内の在庫精度とロケーション管理	自社倉庫を持ち、庫内作業のミスを減らしたい企業
OMS（受注管理システム）	受注取込〜受注処理〜出荷指示	複数モール・カートの受注の一元化	複数チャネルでECを運営している企業
販売管理システム	見積〜受注〜出荷〜売上〜請求・入金	出荷の前後を含めた商流全体の管理	BtoB取引で請求・売掛管理まで一本化したい企業

実務では、これらの境界はメーカーごとに曖昧です。たとえばLOGILESSやコマースロボはOMSとWMSを1つにまとめた製品ですし、アラジンオフィスやキャムマックスは販売管理の中に出荷管理が含まれます。製品名のカテゴリではなく、「自社が困っている工程をカバーしているか」で見るのが失敗しない読み方です。

なお、倉庫や配送そのものの管理まで含めて検討している場合は、物流領域全体を扱うシステムも選択肢に入ります。自社の課題が出荷工程だけにとどまらない可能性がある方は、以下の記事もあわせて確認してください。

関連記事：物流管理システム18選比較。費用シミュレーションとタイプ別の選び方を解説

出荷管理システムでできること

出荷管理システムの機能は製品によって幅がありますが、共通して搭載されていることが多いのは次の6つです。

機能	説明
受注データの取込	モール・カート・基幹システム・CSVから受注データを自動取込。重複注文や住所不備の自動判定にも対応
在庫の引き当て	受注に対して在庫を自動で引き当て。欠品時のアラート、複数倉庫からの自動振り分けも可能
出荷指示・帳票出力	ピッキングリスト・納品書・出荷指示書を自動作成。出荷予定日や配送先単位での一括出力にも対応
ピッキング・検品	バーコードスキャンによる出荷検品。トータルピッキングや音声ピッキングに対応する製品もある
送り状発行	配送会社の送り状発行システムへデータを連携。送り状番号の取込・追跡番号の通知まで自動化
出荷実績の管理	出荷ステータスの更新、出荷完了メールの自動送信、出荷実績の集計・分析

このうち、どこまでを1つのシステムでまかなうかがタイプごとの最大の違いになります。

出荷管理システムで解決できること・できないこと

導入前に効果を過大に見積もると、稼働後に「思っていたのと違う」となりがちです。得意なことと苦手なことを先に整理しておきます。

解決できること

項目	説明
転記作業の削減	受注データから出荷指示・送り状までがデータで流れるため、Excelへの打ち直しがなくなる
出荷ミスの防止	バーコード検品により、誤出荷・数量違い・宛先違いを出荷前に止められる
在庫数のズレ解消	出荷実績がリアルタイムで在庫に反映され、帳簿在庫と実在庫の差が縮まる

解決できないこと

項目	説明
マスタ整備の手間	商品コード・取引先コード・ロケーションの整備は人の作業として残る。導入工数の大半はここに使われる
現場の作業導線	棚の配置や梱包資材の置き方といった庫内レイアウトの問題は、システムでは解消しない
出荷能力そのもの	作業者数を超える出荷はこなせない。件数が倉庫の処理能力を超えている場合は外部委託の検討が必要

つまり出荷管理システムは、「人が判断して転記していた工程」を置き換えるものであって、庫内の運用設計や出荷キャパシティの問題までは解決しません。出荷件数そのものが自社の処理能力を超えている場合は、システム導入ではなく外部委託のほうが早く効きます。

関連記事：発送代行サービス10選比較。3PL/フルフィルメントの違いから選び方まで解説

出荷管理システムの費用相場

出荷管理システムの費用は、提供形態と課金モデルによって10倍以上の差が出ます。まず提供形態で全体像を決めてから、金額の話に入ります。

クラウド型・オンプレミス型・パッケージ型の違い

提供形態	初期費用	費用の決まり方	導入までの期間	向いている企業
クラウド型	0円〜15万円程度	月額基本料金＋出荷件数の従量課金、またはユーザー課金	最短1か月程度	出荷件数の増減が読みにくい企業・情シスがいない企業
オンプレミス型	数百万円〜	ライセンス買い切り＋年間保守	半年〜1年程度	独自の出荷ルールが多く、社内にシステム担当がいる企業
パッケージ型（カスタマイズ前提）	数十万円〜数百万円	導入費用＋月額または保守費用	3〜6か月程度	既存の基幹システムと密に連携させたい中堅企業

現在の主流はクラウド型です。本記事で紹介する16サービスのうち、オンプレミス型を前提としているのはごく一部で、多くはクラウドで提供されています。

費用の内訳と相場

クラウド型の出荷管理システムでは、次の6項目で費用が構成されます。金額は本記事で紹介する各社の料金ページをもとにした目安です。

項目	相場	内容の詳細
初期費用	0円〜15万円程度	アカウント発行、初期設定、操作レクチャー。EC向けのクラウド型は無料のケースが多い
月額基本料金	3,000円〜7万円程度	システム利用の基本料金。一定件数までの利用料を含むプランが多い
出荷・受注の従量課金	1件あたり2円〜35円程度	無料枠を超えた分に発生。件数が増えるほど単価が下がる段階課金が一般的
ユーザー課金	1万円台〜/ライセンス	販売管理・ERP型に多い課金方式。1ライセンスに複数アカウントが紐づく製品もある
機能オプション	月5,000円〜2万円程度	倉庫管理（WMS）機能、ハンディ端末利用、送り状発行システム連携、生産管理など
導入支援・データ移行	2.5万円〜	在庫データ・残高データの移行、現場での導入支援。別途見積もりとなる製品も多い

注意したいのは、月額基本料金だけを比べると順位が逆転する点です。基本料金が安くても無料枠の件数が少なければ、出荷件数が伸びた段階で従量課金が効いてきます。比較するときは必ず自社の月間出荷件数を当てはめて総額で見てください。

出荷件数別の費用シミュレーション

無料枠と従量課金がどう効くかを、出荷件数別に試算します。

前提条件：クラウド型・月額基本料金20,000円（月間300件までの出荷料金を含む）・初期費用0円・超過分は301〜5,000件が25円/件、5,001〜10,000件が12円/件の段階課金。公開されているクラウド型の料金体系をモデルにした試算です。

月間出荷件数	月額費用	年間総額
300件	20,000円	240,000円
1,000件	37,500円	450,000円
5,000件	137,500円	1,650,000円
10,000件	197,500円	2,370,000円

月300件の段階では、費用の全額が基本料金です。ここでは金額より「無料枠に収まっているか」だけを見ればよく、機能の差で選んで問題ありません。

月1,000件を超えるあたりから従量課金が基本料金を上回りはじめ、月5,000件では年間150万円を超えます。この規模になると、基本料金が高くても単価の下がり方が急なプランのほうが総額で安くなる逆転が起きます。月10,000件以上を見込んでいる場合は、段階課金の刻みが自社の件数帯でどうなっているかまで確認してください。

見積もりを取る前に揃えておくべき5つの条件

出荷管理システムの見積もりは、ほぼ全社が個別対応です。前提条件を揃えずに相見積もりを取ると、各社がそれぞれ別の前提で金額を出してくるため、比較しても意味のない数字が並びます。次の5点を先に決めて、全社に同じ内容で依頼してください。

1. 月間出荷件数と繁忙期のピーク件数

平常月の件数だけを伝えると、繁忙期に従量課金が跳ね上がります。直近12か月の実績から平常月とピーク月の両方を出し、両方の条件で見積もりを依頼してください。3年後の想定件数も添えると、プランの乗り換え時期まで含めた回答が返ってきます。

2. SKU数と、ロット・賞味期限管理の要否

食品・化粧品・医薬部外品を扱う場合、ロット管理や賞味期限管理が標準機能かオプションかで金額が変わります。SKU数と管理単位（ロット単位か個体単位か）まで伝えてください。

3. 出荷元の拠点数と倉庫の運用形態

自社倉庫か3PLかによって必要な機能が変わり、拠点数はそのまま料金に効きます。倉庫を追加するとオプション料金が発生する製品が多いため、拠点数は将来の増設予定まで含めて伝えます。

4. 連携が必要な既存システムと配送会社

会計システム、基幹システム、モール・カート、送り状発行システムを製品名で列挙してください。「連携できます」と「追加費用なしで連携できます」はまったく別の回答です。標準連携か個別開発かを必ず確認します。

5. 利用アカウント数と現場端末の台数

ユーザー課金の製品では、アカウント数が総額を左右します。あわせてハンディターミナルを何台使うか、レンタルか購入かも伝えてください。端末費用が見積もりに含まれているかどうかは、後から差が出やすい項目です。

この5点を1枚のシートにまとめて各社へ渡せば、返ってきた見積もりをそのまま横並びで比較できます。

出荷管理システムを選ぶ際に確認すべき4つの比較ポイント

出荷管理システムは、どれも同じではありません。同じ「出荷管理」を名乗っていても、カバーする工程も現場での使い勝手も大きく異なります。比較する際は次の4点を確認してください。

1. 対応できる出荷業務の範囲
2. 倉庫現場での検品・ピッキングのしやすさ
3. 外部システム・配送会社との連携
4. 導入・定着のサポート体制

1. 対応できる出荷業務の範囲

最初に確認すべきは、「受注データの取込から請求までのうち、どこからどこまでを1つのシステムでまかなえるか」です。

出荷管理システムは、大きく分けて受注側に強い製品と、庫内作業側に強い製品、そして商流全体をカバーする製品に分かれます。受注取込に強い製品を入れても庫内のピッキングは紙のまま、ということは普通に起こりますし、逆に倉庫管理システムを入れても受注データの取込は手作業のまま残ります。

自社の出荷工程を「受注取込 → 在庫引き当て → 出荷指示 → ピッキング・検品 → 送り状発行 → 出荷実績・請求」と書き出し、そのうち何工程を人がやっているかを数えてください。人の手が残っている工程をカバーしていない製品は、どれだけ高機能でも効果が出ません。

2. 倉庫現場での検品・ピッキングのしやすさ

どれだけ管理画面が優れていても、現場で使われなければ出荷ミスは減りません。ここは機能表の◯×では判断できない項目です。

確認すべきなのは、検品に何の端末を使うかです。専用のハンディターミナルが必要な製品は現場での安定性が高い一方、端末費用とレンタル料が別途かかります。スマートフォンで検品できる製品は初期投資を抑えられますが、連続スキャンの速度や電池の持ちで専用機に劣る場合があります。検品方式（1件ずつの1:1検品か、まとめて取るトータルピッキングか）が自社の出荷形態に合っているかも見てください。

確認すべきポイントは次の3つです。

• 検品に専用ハンディが必要か、スマートフォンで代替できるか
• ロケーション管理・ロット管理が標準機能かオプションか
• 現場のパート・アルバイトが説明なしで操作できる画面か

3. 外部システム・配送会社との連携

出荷管理システムは単体では完結しません。上流にはモール・カートや基幹システムがあり、下流には送り状発行システムと会計システムがあります。

ここで差が出るのは、標準連携かカスタマイズ開発かです。標準連携であれば追加費用なしで即日つながりますが、カスタマイズ開発が必要な場合は数十万円から数百万円の初期費用と数か月の開発期間が乗ります。連携の可否だけを聞くと「できます」と返ってくるため、「標準機能ですか、個別開発ですか」「追加費用はいくらですか」まで必ず確認してください。

配送会社との連携も同様です。使っている配送会社の送り状発行システム（ヤマト運輸のB2クラウド、佐川急便のe飛伝、日本郵便のゆうパックプリントRなど）に対応しているかを製品名レベルで確認します。

4. 導入・定着のサポート体制

出荷管理システムは、導入して終わりではありません。マスタ整備、現場への操作説明、繁忙期の運用変更と、稼働後に必ず相談が発生します。

とくに見落とされがちなのが、サポートの受付時間です。出荷業務は土日祝も動いている企業が多く、平日日中しかサポートを受けられないと、土曜に出荷が止まったときに丸1日復旧できません。365日サポートを掲げる製品もあれば、平日9時〜18時の製品もあります。自社の出荷カレンダーと照らし合わせてください。

現場への導入支援が有償か無償か、訪問対応があるかも確認しておくと、稼働時のつまずきを減らせます。

出荷管理システムの選び方

出荷管理システムは、機能の多さではなく「自社の販路と、出荷作業を誰がどこで行っているか」で選ぶのが正解です。ここでは4つのタイプに分類し、特徴と向いている企業を紹介します。

• EC受注・出荷自動化型 ｜ モール・自社ECの受注取込から出荷指示までを自動化したい場合
• 倉庫・出荷現場特化型 ｜ 自社倉庫のピッキング・検品ミスと在庫のズレをなくしたい場合
• 販売管理一体型 ｜ BtoB取引で受注から出荷・請求までを一本化したい場合
• 基幹統合・ERP型 ｜ 製造・多拠点で会計や生産まで含めて統合したい場合

EC受注・出荷自動化型 ｜ モール・自社ECの受注取込から出荷指示までを自動化したい場合

複数のECモールと自社ECを運営していて、「受注データのダウンロードと加工に毎日時間を取られている」企業に向いているのがこのタイプです。

モール・カートのAPIから受注データを自動取得し、住所不備や同梱の判定、ギフト設定の振り分けといった受注処理をルール化して自動実行します。そのまま倉庫へ出荷指示を送り、送り状の発行と出荷完了メールの送信まで自動で流れるため、受注担当者が画面を見て判断する回数そのものが減ります。

課金は月額基本料金と出荷件数の従量課金の組み合わせが基本で、出荷件数が少ないうちは月数万円から始められます。倉庫を持たず3PLに委託している企業でも、倉庫側と同じ画面を共有できる点が効きます。

このタイプへの依頼に向いている企業は以下になります。

• 複数モール・カートを運営していて受注データの取込に時間がかかっている
• 出荷作業は3PL・委託倉庫に任せていて、倉庫とのやり取りを効率化したい
• 繁忙期と平常期で出荷件数の差が大きく、固定費を抑えたい

このタイプの出荷管理システムを見る⇩

倉庫・出荷現場特化型 ｜ 自社倉庫のピッキング・検品ミスと在庫のズレをなくしたい場合

自社倉庫で出荷作業を行っていて、「誤出荷が月に何件も出る」「棚卸をすると帳簿と実在庫が合わない」という企業に向いているのがこのタイプです。

入荷検品からロケーション管理、ピッキング、出荷検品、送り状発行までを倉庫の作業手順に沿って設計しており、バーコードスキャンを前提に現場の動きを作り変えます。ロット管理や賞味期限管理を標準で持つ製品が多く、食品・化粧品・医療機器のように出荷した個体を追跡する必要がある商材にも対応できます。

一方で、受注データの取込や請求処理は守備範囲外であることが多く、上流のシステムとの連携が前提になります。すでに受注管理の仕組みがあり、詰まっているのが庫内作業だけという場合に効果が出ます。

このタイプへの依頼に向いている企業は以下になります。

• 自社倉庫で自社スタッフが出荷作業を行っている
• 誤出荷・数量違いが定期的に発生していて、検品を仕組みで止めたい
• ロット・賞味期限単位での在庫管理とトレーサビリティが必要

このタイプの出荷管理システムを見る⇩

販売管理一体型 ｜ BtoB取引で受注から出荷・請求までを一本化したい場合

卸売や法人向け販売が中心で、「受注はメールとFAX、出荷指示はExcel、請求は別システム」と工程ごとに仕組みが分かれている企業に向いているのがこのタイプです。

見積・受注・出荷指示・納品書発行・売上計上・請求締め・入金消込までを1つのデータで管理するため、出荷した内容がそのまま請求に反映されます。分納や預り在庫、取引先ごとの専用帳票といったBtoB特有の処理に対応している点も、EC向けの製品との大きな違いです。

導入費用と月額費用はEC向けと比べて一段上がり、初期費用が数十万円から、月額も数万円から十数万円が中心です。その分、請求業務までまとめて効率化できるため、受注件数より取引先数と請求書の枚数が多い企業ほど投資対効果が出ます。

このタイプへの依頼に向いている企業は以下になります。

• 法人取引（卸・BtoB）が売上の中心で、取引先ごとの取引条件が細かい
• 出荷後の請求書発行・売掛管理まで同じシステムで回したい
• 受注の窓口がメール・FAX・電話に分散していて、Web受注に切り替えたい

このタイプの出荷管理システムを見る⇩

基幹統合・ERP型 ｜ 製造・多拠点で会計や生産まで含めて統合したい場合

製造業や多拠点展開している企業で、「販売・在庫・生産・会計がそれぞれ別システムで、月次の数字を合わせるのに時間がかかる」という場合に向いているのがこのタイプです。

出荷管理を販売管理の一機能として持ちつつ、購買・生産・原価・財務会計までを同じデータベースで管理します。出荷実績がそのまま原価と会計に反映されるため、拠点別・製品別の採算をリアルタイムで把握できます。

導入は半年から1年がかりになることが多く、要件定義と業務の標準化が前提です。社内にシステム担当がいるか、外部のパートナーと組める体制があるかが成否を分けます。出荷管理だけが課題なのであれば、このタイプは過剰投資になります。

このタイプへの依頼に向いている企業は以下になります。

• 販売・在庫・生産・会計がそれぞれ別システムで分断されている
• 複数拠点・複数倉庫があり、全社の在庫と数字を1つの基準で見たい
• 社内にシステム担当がいて、要件に合わせた作り込みができる

このタイプの出荷管理システムを見る⇩

基幹システムの刷新まで視野に入っている場合は、システムそのものの選定より前に、要件定義を支援してくれる相談先を探したほうが早く進むケースもあります。

関連記事：ERPコンサル会社おすすめ12選比較。タイプ別の選び方と費用相場を徹底比較

出荷管理システムおすすめ16選一覧比較表

以下は、本記事で紹介する出荷管理システムの一覧比較表です。

本記事へご掲載をご希望の出荷管理システムは以下からお問い合わせくださいませ。
→掲載のお問い合わせはこちら：https://cone-c-slide.com/liblog/lp/

上記で自社に合うタイプの会社・サービスを絞り込みたい方は、以下の診断ツールで自社に合うタイプを確認してみてください。

【EC受注・出荷自動化型】の出荷管理システム

EC受注・出荷自動化型は、モール・自社ECの受注取込から出荷指示までを自動化したい企業向けのタイプです。ここでは4サービスを紹介します。

LOGILESS（株式会社ロジレス）

OMSとWMSを1つにまとめ、受注から出荷までを自動で流し切るEC自動出荷システムです。受注管理システムと倉庫管理システムを別々に契約する必要がなく、料金ページにも「WMS追加契約不要」と明記されています。

モールAPIからの受注取込に加え、RPA機能で受注処理を自動化し、自動出荷率90%以上、年間4,000万件以上の出荷をサポートしていると公表しています。フリーロケーション管理・出荷期限日管理・ロット管理に標準対応し、バーコード検品も標準機能です。

オプションの「LOGILESS Plus［WMS］」では、デバイスで最適ルートを案内するスマートピッキングや、音声指示による種まきピッキング、検品作業のクラウド録画、作業者別の生産性サマリーまで利用できます。

対応できる出荷業務の範囲	受注自動取込〜受注処理の自動化〜在庫同期〜出荷指示〜送り状発行〜出荷通知メール送信まで
倉庫現場での検品・ピッキングのしやすさ	WMS標準搭載。バーコード・二次元コード検品、フリーロケーション、ロット管理に対応
外部システム・配送会社との連携	楽天・Amazon・Yahoo!・Qoo10・TikTok Shop・Shopify・ecforce等。ヤマト運輸・佐川急便・日本郵便・西濃運輸。モール／カート連携の追加費用なし
導入・定着のサポート体制	専門コンサルタントが導入後も支援。チャットサポート、スタンダードプラン以上は電話サポート付き
料金	ライトプラン 月額20,000円（初期0円・月300件まで込み） スタンダードプラン 月額25,000円（月500件まで込み） 超過分は25円/件〜の段階課金

ネクストエンジン（NE株式会社）

受注200件までなら月額3,000円から始められるEC一元管理システムです。初期費用は0円で、受注件数に応じた段階課金のため、出荷件数が少ない立ち上げ期から導入できます。

受注・在庫・商品登録をモール横断で一元管理し、受注データの取込から出荷指示、在庫の自動連携までを自動化します。アプリを追加して機能を拡張する設計になっており、必要な機能だけを選んで使える点が特徴です。

課金は201〜400件で35円/件、1,001〜3,000件で25円/件、10,001件以上で5円/件と、件数が増えるほど単価が下がります。30日間の無料トライアルが用意されているため、自社の受注データで動きを確認してから判断できます。

対応できる出荷業務の範囲	受注取込〜受注処理〜在庫連携〜出荷指示〜出荷実績の管理まで
倉庫現場での検品・ピッキングのしやすさ	庫内作業はアプリおよび外部WMSとの連携で対応。ロジクラ・ロジザードZERO・クラウドトーマスProなどと連携実績あり
外部システム・配送会社との連携	主要モール・カートに対応。アプリによる機能拡張、外部WMS・基幹システムとのAPI連携に対応
導入・定着のサポート体制	30日間の無料トライアルあり。契約1年経過後は年間保守費用15,000円が毎年発生
料金	初期費用0円、月額3,000円（受注200件まで）＋従量課金 201〜400件35円/件、1,001〜3,000件25円/件、10,001件〜5円/件

コマースロボ（株式会社コマースロボティクス）

特許取得のRPAで受注処理を自社ルール化できるOMS・WMS一体型システムで、受注処理を最大95%削減、2,000社以上が導入しています。

受注処理ロボットを自社の判断基準に合わせて作成できるため、目視確認と手入力が必要だった例外処理をルールとして登録できます。作成したロボットが受注データを処理し、内蔵WMSへ自動で出荷指示を送る流れです。

庫内機能も厚く、送り状の問番バーコードをトリガーにした音声ピッキング、納品書を同梱しない場合のトータルピック検品、スーパーのレジのようにスキャンして読み上げるレジ検品を用意しています。倉庫を持たない場合は全国200社の3PL倉庫から無料で紹介を受けられます。

対応できる出荷業務の範囲	受注取込〜RPAによる受注処理〜内蔵WMSへの自動出荷指示〜検品〜送り状発行〜出荷ステータス更新まで
倉庫現場での検品・ピッキングのしやすさ	音声ピッキング・トータルピック検品・レジ検品・1:1検品。ハンディでの棚卸・棚入れ・在庫移動、ロット管理・賞味期限管理に対応
外部システム・配送会社との連携	Shopify・楽天・Amazon・TikTok Shop・Yahoo!・ecforce等20以上のモール・カートとAPI連携。佐川急便・ヤマト運輸・日本郵便・EMS
導入・定着のサポート体制	導入サポート受付は平日9:00〜18:00。24時間365日のAIヘルプデスクあり。有料の導入支援サービスも提供
料金	自動出荷プラン 初期費用無料・月額10,000円＋従量課金 SCMプラン 初期費用無料・月額30,000円＋従量課金。従量は501〜5,000件20円/件〜

logiec（株式会社はぴロジ）

EC事業者と物流事業者の双方から使えるクラウド型の流通統合システムです。カート・モール・受注管理システム・基幹システムからデータを取り込み、条件に応じて加工してから倉庫へ出荷指示を出せます。

自社WMS機能を持ち、入荷・出荷・在庫管理に対応しています。フリーロケーション管理のほか、入荷日・ロット・消費期限・ロケーション・在庫区分（良品／不良品）ごとの在庫管理が可能で、複数倉庫への出荷自動配分にも対応します。

連携実績は110を超え、API・CSV・FTPでの接続に加えて基幹システムやExcelとの連携も可能です。導入期間は平均1か月〜1.5か月と公表されています。

対応できる出荷業務の範囲	受注データ取込〜在庫同時更新〜データ変換〜倉庫への出荷指示〜倉庫管理〜帳票発行まで
倉庫現場での検品・ピッキングのしやすさ	スマホハンディ機能でiOS・Androidを利用可能 Bluetooth・有線リーダー接続可。フリーロケーション、ロット・消費期限管理に対応
外部システム・配送会社との連携	Amazon・楽天・Yahoo!・Shopify・ecforce・futureshop・MakeShop等。佐川急便・ヤマト運輸・日本郵便。API／CSV／FTP連携
導入・定着のサポート体制	電話サポート受付は平日9:30〜18:30 マニュアルと専用問い合わせフォームを提供 導入は平均1〜1.5か月
料金	基本料金15,000円（受注500件まで）＋従量課金 501〜5,000件20円/件、5,001〜10,000件11円/件、10,001〜50,000件6円/件

【倉庫・出荷現場特化型】の出荷管理システム

倉庫・出荷現場特化型は、自社倉庫のピッキング・検品ミスと在庫のズレをなくしたい企業向けのタイプです。ここでは4サービスを紹介します。

ロジクラ（株式会社ロジクラ）

高額なバーコードリーダーを買わずに、スマートフォンアプリで入荷検品からピッキングまで運用できるクラウド在庫・出荷管理システムです。初期費用は0円で、36,000社以上の導入実績があります。

入荷・入庫管理、有効期限管理、ピッキングリスト生成、送り状・納品書発行、出荷・出庫管理、棚卸までを1つのアプリで回せます。EC・店舗・卸の在庫を一元管理できるため、販路が複数ある企業でも在庫を1か所で見られます。

Premiumプラン以上ではロット・ロケーション管理と拠点間入出荷に対応します。14日間すべての機能を試せる無料期間があり、現場のパートスタッフが使えるかを事前に検証できます。

対応できる出荷業務の範囲	入荷検品〜在庫管理〜ピッキングリスト生成〜出荷・出庫管理〜送り状・納品書発行〜棚卸まで
倉庫現場での検品・ピッキングのしやすさ	スマートフォンアプリで検品可能。専用ハンディ不要。ロット・ロケーション管理はPremiumプラン以上
外部システム・配送会社との連携	Shopify、スマレジ、ネクストエンジンと連携。送り状・納品書の発行に対応
導入・定着のサポート体制	導入準備・初期設定支援、オンボーディングトレーニング。Liteはチャットサポート、Premium以上はオンライン面談サポート
料金	Lite 月額12,800円（年契約・月300件まで・1拠点） Premium 月額40,000円（年契約・月2,000件まで・2拠点） Enterprise 要問い合わせ 初期費用0円

ロジザードZERO（ロジザード株式会社）

土日祝を含む365日のサポート体制を持つクラウド型の倉庫管理システムで、1,900拠点の導入実績と、クラウドWMSでのトップシェアを公表しています。

入荷検品から保管、ピッキング・仕分、出荷処理、送り状生成までを一気通貫で管理します。ロケーション管理、有効期限・品質区分（A品／B品／不良品）、先入先出、ロット／シリアル番号単位の管理、セット品・バラ管理に対応し、1日数件から10,000件以上まで対応範囲が広いのが特徴です。

すべての業務をハンディターミナルで行う設計で、ハンディは95%以上の顧客がレンタルを利用し、故障時は無料交換されます。導入は最短1か月、約7割のユーザーがノンカスタマイズで稼働しています。

対応できる出荷業務の範囲	入荷検品〜在庫管理（保管・棚卸）〜ピッキング・仕分〜出荷処理〜送り状生成まで
倉庫現場での検品・ピッキングのしやすさ	全業務をハンディターミナルで実施。トータルピッキング、フロア別ピッキング、ペーパーレスピッキングに対応。ロケーション管理は標準
外部システム・配送会社との連携	Shopify・ecforce・futureshop・EC-CUBE・MakeShop、ネクストエンジン・クロスモール・BOSS、商蔵奉行クラウド等。佐川急便とAPI連携、Ship&coと標準連携
導入・定着のサポート体制	365日（電話・メール）対応 受付は平日9:00〜19:00、土日祝10:00〜19:00 営業段階から現場訪問、導入は最短1か月
料金	要問い合わせ

クラウドトーマスPro（株式会社関通）

現役の物流会社が自社倉庫で使い込んでいるWMSをそのまま提供しているクラウド型の倉庫管理システムです。入庫・出荷・保管という庫内物流に対応し、BtoC・BtoBの双方をカバーします。

入荷予定データを事前に登録しておき、商品をスキャンして入荷処理、出荷は引当確定時に在庫を引き落とし、ピッキングリストと納品書のバーコードをスキャンしてから送り状をスキャンする流れです。ロット指定出庫や複数倉庫運用にも対応しています。

業界特化パッケージとして、賞味期限別在庫管理を備えた「For フード」、ロット別在庫管理とGS1-128に対応した「For メディカル」、トータルピッキングアソートシステムと連携する「For アパレル」を提供しています。物流ロボットや自動倉庫との連携実績もあります。

対応できる出荷業務の範囲	入荷処理〜在庫管理・棚卸〜出荷引当〜ピッキング〜出荷〜送り状スキャンまで
倉庫現場での検品・ピッキングのしやすさ	バーコードスキャンによる入荷検品・出荷検品が基本フロー Android 5.0.2以上のタブレットに対応（Windows OSは非対応） ゲートアソートシステム・自動倉庫との連携あり
外部システム・配送会社との連携	ネクストエンジンとAPI連携 独自APIを公開し、入荷指示・出荷指示・在庫指示データの取込に対応 各種基幹システム・受注管理システムと接続可
導入・定着のサポート体制	物流のプロによるプラン提案。導入支援サービスを全国対応で提供し、現場での導入支援を実施
料金	要問い合わせ

伝助（株式会社ソフト・ネット）

送り状・納品書・作業指示書を一体型伝票で一度に印刷できる出荷管理システムです。伝票をセット組みする「カルタ取り」の工程がなくなるため、組み合わせ間違いによる誤出荷を構造的に防げます。

既存の検品システムと連動し、検品完了と同時に送り状を自動で印刷する運用が可能です。届け先と個数を意識せずに荷札を発行できるケースエフ出荷、出荷日が未定でも先日付の荷札を先行印刷できる機能、個数が未確定の段階での送り状発行にも対応しています。

1台で複数の運送会社を使い分けられ、倉庫やフロアが離れていても親機1台でマスター更新と運送会社へのデータ送信を一括操作できます。標準機能での導入であれば開発作業は2〜3日程度と公表されています。

対応できる出荷業務の範囲	出荷指示データの取込〜送り状・納品書・作業指示書の一体型印刷〜運送会社へのデータ送信まで
倉庫現場での検品・ピッキングのしやすさ	検品機能は自社では持たず、既存の検品システムと連動して検品完了と同時に送り状を印刷。ケースエフ出荷で総数チェックに対応
外部システム・配送会社との連携	既存の受注管理システム等とカスタマイズ前提で連携。1台で複数の運送会社に対応し、運送会社へのデータ送信・マスター更新に対応
導入・定着のサポート体制	電話・メールで随時受付、遠隔操作での対応あり 受付は平日9:00〜19:00、土曜9:00〜17:00。標準機能での導入は2〜3日程度
料金	要問い合わせ

【販売管理一体型】の出荷管理システム

販売管理一体型は、BtoB取引で受注から出荷・請求までを一本化したい企業向けのタイプです。ここでは4サービスを紹介します。

楽楽販売（株式会社ラクス）

プログラミングなしで自社の販売・出荷フローに合わせて画面を組み立てられるクラウド型の販売管理システムです。既製のパッケージに業務を合わせるのではなく、自社の運用に合わせてデータベースを設計できる点が特徴です。

受注から出荷指示、売上、請求までの一連の流れを1つのシステムで管理し、承認フローや自動メール送信といったルーチン処理を自動化できます。取引条件が取引先ごとに異なるBtoB取引でも、項目を追加して対応できます。

月額費用は利用ユーザー数とデータベース作成数に応じて変動するため、必要な範囲から段階的に広げていく使い方が可能です。

対応できる出荷業務の範囲	受注管理〜出荷指示〜売上計上〜請求まで。自社の業務フローに合わせて画面・項目を設計可能
倉庫現場での検品・ピッキングのしやすさ	ハンディでの検品は標準機能として掲載なし。庫内作業は外部システムとの連携で対応
外部システム・配送会社との連携	CSV・API等による外部システム連携に対応。配送会社との直接連携は要確認
導入・定着のサポート体制	導入時の設定支援あり。データベース設計を含めた運用構築を支援
料金	初期費用150,000円 月額70,000円〜（利用ユーザー数・データベース作成数に応じて変動）

TS-BASE 受発注（竹田印刷株式会社）

Web注文サイトと倉庫システムがセットになったBtoB向けの受発注システムです。取引先が自分で注文サイトから発注する仕組みを作れるため、メール・FAX・電話で受けていた受注業務そのものを削減できます。

管理システム＋注文サイト＋倉庫システムの「受注＋出荷プラン」、注文サイトまでの「受注プラン」、倉庫システムまでの「出荷プラン」の3構成から選べます。出荷帳票の自動作成、配送会社・都道府県別リードタイムを加味したお届け希望日設定、複数配送先への一括出荷指示に対応しています。

送り状発行システムとの連携先は6社までとなっている点もわかりやすいです。自社倉庫を保有しており、在庫・出荷のアウトソーシングにも対応しています。

対応できる出荷業務の範囲	Web注文サイトでの自動受注〜承認〜在庫数自動算出〜出荷帳票の自動作成〜送り状番号取込〜出荷完了メール送信まで
倉庫現場での検品・ピッキングのしやすさ	ハンディ・バーコード検品の記載なし。在庫は入荷時在庫と出荷実績から自動算出。使用期限別・製造ロット別・部署別の在庫管理に対応
外部システム・配送会社との連携	送り状発行システム6社（佐川急便 e飛伝Ⅲ／ヤマト運輸 B2クラウド／日本郵便 ゆうパックプリントR／西濃運輸 カンガルー・マジック／名鉄運輸 Webこぐまくん／福山通運 iSTAR-X）。基幹システムとのEDI連携はオプション
導入・定着のサポート体制	専任担当者が商談から稼働後まで伴走。無料トライアル最大2か月。導入期間は契約から3〜6か月が目安
料金	要問い合わせ

アラジンオフィス（株式会社アイル）

販売管理・在庫管理・生産管理をコンパクトにまとめた業種特化型のパッケージシステムです。受注から出荷、売上、請求締め、入金消込までを一気通貫でカバーします。

出荷まわりでは、出荷指示入力・一括出荷指示処理・出荷入力・一括出荷処理に加え、受注データからの引き当て、分納処理、ピッキングリスト発行に対応しています。預売上・預り在庫や粗利率アラートといったBtoB取引特有の処理も標準機能です。

ハンディターミナルやスマートフォンによる入出荷検品、棚卸管理、入出庫管理に対応し、RFIDの活用にも対応しています。会計システム、WMS、EDI、POSなど連携先のカテゴリが広く、既存システムを残したまま導入しやすい構成です。

対応できる出荷業務の範囲	受注入力〜引き当て〜出荷指示・一括出荷処理〜ピッキングリスト発行〜分納処理〜売上計上〜請求締切・入金消込まで
倉庫現場での検品・ピッキングのしやすさ	ハンディターミナル／スマートフォンで入出荷検品・棚卸・入出庫管理に対応。ロット別在庫・トレーサビリティ、RFID活用にも対応
外部システム・配送会社との連携	会計（勘定奉行・マネーフォワード等）、WMS（ロジザードZERO・クラウドトーマスPro等）、EDI、RFID、帳票、POS、EC。送り状は帳票ツール連携またはWMS側で対応
導入・定着のサポート体制	営業・SE・運用・ネットワーク各部門で専用チームを編成し、原則担当者の変更なし。サポートセンターは電話・リモートで原則当日中に一次対応
料金	要問い合わせ

SMILE V 2 販売（株式会社大塚商会）

受注時に指定した出荷予定日をもとにピッキングリストを抽出できる販売管理システムです。受注分だけでなく倉庫移動分も同時に抽出できるため、拠点をまたぐ出荷が多い企業でも作業をまとめられます。

在庫は倉庫別に自動計算して表示し、引き当ては受注時と後からの一括手動の双方に対応します。倉庫別現在庫・引当済数量・引当可能数量を自動計算し、納期順の優先順位も設定できます。棚卸は循環棚卸に対応しており、棚ごと・商品群ごとに順次実施できます。

ハンディターミナル連携テンプレートにより、バーコードスキャンでの入出荷検品業務と、棚卸・売上・仕入データの連携が可能です。会計システム「SMILE 会計」と連携すれば、売上・仕入・入金・支払を伝票処理1回で完結できます。

対応できる出荷業務の範囲	受注〜在庫引当〜ピッキングリスト抽出〜出荷計上（売上データ自動生成）〜請求・入金消込まで。請求書・納品書のPDF一括配信に対応
倉庫現場での検品・ピッキングのしやすさ	ハンディターミナル連携テンプレートでバーコードによる入出荷検品に対応。 循環棚卸、実地棚卸数量のテキスト取込が可能。ロット管理はオプション
外部システム・配送会社との連携	SMILE 会計、eValue V、EDI／受発注（I-Linkage・MOS）、RPA（Autoジョブ名人）、WMS、freee会計、POSレジ、帳票配信（@Tovas・楽楽明細）
導入・定着のサポート体制	総合支援サービス「たよれーる」。電話・FAX・メール・Webに加え訪問サポート。保守期間中の自動アップグレード、データ復旧・バックアップサービス
料金	要問い合わせ

【基幹統合・ERP型】の出荷管理システム

基幹統合・ERP型は、製造・多拠点で会計や生産まで含めて統合したい企業向けのタイプです。ここでは4サービスを紹介します。

キャムマックス（株式会社キャム）

受注から財務会計までを1つのシステムで管理できる中小企業向けクラウドERPです。販売・在庫・生産・会計が別システムに分かれている状態を、月額料金の範囲で統合できます。

在庫はチャネル別・状態別・倉庫別でリアルタイムに一元管理し、受注から出荷、売上、請求、入金、財務会計までデータがつながります。見積書・請求書・納品書のメール送付は「販売管理メール送信」オプションで対応します。

庫内作業は「WMSモバイル」オプションで、スマートフォン・タブレットにBluetoothバーコードスキャナやリングスキャナを組み合わせて運用します。ピッキングリストのチェックと検品を同時に行える設計で、専用ハンディを買わずに始められます。

対応できる出荷業務の範囲	受注〜出荷〜売上〜請求〜入金〜財務会計まで一気通貫。ヤマト運輸B2クラウド連携により送り状発行にも対応
倉庫現場での検品・ピッキングのしやすさ	WMSモバイル（オプション）でスマホ・タブレット＋バーコードスキャナに対応。出荷検品・入荷検品・在庫照会・移動出庫／入庫・棚卸が可能
外部システム・配送会社との連携	MakeShop・Shopify・BASE・futureshop・ecforce等11のECプラットフォーム、Web-EDI、外部WMS（CSV連携）、POS（スマレジ）、ヤマト運輸B2クラウド
導入・定着のサポート体制	導入前は専任担当がデモ・トライアル環境を支援。導入後はメール・オンライン会議・会員制コミュニティサイトでカスタマーサクセスが対応
料金	初期費用100,000円、月額基本料70,000円＋ライセンス利用料20,000円/ライセンス WMSモバイルは初期30,000円＋月額20,000円

商蔵奉行クラウド（株式会社オービックビジネスコンサルタント）

棚番指定でロケーション別在庫をリアルタイムに参照できる販売・在庫管理システムです。奉行シリーズの会計製品と連携する前提で設計されており、出荷から会計までを同じ運用ルールでそろえられます。

見積から受注、出荷指示、納品書発行、売上計上、請求締め・請求書発行、回収予定・入金消込までをカバーします。売上計上と複数仕入先への仕入計上を同時に行う直送処理にも対応しており、在庫を持たない取引が混ざる企業でも扱えます。

ハンディ検品は本体機能ではなく、奉行APIコネクトサービスの「入出荷検品NAVI」などを通じて実現します。なお、ロット管理は「商蔵奉行V ERPクラウド」、引当処理は「商蔵奉行V ERPクラウド＋入出荷管理オプション」が必要と明記されているため、必要な機能がどのエディションに含まれるかは事前の確認が必要です。

対応できる出荷業務の範囲	見積〜受注〜出荷指示〜納品書発行〜売上計上〜請求締め・請求書発行〜回収予定・入金消込まで。送り状（オリジナル）の出力にも対応
倉庫現場での検品・ピッキングのしやすさ	ロケーション管理（棚番指定）・棚卸処理・預かり在庫を本体機能で提供。ハンディ検品は「入出荷検品NAVI」等の連携サービスで対応。ロット管理・引当処理は上位エディションが必要
外部システム・配送会社との連携	奉行クラウド間連携（債権・債務・勘定奉行）、kintone、Microsoft 365、奉行APIコネクト経由でEC・WMS（ロジザードZERO等）・EDI・POSと接続
導入・定着のサポート体制	有償の「ユースウェアサービス」で運用設計から安定稼働まで支援。データ移行支援、導入指導（有償）。法改正対応のアップデート費用は利用料に含まれる
料金	商蔵奉行ｉクラウド Eシステム 年額156,000円〜（初期費用0円） Jシステム 年額216,000円〜（初期50,000円） Aシステム 年額330,000円〜（初期50,000円）

Dynamics 365 Business Central（日本マイクロソフト株式会社）

ユーザー単位の月額課金でERPを小さく始められるクラウド型の業務管理システムです。倉庫管理と在庫の機能はEssentials・Premiumの両プランに含まれており、下位プランからでも出荷管理に必要な範囲をカバーできます。

販売・購買・在庫・倉庫・財務を1つのシステムで管理し、出荷実績がそのまま会計に反映されます。Premiumプランでは製造とサービス注文の管理が追加されるため、製造業でも生産までを同じ基盤に乗せられます。

Microsoft 365との親和性が高く、ExcelやOutlookからそのままデータを扱える点が、既存の業務からの移行負担を下げます。ユーザー数が増えるほど費用が積み上がるため、利用者の範囲を先に決めておくことが重要です。

対応できる出荷業務の範囲	販売・購買・在庫・倉庫管理・財務を統合。受注〜在庫引当〜出荷〜請求〜会計までを1つのデータで管理
倉庫現場での検品・ピッキングのしやすさ	倉庫管理機能をEssentials・Premiumの両プランに搭載。ハンディ端末の利用はパートナー製ソリューションとの組み合わせで対応
外部システム・配送会社との連携	Microsoft 365、Power Platformとの連携。各種アドオン・パートナーソリューションによる拡張に対応
導入・定着のサポート体制	導入はマイクロソフトのパートナー企業が担当。要件定義から稼働後の運用まで、パートナーごとの支援メニューを利用
料金	Essentials 11,994円／ユーザー／月、Premium 16,491円／ユーザー／月（年払い）

NetSuite（日本オラクル株式会社）

グローバル展開・多通貨に対応したクラウドERPです。受注から在庫引き当て、フルフィルメント、請求・入金、財務会計までを単一システムで完結させます。

マルチチャネル受注管理では、グローバルな在庫状況と事前に定義したビジネスルールにもとづいて最適な注文処理方法を決定します。複数拠点の在庫をリアルタイムに可視化し、拠点間移動、ロット／シリアル番号のトレース、有効期限順の出荷ルールにも対応します。

倉庫現場については、NetSuite WMSモジュールでモバイルデバイスによる入庫・保管・ピッキング・梱包を実行できます。ウェーブ・リリースやインテリジェント・ピック＆パック戦略、取引を止めずに実施できる循環棚卸「NetSuite Smart Count」など、本記事で紹介するERP型のなかでは庫内機能の記載が最も厚い製品です。

対応できる出荷業務の範囲	受注〜在庫引当・出荷ルール〜フルフィルメント（ピッキング・パッキング・出荷）〜請求・入金〜財務会計まで。返品管理にも対応
倉庫現場での検品・ピッキングのしやすさ	NetSuite WMSでモバイルデバイスによる入庫・保管・ピッキング・梱包に対応。ビン／ロケーション管理、ロット・シリアル番号トレース、循環棚卸
外部システム・配送会社との連携	NetSuite Connector（Shopify、Shopify POS、ShipStation、第三者運送業者等）、SuiteCommerce、SuiteCloud Connect（Salesforce、SAP等）
導入・定着のサポート体制	業種別ベストプラクティスを組み込んだ導入方法論「SuiteSuccess」、SuiteTraining、Advanced Customer Support、パートナープログラム
料金	要問い合わせ（モジュールごとにライセンス料が異なる）

出荷管理システムのよくある質問

Q1. 出荷管理システムとWMSは、どちらを導入すべきですか?

A. 詰まっている工程で判断してください。受注データの取込や出荷指示の作成に時間がかかっているなら出荷管理システム（EC受注・出荷自動化型）、庫内のピッキング・検品でミスが出ているならWMS（倉庫・出荷現場特化型）が先です。両方が課題であれば、OMSとWMSが一体になっている製品を選ぶと契約も運用も1本にまとめられます。

Q2. 導入までにどのくらいの期間がかかりますか?

A. クラウド型のEC向け製品であれば1か月〜1.5か月、倉庫管理システムは最短1か月程度が目安です。販売管理・ERP型は3〜6か月、要件定義を伴う場合は半年以上かかることもあります。期間の大半はマスタ整備に使われるため、商品コードと取引先コードの整理を先に始めておくと短縮できます。

Q3. 既存の基幹システムと連携できますか?

A. 多くの製品がCSV・API・FTPでの連携に対応しています。ただし標準連携か個別開発かで費用と期間が大きく変わります。「連携できますか」ではなく「標準機能ですか、個別開発ですか」「追加費用はいくらですか」と聞いてください。

Q4. 出荷件数が少なくても導入する意味はありますか?

A. あります。月数百件規模であれば月額数千円から始められる製品があり、この段階では費用の大半が基本料金です。むしろ件数が少ないうちにマスタと運用ルールを整えておくほうが、件数が伸びてから移行するより負担が軽くなります。

Q5. 在庫管理システムとは何が違いますか?

A. 在庫管理システムは在庫数量の把握と発注点管理が中心で、出荷管理システムは出荷指示と出荷作業の実行が中心です。実際には機能が重なる製品も多く、ロジクラのように在庫管理と出荷管理を1つでまかなえる製品もあります。在庫の可視化そのものが主目的であれば、在庫管理システムから検討したほうが選択肢が広がります。

関連記事：在庫管理システムおすすめ12選比較。3タイプ別の選び方と費用相場を解説

まとめ

出荷管理システムは、「EC受注・出荷自動化型・倉庫・出荷現場特化型・販売管理一体型・基幹統合・ERP型の4タイプ」に分かれており、自社の販路と出荷作業の場所によって最適な選択が変わります。

複数モールの受注処理が詰まっているなら「EC受注・出荷自動化型」、自社倉庫の誤出荷と在庫のズレが課題なら「倉庫・出荷現場特化型」、BtoB取引で請求まで一本化したいなら「販売管理一体型」、会計や生産まで統合したいなら「基幹統合・ERP型」が第一候補です。

費用は月額3,000円台から始められる製品もあれば、初期費用だけで数十万円かかる製品もあります。比較する際は月額基本料金ではなく、自社の月間出荷件数を当てはめた年間総額で見てください。

まずは、自社に合ったタイプを把握することが重要です。まだ診断ツールを試していない方は、ぜひ「出荷管理システム16選一覧比較表」の下にある診断ツールから確認してみてください。

なお、出荷件数そのものが自社の処理能力を超えている場合は、システム導入よりも出荷業務ごと外部に委託したほうが早く解決します。EC運営全体の体制を見直す段階にある方は、以下の記事もあわせて参考にしてください。

関連記事：EC運営代行おすすめ23選比較。費用相場と月商別の選び方