物流代行サービス16選比較。費用相場とタイプ別の選び方を解説

「倉庫がいっぱいで、これ以上在庫を持てない」
「繁忙期だけ人が足りず、出荷ミスとクレームが増えている」
「在庫数がシステムと合わず、担当者しか状況を把握できていない」

出荷量が増えてきた企業ほど、こうした物流の問題は同時に発生します。倉庫を借り増し、人を採用し、システムを入れ替える。そのすべてを自社で抱えたまま解決しようとすると、コア業務に割ける時間はどんどん減っていきます。

物流代行サービスを利用すれば、入庫・保管・在庫管理・ピッキング・梱包・出荷・返品処理といった物流業務全体を専門会社に委託できます。倉庫や設備への初期投資が不要になるうえ、多くのサービスが従量課金に対応しているため、出荷量の増減に合わせて物流コストを変動費化できる点も大きなメリットです。

ただし、物流代行会社は対応できる業務範囲・商材・システム連携の仕様が会社ごとに大きく異なります。「安いから」という理由だけで選ぶと、自社の商材を保管できない、モール連携ができず結局手作業が残る、といった事態になりかねません。

本記事では以下の内容を解説したうえで、おすすめの物流代行サービス16選をタイプ別に紹介します。

• 物流代行・発送代行・配送代行の違いと、委託できる業務の範囲
• 費用項目の内訳と、月間出荷件数別の総額シミュレーション
• 自社の状況に合う依頼先を選ぶための4つの比較ポイント

物流代行サービスとは？

物流代行とは、荷主企業に代わって、商品の入庫・保管・在庫管理・ピッキング・梱包・出荷・返品処理までの物流業務を専門会社が一括して請け負うサービスです。倉庫そのものと、そこで働く人員・設備・システムをまとめて借りるイメージに近く、一般に3PL（サードパーティー・ロジスティクス）とも呼ばれます。

自社で物流を運営する場合、倉庫の賃料・保管設備・梱包資材・人員の採用と教育・倉庫管理システム（WMS）の導入といった固定費が継続的に発生します。物流代行を利用すると、これらを代行会社のインフラに乗せられるため、固定費を出荷量に応じた変動費へ置き換えられます。

物流代行の対象はEC事業者に限りません。店舗やディーラーへの企業間納品（BtoB出荷）、販促物やDMの発送、修理品の回収といった業務も委託できるため、通販事業を持たないメーカーや卸売業でも利用されています。

物流代行・発送代行・配送代行の違い

物流のアウトソーシングには似た呼び名が複数あり、カバーする範囲が異なります。見積もりを取る前に、自社がどこまで任せたいのかを言語化しておくと、比較がぶれません。

	配送代行	発送代行	物流代行（3PL）
主な役割	荷物を届ける輸送工程を担う	受け取った商品を梱包し出荷する	入庫から配送まで物流業務全体を担う
対応範囲	集荷・幹線輸送・配達	ピッキング・梱包・出荷	入庫・保管・在庫管理・出荷・返品処理
在庫の保管	行わない	行う場合が多い	行う（倉庫運営そのものを受託）
システム	配送管理が中心	出荷指示データの受け取り	WMSによる在庫管理・基幹システム連携
向いている企業	出荷作業は自社で行える企業	EC出荷の作業負担だけを減らしたい企業	倉庫・在庫管理ごと外部に移したい企業

3つのなかで最も範囲が広いのが物流代行です。「出荷作業だけを外に出したいのか」「倉庫と在庫管理ごと移したいのか」で検討先が変わります。EC出荷の梱包・発送だけを小ロットから委託したい場合は、発送代行の枠組みで探すほうが費用も手続きも軽く済みます。

EC出荷に絞った委託先を検討している場合は、以下の記事で発送代行サービスを比較しています。

関連記事：発送代行サービス10選比較。3PL/フルフィルメントの違いから選び方まで解説

物流代行サービスに依頼できる業務

物流代行に委託できる業務は、倉庫内の作業だけにとどまりません。代行会社によっては受注処理やカスタマーサポートまでカバーします。

業務	内容
入荷・検品	納品された商品の数量確認と、破損・不良の有無をチェック
入庫・棚入れ	検品済み商品をWMSに登録し、ロケーションへ格納
在庫管理	入出庫にともなう在庫数の管理。ロット・賞味期限・シリアル管理も対応
ピッキング	出荷指示にもとづく商品の取り出し。シングル／トータルピッキングを使い分け
流通加工	ラベル貼り・セット組み・タグ付け・ギフトラッピング・同梱物の封入
梱包・出荷	商品サイズに応じた資材選定と梱包、送り状発行、配送会社への引き渡し
返品・交換処理	返品商品の受け取り・検品・再入庫または廃棄
受注処理	受注データの取り込み、入金確認、出荷指示データの作成
カスタマーサポート	配送状況の問い合わせ対応、返品・交換の一次受付
在庫データ連携	ECカート・モール・基幹システムとのAPI連携、在庫数の自動同期

このうち受注処理・カスタマーサポート・データ連携まで対応するかどうかが、代行会社ごとに最も差が出る部分です。倉庫作業だけを委託しても、受注データの転記が社内に残れば工数は思ったほど減りません。

在庫管理そのものをシステムで効率化したい場合は、代行に出さず自社で仕組みを整える選択肢もあります。判断材料として以下の記事もあわせてご覧ください。

関連記事：在庫管理システムおすすめ12選比較。3タイプ別の選び方と費用相場を解説

物流代行サービスの費用相場と料金体系

物流代行の費用は「配送料」の一本ではなく、固定費と変動費を合わせた複数項目の積み上げで決まります。項目の構造を理解しないまま見積もりを比べると、1項目が安い会社を選んだつもりが総額では高くなる、という逆転が起きます。

費用を構成する9項目

以下は市場全体の目安となる相場レンジです。実際の単価は商材サイズ・出荷量・エリアによって変動します。

費用項目	内容	相場の目安
初期費用	システム設定・マスタ登録・倉庫ロケーション設定	0〜10万円程度（無料の会社も多い）
月額固定費	WMS利用料・倉庫の基本管理料	0〜10万円程度
入庫料	納品商品の受け入れと検品	10〜30円/個程度
保管料	倉庫での在庫保管	3,000〜8,000円/坪・月程度（棚単位なら200〜400円/箱・月程度）
ピッキング料	出荷指示にもとづく商品の取り出し	10〜50円/点程度
梱包料	箱詰め・緩衝材・送り状発行	20〜200円/件程度（資材費別途の場合あり）
配送料	配送会社への支払い	400〜1,500円/件程度（サイズ・距離による）
流通加工費	ラベル貼り・セット組み・ギフト包装	作業内容により変動（別途見積もり）
返品処理費	返品品の受け取り・検品・再入庫	200〜500円/件程度

保管料は「坪単価制」と「個建て（仕切箱・パレット単位）」の2方式があります。在庫回転が遅く滞留在庫が多い商材ほど、坪単価制のほうが割高になりやすいため、自社の在庫日数を把握したうえで方式を確認してください。

月間出荷件数別の総額シミュレーション

内訳だけでは「結局いくらか」が見えません。以下は一般的な単価をもとに、月間出荷件数を3段階に振って総額を試算したものです。

【前提条件】
常温の一般商材／1出荷あたり2点／60サイズの宅配便／入庫料20円・保管料5,000円/坪・ピッキング30円/点・梱包100円/件・配送700円/件・月額固定費30,000円。初期費用は含みません。

費用項目	月300件	月1,000件	月5,000件
月額固定費	30,000円	30,000円	30,000円
入庫料	12,000円	40,000円	200,000円
保管料	15,000円（3坪）	40,000円（8坪）	150,000円（30坪）
ピッキング料	18,000円	60,000円	300,000円
梱包料	30,000円	100,000円	500,000円
配送料	210,000円	700,000円	3,500,000円
合計（月額）	約315,000円	約970,000円	約4,680,000円
1件あたり	約1,050円	約970円	約936円

この試算で注目すべきは、どの規模でも配送料が総額の65〜75%を占めるという点です。ピッキング料や梱包料の単価交渉より、配送会社との契約条件や資材サイズの見直しのほうが総額に効きます。出荷規模が大きい企業ほど、代行会社が持つ配送会社との料金条件が総額を左右します。

費用が変動する3つの要因

1. 出荷件数と在庫回転率

多くの代行会社は月間出荷件数に応じた段階単価を設定しており、件数が増えるほど1件あたりの単価は下がります。一方で保管料は在庫量に比例するため、出荷が少ないのに在庫だけ多い状態では、件数単価が下がらないまま保管料だけが膨らみます。見積もり時は出荷件数と平均在庫量の両方を提示してください。

2. 商材の保管条件と作業難易度

冷蔵・冷凍などの温度管理が必要な商材、許認可が必要な商材、大型・重量物は、対応できる倉庫が限られるため単価が上がります。また、ギフト包装・セット組み・ラベル貼り替えといった流通加工は都度の手作業になるため、件数が多いほど総額への影響が大きくなります。

3. 繁閑差の大きさ

季節商材やキャンペーン主体の商材は、繁忙期に合わせた人員・スペースの確保が必要になります。繁閑差が大きい企業は、閑散期も一定額が発生する月額固定型より、従量課金型のほうが総額を抑えやすい傾向があります。逆に通年で出荷量が安定している企業は、固定型のほうが1件あたりの単価を下げられます。

相見積もりで揃えるべき前提条件

物流代行の見積もりは個別条件に応じた算出になるため、各社に渡す前提条件を揃えないと比較になりません。最低でも以下は同じ数字で提示してください。

• 月間出荷件数と、繁忙期のピーク件数
• 1出荷あたりの平均商品点数とSKU数
• 商品のサイズ・重量・保管温度帯
• 平均在庫量（坪数または箱数）と在庫回転日数
• 流通加工の有無と、対象となる出荷の割合

そのうえで、単価ではなく「この前提条件なら月額いくらになるか」という総額で各社を並べます。次章の比較ポイントは、総額が近い会社が並んだときに最終的な1社を決めるための観点です。

物流代行サービスを選ぶ際に確認すべき4つの比較ポイント

物流代行会社は、どこに依頼しても同じ作業をしてくれるわけではありません。総額が近い会社が並んだ場合、以下の4点で比較すると自社に合う1社が絞り込めます。

• 対応業務範囲
• 対応商材・保管条件
• システム連携
• 拠点・繁閑対応

対応業務範囲

まず確認すべきは、倉庫作業より手前の工程をどこまで巻き取ってくれるかです。入庫から出荷までの倉庫内作業はどの代行会社も対応しますが、受注データの取り込み・入金確認・出荷指示の作成といった受注処理や、配送状況の問い合わせ対応までカバーする会社は限られます。

倉庫作業だけを委託した場合、社内には受注処理と顧客対応が残ります。1日あたりの受注件数が多い企業ほど、この部分が残ることによる工数削減効果の目減りは大きくなります。

確認すべきポイントは次の3つです。

• 受注処理・入金確認まで代行してもらえるか
• 配送や返品に関する問い合わせの一次対応を任せられるか
• 返品・交換の検品と再入庫まで含まれているか

対応商材・保管条件

自社の商材がそもそも保管できるかどうかは、契約後に判明すると取り返しがつかない論点です。食品には温度帯の管理体制が、化粧品・医薬部外品には製造業の許認可が、医療機器には販売業の許可が必要になります。

温度管理は「冷蔵・冷凍に対応」という表記だけで判断しないでください。 常温・定温・冷蔵・冷凍の4温度帯すべてに対応する倉庫と、冷蔵のみ対応する倉庫では扱える商材が変わります。また、賞味期限やロット番号での在庫管理ができるWMSを持っているかも、食品・化粧品では必須の確認事項です。

確認すべきポイントは次の3つです。

• 自社商材に必要な許認可を倉庫が取得しているか
• 必要な温度帯（常温／定温／冷蔵／冷凍）に対応しているか
• ロット・賞味期限・シリアル単位の在庫管理ができるか

システム連携

物流代行を導入しても、受注データを手作業で出力して代行会社に送り、在庫数を手入力で戻す運用が残れば、工数はほとんど削減されません。自社のECカート・モール・基幹システムと、代行会社のWMSがどこまで自動で繋がるかが、導入後の実務を大きく左右します。

確認したいのは連携の「有無」ではなく「方式」です。API連携なら在庫数と出荷ステータスがほぼリアルタイムで同期しますが、CSVの受け渡しの場合は結局誰かが1日数回ファイルを操作することになります。複数モールを運営している場合は、モールごとの連携可否も個別に確認してください。

確認すべきポイントは次の3つです。

• 自社が使っているカート・モールとAPI連携できるか
• 在庫数の同期がリアルタイムか、バッチ（1日数回）か
• 基幹システムや会計システムへのデータ連携に対応できるか

物流側のシステムを自社で持つ選択肢と比較検討している場合は、以下の記事もあわせてご覧ください。

関連記事：物流管理システム18選比較。費用シミュレーションとタイプ別の選び方を解説

拠点・繁閑対応

倉庫の立地は配送リードタイムと配送料の両方に影響します。首都圏と関西の2拠点に在庫を分散できる代行会社であれば、西日本向けの配送日数と送料を同時に下げられる可能性があります。一方で拠点を分けると在庫が分散し、在庫管理の難易度は上がります。

繁閑差への対応力も重要です。セール時に通常の10倍の出荷が発生しても当日出荷を維持できるかは、人員の確保体制と倉庫内の自動化設備に左右されます。過去の繁忙期にどの程度の出荷件数を捌いた実績があるかを、具体的な数字で確認してください。

確認すべきポイントは次の3つです。

• 自社の主要顧客エリアに近い拠点があるか
• 繁忙期のピーク出荷にどこまで対応した実績があるか
• 出荷締め時間（当日出荷の受付時刻）が何時までか

物流代行サービスの選び方

物流代行会社は、得意とする委託範囲と商材によって大きく4つのタイプに分かれます。ここでは自社の状況からタイプを絞り込む方法を紹介します。

1. 総合物流・3PL型 ｜ 企業間物流も含めて物流全体を任せたい場合
2. EC・通販フルフィルメント型 ｜ 受注処理や問い合わせ対応までEC運営ごと任せたい場合
3. システム連携・自動化型 ｜ 複数チャネルのデータ連携で属人化を解消したい場合
4. 特殊商材・付帯業務対応型 ｜ 温度管理・許認可・流通加工が必要な商材を扱う場合

1. 総合物流・3PL型 ｜ 企業間物流も含めて物流全体を任せたい場合

店舗・卸先への企業間納品と個人向け出荷の両方を、倉庫運営ごと受託できるタイプです。自社専用のスペースと作業チームを確保して運用するケースが多く、荷姿や納品条件が取引先ごとに異なるBtoB出荷にも対応できます。

大型倉庫と複数拠点を持つ会社が中心のため、事業拡大による出荷量の増加や、拠点分散による配送リードタイムの短縮にも対応しやすい点が特徴です。物流センターの運営改善や作業設計そのものを提案してくれる会社もあります。

このタイプへの依頼に向いている企業は以下になります。

• 店舗・卸先へのBtoB納品と、EC向けのBtoC出荷が混在している
• 出荷量が多く、自社専用のスペースと作業体制を確保したい
• 倉庫運営の設計・改善まで含めて相談したい

このタイプの物流代行サービスを見る⇩

2. EC・通販フルフィルメント型 ｜ 受注処理や問い合わせ対応までEC運営ごと任せたい場合

倉庫作業だけでなく、受注処理・入金確認・カスタマーサポートまでを一括して引き受けるタイプです。EC運営に付随する事務作業をまとめて外に出せるため、社内に商品企画と販促だけを残す体制がつくれます。

通販事業の運営ノウハウを持つ会社が多く、同梱物の設計やリピート施策の相談ができる場合もあります。EC専任の担当者を置けない企業や、少人数で複数チャネルを回している企業と相性の良いタイプです。

このタイプへの依頼に向いている企業は以下になります。

• 受注処理や問い合わせ対応に人手を割けない
• EC出荷が中心で、BtoB納品はほとんど発生しない
• 物流だけでなく通販運営の相談相手がほしい

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3. システム連携・自動化型 ｜ 複数チャネルのデータ連携で属人化を解消したい場合

API連携とWMSの提供を軸に、受注から出荷までのデータの流れを自動化することを強みとするタイプです。初期費用・月額固定費を抑えた従量課金型が多く、料金を公開している会社が比較的多いのも特徴です。

自社EC・複数モール・実店舗の在庫を1か所に集約し、在庫数を自動で同期させられるため、チャネルごとに在庫を持ち分ける必要がなくなります。転記作業や在庫のズレといった、担当者に依存していた業務を仕組みで解消したい企業に向いています。

このタイプへの依頼に向いている企業は以下になります。

• 複数モール・複数カートを運営し、在庫の同期に手間がかかっている
• 受注データの転記やCSVの受け渡しが日常的に発生している
• 初期費用を抑えてスモールスタートしたい

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4. 特殊商材・付帯業務対応型 ｜ 温度管理・許認可・流通加工が必要な商材を扱う場合

4温度帯の倉庫設備や、化粧品・医薬部外品・医療機器の許認可を保有し、条件付きの商材を扱えるタイプです。ギフト包装・セット組み・ラベル貼り替え・商品撮影といった付帯作業の体制を持つ会社も、このタイプに含まれます。

対応できる会社の数が限られるため、商材の条件が先に決まっている企業は、まずこのタイプのなかから候補を絞るほうが探索の効率が上がります。許認可の有無は必ず許可番号まで確認してください。

このタイプへの依頼に向いている企業は以下になります。

• 食品・化粧品・医薬部外品・医療機器など許認可が必要な商材を扱う
• 冷蔵・冷凍・定温での保管が必要
• ギフト包装・セット組み・ささげ業務などの付帯作業が多い

このタイプの物流代行サービスを見る⇩

商材別に確認すべき許認可・設備の注意点

物流代行の契約後に最も揉めやすいのが、商材の取り扱い条件です。自社商材が以下に該当する場合は、見積もり依頼の段階で対応可否を確認してください。

食品・飲料

食品衛生法にもとづく営業許可・届出のある倉庫かどうかを確認します。常温・冷蔵・冷凍のどの温度帯が必要かを明確にし、賞味期限とロット番号で在庫を管理できるWMSを持っているかもあわせて確認してください。先入れ先出しが徹底できない倉庫では、期限切れによる廃棄ロスが発生します。

化粧品・医薬部外品

化粧品や医薬部外品の保管・出荷には、倉庫が「化粧品製造業許可」または「医薬部外品製造業許可」を取得している必要があります。ラベル貼り替えや小分けなどの作業を伴う場合は、対応できる許可区分が限られます。許可番号を提示できるかどうかで判断してください。

医療機器・コンタクトレンズ

管理医療機器・高度管理医療機器を扱う場合、「高度管理医療機器等販売業・貸与業許可」や「医療機器製造業登録」が必要です。取得している倉庫は限られるため、候補が絞られることを前提にスケジュールを組んでください。

アパレル・ファッション

タグ付け・ハンガー掛け・袋入れ・検針・商品撮影といった流通加工への対応可否が選定の分かれ目になります。サイズとカラーでSKUが増えやすいため、数万SKU規模の在庫管理実績があるかも確認してください。返品率が高いカテゴリのため、返品検品と再販可否判定の体制も重要です。

大型・重量物

家具・家電・トレーニング機器などは、倉庫の天井高・ラック耐荷重・フォークリフトの有無が制約になります。宅配便で送れないサイズは、路線便や家財便の手配に対応できる代行会社を選ぶ必要があります。

危険物・輸出入対応

アルコール類・引火性液体・リチウムイオン電池を含む商品は、危険物としての保管区分と数量制限があります。越境ECを行う場合は、輸出通関の対応実績と海外配送ネットワークの有無を確認してください。

越境ECの委託先を検討している場合は、以下の記事でも比較しています。

関連記事：越境EC運営代行おすすめ18選比較。国別戦略に強い企業を見極めるポイントまで紹介

物流代行サービス16選一覧比較表

以下は、本記事で紹介する物流代行サービスの一覧比較表です。

本記事へご掲載をご希望の物流代行サービスは以下からお問い合わせくださいませ。
→掲載のお問い合わせはこちら：https://cone-c-slide.com/liblog/lp/

上記で自社に合うタイプの会社・サービスを絞り込みたい方は、以下の診断ツールで自社に合うタイプを確認してみてください。

【総合物流・3PL型】の物流代行サービス

企業間納品を含む物流業務全体を、倉庫運営ごと委託したい企業におすすめのサービスを紹介します。

株式会社関通

常温・冷蔵・冷凍の三温度帯で、BtoBとBtoCの両方の販売経路に対応できる物流代行会社です。EC物流・店舗物流・卸物流・返品物流・FBA納品といった出荷形態を1社で受託できるため、販路が複数に分かれている企業でも在庫を分散させずに運用できます。

倉庫作業だけでなく受注処理業務の代行にも対応しており、一括受注処理ソフトの運用・入金確認・出荷データ作成・ショップごとのポイント確認やクレジットオーソリ処理まで引き受けます。メール対応を含むカスタマーサービスの代行にも対応しています。

自社開発のWMS「クラウドトーマスPro」と、SaaS型WMS「BRAIN AEGIS」を提供しており、倉庫の在庫管理を自社システムとして導入することも可能です。受注処理自動化アプリ「e.can」など、周辺業務を効率化するシステムも自社で揃えています。

対応業務範囲	入庫〜出荷に加え、受注処理業務代行・カスタマーサービス代行に対応
対応商材・保管条件	常温・冷蔵・冷凍の三温度帯に対応。定期通販・ルート配送にも対応
システム連携	自社WMS「クラウドトーマスPro」「BRAIN AEGIS」を提供
拠点・繁閑対応	要問い合わせ
料金	要問い合わせ

株式会社スクロール360

通販一筋35年の事業経験をもとに、物流代行と受注代行・決済代行を同一社内で提供する通販支援会社です。物流だけを切り出すのではなく、受注から入金まで通販運営に必要な後方業務をまとめて委託できる点が特徴です。

物流拠点は茨城・埼玉・静岡・大阪に展開し、総面積は53,000坪以上に及びます。2025年には関東エリア3か所目となる物流拠点を開設しており、出荷量の拡大にともなうスペース確保にも対応できる体制です。冷凍冷蔵（定温）物流のサービスも提供しています。

支援実績は800社を超え、年間流通額は1,100億円以上、月間出荷件数は120万件以上と公表されています。後払い決済を含む決済代行まで自社で提供しているため、通販事業の立ち上げ段階から相談できます。

対応業務範囲	物流代行に加え、受注代行・決済代行・EC運営支援に対応
対応商材・保管条件	冷凍冷蔵（定温）物流に対応
システム連携	通販システム構築の支援に対応
拠点・繁閑対応	茨城・埼玉・静岡・大阪に展開、総面積53,000坪以上。月間出荷120万件以上
料金	要問い合わせ

株式会社エスプールロジスティクス

受注処理から返金処理までの10工程を1社で受託する、フルフィルメント型の物流アウトソーシング会社です。受注処理・CSコールセンター・入荷・入庫・保管・出庫・検品・梱包・出荷・返品処理・返金処理と、委託できる工程を明示している点が特徴です。

リピート通販（定期通販）の代行に力を入れており、定期通販専用の作業チームと自動梱包機などの設備を保有しています。定期便のサイクル管理や同梱物の差し替えといった、通常のEC出荷とは異なる作業要件にも対応できます。

高度医療機器の取り扱いやアパレル加工の事例も公開されており、標準的な倉庫作業から外れる要件への対応実績もあります。誤発送率は0.01%と公表されています。

対応業務範囲	受注処理・CSコールセンター・返品/返金処理までの10工程に対応
対応商材・保管条件	高度医療機器の取り扱い・アパレル加工の事例あり。温度帯は要問い合わせ
システム連携	WMSでの一元管理、Shopify連携に対応
拠点・繁閑対応	要問い合わせ（誤発送率0.01%）
料金	要問い合わせ

プラス ロジスティクス株式会社

文具・雑貨・アパレルから大型家具まで、荷姿の異なる商材の物流センター運営を30年以上受託してきた総合物流会社です。プラスグループの物流機能を母体としており、企業向けの倉庫・配送業務の受託を主軸としています。

商材ごとに荷姿・保管方法・納品条件が異なるBtoB物流に強く、大型家具のような宅配便では扱えないサイズの配送にも対応しています。検体輸送・医療系の輸配送では温度帯管理を伴う案件の実績もあります。

物流センターの運営ではWMSの活用と自動化設備との連携を進めており、作業設計そのものから相談できる体制です。自社の物流を「どう設計し直すか」から相談したい企業に向いています。

対応業務範囲	物流センター運営の受託、倉庫・配送業務を一括受託
対応商材・保管条件	文具・雑貨・アパレル・大型家具に対応。検体輸送で温度帯管理の実績あり
システム連携	WMSの活用と自動化設備との連携に対応
拠点・繁閑対応	30年以上の物流センター運営実績。拠点数は要問い合わせ
料金	要問い合わせ

【EC・通販フルフィルメント型】の物流代行サービス

受注処理や問い合わせ対応まで含めて、EC運営の後方業務ごと委託したい企業におすすめのサービスを紹介します。

EC運営の業務そのものを幅広く外注したい場合は、以下の記事もあわせてご覧ください。

関連記事：EC運営代行おすすめ15選を比較！費用相場や選び方まで徹底解説

株式会社イー・ロジット

EC物流の運用請負を25年にわたり手がけてきた、フルフィルメント専業の物流代行会社です。倉庫作業にとどまらず、受注処理とコンタクトセンターを自社で保有しており、EC運営に付随する後方業務をまとめて委託できます。

土日祝を含めた「365出荷」に対応しており、注文から配送までの日数を短縮したいEC事業者の要件に応えられる体制です。長期にわたるEC物流の受託経験をもとに、物流コストの最適化や作業設計の改善提案にも対応しています。

倉庫管理システム（WMS）の提供とECサイトとの連携支援も行っており、物流の運用と仕組みの両面から支援を受けられます。

対応業務範囲	ECフルフィルメント・受注処理・コンタクトセンターに対応
対応商材・保管条件	要問い合わせ
システム連携	WMSの提供とECサイトとの連携支援に対応
拠点・繁閑対応	365出荷に対応。EC物流の運用請負実績25年
料金	要問い合わせ

ウルロジ（株式会社ディーエムソリューションズ）

在庫管理・出荷梱包・問い合わせ対応といったバックヤード全般を一括して受託するEC物流代行サービスです。

13時までの受付で当日出荷に対応しており、注文から到着までのリードタイムを短くできます。越境ECにも対応し、220か国への発送が可能です。受注代行・カスタマーサポート・返品対応まで委託範囲に含まれます。

2025年度の誤出荷率は37ppm、契約継続率は98.2%と公表されています。物流拠点の総敷地面積は49,474㎡、月間出荷個数は485,000個、累計取引会社数は15,000社と、運用規模の数値も公開されています。

対応業務範囲	在庫管理・出荷梱包・受注代行・カスタマーサポート・返品対応に対応
対応商材・保管条件	冷凍・冷蔵食品に対応。小ロットからの依頼にも対応
システム連携	WMSによる在庫管理。連携仕様は要問い合わせ
拠点・繁閑対応	総敷地面積49,474㎡、月間出荷485,000個。13時まで当日出荷
料金	配送費 300円〜/件（全国一律・資材費込）、作業費 1ピック20円〜

EC運営代行（GMOメイクショップ株式会社）

ECサイトの運営代行と物流代行をセットで提供する、ECプラットフォーム事業者ならではのフルアウトソーシングサービスです。ピッキング・検品・梱包・配送完了メールの送信までを一括して引き受けます。

ファッションEC専門のカスタマーサポート体制を持ち、顧客窓口対応・在庫確認・商品情報の提供・返品対応までカバーします。物流とカスタマーサポートを別会社に分けずに済むため、問い合わせから出荷変更までの連携がスムーズです。

ASP型・パッケージ型の各種カートと各種ECモールの運営実績があり、導入店舗は12,000店舗以上、2024年の年間総流通額は3,428億円と公表されています。料金体系は成果報酬型を掲げています。

対応業務範囲	ピッキング・検品・梱包・配送完了メール送信とEC運営代行・CSに対応
対応商材・保管条件	ファッション商材の実績が中心。温度帯は要問い合わせ
システム連携	ASP型・パッケージ型の各種カートと各種ECモールの運営実績あり
拠点・繁閑対応	導入店舗12,000店舗以上。拠点数は要問い合わせ
料金	要問い合わせ（成果報酬型）

コマースメディア株式会社

自社で国内外8チャネル以上のECを運営した経験をもとに、物流代行・受注処理・カスタマーサポートを提供するEC支援会社です。支援側の知見だけでなく、事業者としてECを運営した経験にもとづく提案を受けられる点が特徴です。

Shopify・楽天・Amazon・Yahoo!ショッピングなど国内外の複数チャネルの運営に対応し、越境を含む各モールの自社事業サイトも運営しています。複数プラットフォームのデータを一元管理し、横断で分析するサービスも提供しています。

物流だけを切り出すのではなく、チャネル戦略やサイト構築まで含めて相談できるため、EC事業そのものの立ち上げ・拡大フェーズにある企業と相性の良いサービスです。

対応業務範囲	物流代行・受注処理・カスタマーサポートに対応
対応商材・保管条件	要問い合わせ
システム連携	Shopify・楽天・Amazon・Yahoo!ショッピングなど8チャネル以上に対応
拠点・繁閑対応	要問い合わせ
料金	要問い合わせ

【システム連携・自動化型】の物流代行サービス

複数チャネルのデータ連携を自動化し、転記作業や在庫のズレを解消したい企業におすすめのサービスを紹介します。

株式会社オープンロジ

初期費用・月額固定費が0円の従量課金制で、全国50拠点のフルフィルメントネットワークを利用できる物流代行サービスです。入荷料・保管費・配送料のみの課金となるため、出荷量が読めない立ち上げ期でも無駄な固定費が発生しません。

Shopify・ネクストエンジン・STORES・BASE・ecforce・makeshop・楽天市場・Yahoo!ショッピング・TikTok Shop・Qoo10といった主要なカート・モールと連携しており、受注データの取り込みと在庫の同期を自動化できます。複数チャネルを運営していても在庫を1か所に集約できます。

常温・定温・冷蔵・冷凍の三温度帯に対応し、食品や冷凍・冷蔵倉庫サービスの取り扱いも公表されています。梱包資材のカスタマイズ、購入条件に応じた自動同梱設定といった、EC特有の要件にも対応可能です。導入実績は14,000アカウント以上です。

対応業務範囲	入荷・保管・出荷の一括代行、加工要望・自動同梱・CS業務支援に対応
対応商材・保管条件	常温・定温・冷蔵・冷凍に対応。食品の取り扱い実績あり
システム連携	Shopify・ネクストエンジン・楽天市場・Amazon系モールなど主要カートと連携
拠点・繁閑対応	全国50拠点のフルフィルメントネットワーク。14,000アカウント以上が利用
料金	初期費用0円・月額固定費0円（入荷料＋保管費＋配送料の従量課金）

株式会社はぴロジ

200拠点を超える提携倉庫のなかから、商材と出荷条件に合う倉庫を選定して物流を設計できるサービスです。倉庫を自社で保有せず、110を超えるシステム連携実績を軸に荷主と倉庫をつなぐ形をとっています。

連携先はAmazon・Yahoo!ショッピング・楽天といったECモール、Shopify・ecforceなどのECカート、Air Logi・ロジザードZEROなどのWMS、NEXT ENGINE・CROSS MALLなどのOMSと幅広く、既存システムを入れ替えずに物流だけを切り替えられる点が特徴です。

EC発送代行に加えて、定期通販物流代行・冷凍冷蔵物流代行・スポット発送代行にも対応し、流通加工やギフト対応といった特殊要件も相談できます。1996年の創業以来、導入実績は2,000社超、累計出荷数は1.5億件超と公表されています。

対応業務範囲	入荷から出荷・在庫管理までをトータルで受託。定期通販・スポット発送にも対応
対応商材・保管条件	冷凍・冷蔵物流代行に対応。流通加工・ギフト対応も相談可
システム連携	110を超える連携実績（モール・カート・WMS・OMS）
拠点・繁閑対応	200拠点超の提携倉庫から選定。導入2,000社超・累計出荷1.5億件超
料金	要問い合わせ

株式会社STOCKCREW

初期費用・月額固定費0円に加えて、発送料・保管料・入庫料の単価まで公開している発送代行サービスです。発送料は投函型260円・宅配便60サイズ500円から、保管料は1,000㎤あたり月額20円（最大割引後5円）、入庫料は10円/点と明示されています。

API連携と自動化を前提とした設計で、楽天市場・Yahoo!ショッピング・Amazon・Qoo10・TEMU・Shopify・makeshop・ecforce・BASE・EC-CUBE4・ネクストエンジンなどと連携できます。越境EC・FBA納品・BtoB納品にも対応しており、販路が増えても同じ倉庫で捌けます。

倉庫は千葉県八千代市と埼玉県八潮市の2か所で、総延床面積は22,273㎡。国内最大級となるAMR（自律走行搬送ロボット）100台を稼働させ、BtoC出荷は365日対応しています。導入実績は2,210社です。

対応業務範囲	EC発送を軸とした物流代行。越境EC・FBA・BtoB納品・流通加工に対応
対応商材・保管条件	温度管理の記載なし。常温商材が中心
システム連携	楽天・Amazon・Shopify・ネクストエンジンなど主要モール・カートとAPI連携
拠点・繁閑対応	千葉・埼玉の2拠点（総延床22,273㎡）。AMR100台稼働で365日出荷
料金	初期費用0円・月額固定費0円／発送料 投函型260円〜、入庫料10円/点、保管料20円〜/1,000㎤・月

国立倉庫株式会社

棚・パレット・ハンガーの単位ごとに保管料を公開している、料金の透明性が高いEC通販物流代行サービスです。保管料は仕切箱1箱あたり月額220円、パレット1枚あたり月額3,300円、ハンガー1本あたり月額2,640円、出荷手数料は1件500円、初期導入費用は0円と明示されています。

カラーミー・ネクストエンジン・Shopify・BOSSとはAPIによる自動連携に対応し、楽天市場・Yahoo!ショッピング・Amazon・BASEにも対応しています。BtoC出荷とBtoB納品の両方に対応し、賞味期限管理や返品交換対応も委託できます。

延床面積約34,000㎡の単一拠点で運営しており、在庫を分散させずに管理できる点が特徴です。高度管理医療機器等販売業・貸与業許可証と医療機器製造業登録証を取得している一方、冷蔵・冷凍倉庫は保有していないので、温度管理が必要な商材には向きません。

対応業務範囲	入庫検品・在庫登録・ピッキング・梱包・出荷・返品交換対応に対応
対応商材・保管条件	冷蔵・冷凍倉庫なし。高度管理医療機器等販売業・貸与業許可を取得
システム連携	カラーミー・ネクストエンジン・Shopify・BOSSとAPI自動連携
拠点・繁閑対応	延床面積約34,000㎡の単一拠点。半世紀以上の実績
料金	初期導入費用0円／保管料 220円〜/仕切箱・月、出荷手数料 500円/件

【特殊商材・付帯業務対応型】の物流代行サービス

温度管理・許認可・流通加工といった条件付きの要件がある企業におすすめのサービスを紹介します。

株式会社富士ロジテックホールディングス

化粧品製造業・医薬部外品製造業の許認可を取得し、化粧品ブランドの物流を扱える物流企業歴100年の会社です。入庫検品から出荷、返品・交換品の再販対応、店舗物流まで一貫して受託します。

東京・神奈川・静岡・名古屋・大阪・奈良・福岡のエリアを中心に全国対応が可能で、冷凍・冷蔵に対応するサービスも提供しています。商材の条件が厳しく、かつ全国への配送リードタイムも確保したい企業に向いています。

Amazon・楽天市場・Yahoo!ショッピング・PayPayモール・Shopify・ZOZOTOWN・Qoo10など主要ECサービスとのシステム連携に対応済みです。月間出荷件数は50万件以上、契約継続率は90%以上、年間365日稼働と公表されています。

対応業務範囲	入庫・ピッキング・梱包・流通加工・在庫管理・配送管理・返品交換に対応
対応商材・保管条件	化粧品製造業・医薬部外品製造業の許認可を取得。冷凍・冷蔵にも対応
システム連携	Amazon・楽天・Shopify・ZOZOTOWN・Qoo10など主要ECと連携済み
拠点・繁閑対応	東京〜福岡の主要エリアで全国対応。月間出荷50万件以上・365日稼働
料金	要問い合わせ

株式会社三協

化粧品製造業許可・医薬部外品製造業許可・高度管理医療機器等販売業/貸与業許可の3つを保有し、許可番号まで公開している化粧品物流に強い会社です。奈良県には化粧品専用の物流センターを構えています。

保管は温度・湿度の管理下で行い、24時間365日体制でのモニタリングと温度ログの記録に対応しています。充填・ラベル貼り替え・セット組みといった流通加工、目視と触手による検品、ラッピングや同梱物のカスタマイズまで、化粧品特有の要件に対応できる体制です。

自社開発WMS「SANTA」でShopify・BASE・楽天市場・Amazon・ネクストエンジン・クロスモールなどと連携し、20サイト以上のECモール連携実績があります。大阪市内から30分圏内に9営業所を配置し、約60,000SKUの管理実績、セール時に1日200件から2,000件へ増えた出荷を未出荷ゼロで捌いた実績を公表しています。

対応業務範囲	保管・入出荷管理・ピッキング・梱包・流通加工・検品・ラッピングに対応
対応商材・保管条件	化粧品製造業・医薬部外品製造業・高度管理医療機器等販売業の許可を保有
システム連携	自社WMS「SANTA」でShopify・楽天・Amazon・ネクストエンジン等と連携
拠点・繁閑対応	大阪市内から30分圏内に9営業所。約60,000SKUの管理実績
料金	要問い合わせ

株式会社流通サービス

冷凍・冷蔵・定温・常温の4温度帯に対応する倉庫を保有し、食品・化粧品・医薬部外品の保管に対応できる物流会社です。温度帯の選択肢が多いため、同一商材のなかに保管条件の異なるアイテムが混在する場合でも、倉庫を分けずに運用できます。

倉庫保管・物流センター運営・流通加工に加えて、輸送・配送と個人宅配まで自社で手がけている点が特徴です。自社ドライバーは約2,000名、個人宅配サービスは30年以上の実績があり、配送工程まで含めて一社に任せられます。

関東（騎西・加須・春日部・八潮・久喜）と関西（西宮・神戸北）に営業所を持ち、東西2エリアでの在庫分散にも対応できます。プライバシーマーク（JISQ15001：2017）を取得しています。

対応業務範囲	倉庫保管・物流センター運営・流通加工・輸送配送・個人宅配に対応
対応商材・保管条件	冷凍・冷蔵・定温・常温の4温度帯。食品・化粧品・医薬部外品の保管に対応
システム連携	要問い合わせ
拠点・繁閑対応	関東5営業所・関西3営業所。自社ドライバー約2,000名
料金	要問い合わせ

株式会社アッカ・インターナショナル

アパレル・ファッション領域に特化し、物流だけでなくささげ業務とカスタマーサポートまで受託できるフルフィルメント会社です。商品撮影・EC掲載対応を行う「STUDIO」サービスを持ち、入荷した商品をそのまま撮影・掲載まで進められます。

在庫一元管理システム「ALIS」とクラウド型WMS「ONE」を提供し、小規模から大規模までのEC事業に対応します。SKU数が多く、シーズンごとに商品が入れ替わるアパレル特有の在庫管理に適した仕組みです。

大手アパレルブランド販売会社や大手スポーツブランド販売会社との協業実績があり、40ブランドの管理工数削減、EC売上170%の成長といった成果を公表しています。倉庫作業の自動化にも取り組んでいます。

対応業務範囲	物流業務に加え、ささげ業務（撮影・EC掲載）・カスタマーサポートに対応
対応商材・保管条件	アパレル・ファッション商材に特化。温度帯は要問い合わせ
システム連携	在庫一元管理システム「ALIS」とクラウド型WMS「ONE」を提供
拠点・繁閑対応	大手アパレル・スポーツブランドとの協業実績あり。拠点数は要問い合わせ
料金	要問い合わせ

物流代行サービスのよくある質問（FAQ）

Q. 物流代行と発送代行は何が違いますか？

発送代行は主にピッキング・梱包・出荷といった出荷工程を委託するサービスで、物流代行は入庫・保管・在庫管理を含む物流業務全体を委託するサービスです。倉庫と在庫管理ごと外部に移したい場合は物流代行、出荷作業の負担だけを減らしたい場合は発送代行が適しています。

Q. 月間の出荷件数が少なくても依頼できますか？

初期費用・月額固定費が0円の従量課金型サービスであれば、月数十件規模からでも利用できます。ただし出荷件数が少ないと1件あたりの単価は下がりにくく、自社出荷のほうが安くなるケースもあります。保管料を含めた総額で比較してください。

Q. 導入までにどのくらいの期間がかかりますか？

一般的には、見積もり・現地確認・システム連携の設定・テスト出荷を経て1〜3か月程度が目安です。API連携の開発が必要な場合や、許認可の確認が必要な商材を扱う場合は、さらに期間を見ておくとよいでしょう。

Q. 自社で物流を続ける場合と比べて、どこで判断すればよいですか？

倉庫賃料・人件費・梱包資材費・システム利用料を合算した現在の物流コストを算出し、代行会社の見積もり総額と並べて比較します。金額が近い場合は、繁忙期の人員確保や採用・教育の負担が自社から外れる点をどう評価するかが判断の分かれ目になります。

Q. 途中で代行会社を変更することはできますか？

可能ですが、在庫の移送費用と、移送期間中の出荷停止が発生します。また、システム連携の再設定も必要になるため、実質的な切り替えコストは小さくありません。初回の選定時に、将来の出荷量や販路の拡大まで見据えて相談しておくことをおすすめします。

まとめ

本記事では、物流代行サービスの費用相場・比較ポイント・タイプ別のおすすめ16社を紹介しました。まずは以下の4タイプから、自社に合うものを絞り込みましょう。

タイプ	特徴
総合物流・3PL型	企業間納品を含む物流業務全体を、倉庫運営ごと受託できるタイプ
EC・通販フルフィルメント型	受注処理・カスタマーサポートまで含めてEC運営の後方業務を任せられるタイプ
システム連携・自動化型	API連携と従量課金を軸に、データの流れごと自動化できるタイプ
特殊商材・付帯業務対応型	4温度帯や許認可に対応し、条件付きの商材と流通加工を扱えるタイプ

そのうえで、以下の4つの比較ポイントで最終的な1社を決めます。

• 対応業務範囲
• 対応商材・保管条件
• システム連携
• 拠点・繁閑対応

まずは、自社に合ったタイプを把握することが重要です。まだ診断ツールを試していない方は、ぜひ「物流代行サービス16選一覧比較表」の下にある診断ツールから確認してみてください。

この記事が物流代行サービス選びの一助になれば幸いです。